PDB-4mou: Crystal Structure of an Enoyl-CoA Hydratase/Isomerase Family Memb...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4mou

タイトル

Crystal Structure of an Enoyl-CoA Hydratase/Isomerase Family Member, NYSGRC target 028282

要素

Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein

キーワード

ISOMERASE (異性化酵素) /

Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium / NYSGRC / Cronotase fold / enoyl-CoA hydratase/isomerase

機能・相同性

機能・相同性情報

isomerase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Arthrobacter aurescens (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Chapman, H.C. / Cooper, D.R. / Geffken, K.T. / Cymborowski, M.T. / Osinski, T. / Stead, M. / Hillerich, B. / Ahmed, M. / Bonanno, J.B. / Seidel, R. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of an Enoyl-CoA Hydratase/Isomerase Family Member, NYSGRC target 028282
著者: Chapman, H.C. / Cooper, D.R. / Geffken, K.T. / Cymborowski, M.T. / Osinski, T. / Stead, M. / Hillerich, B. / Ahmed, M. / Bonanno, J.B. / Seidel, R. / Almo, S.C. / Minor, W. / New York ...

履歴

登録	2013年9月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年9月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.2	2022年4月13日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4mou.cif.gz	301.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4mou.ent.gz	255.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4mou.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mo/4mou ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mo/4mou	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2fw2-3 2vx2-1 4k3w-d 2vx2-3 2fw2-2 3kqf-2 3myb-d 4u1a-d 1dci-d 3lke-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: NYSGRC-028282

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (1) #203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (1) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein

B: Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein

C: Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein

ヘテロ分子

95.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	160.455, 160.455, 178.691
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	98
Space group name H-M	I4₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-549- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	B
2	3	C

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	A	9 - 273
2	1	B	9 - 273
1	2	A	13 - 272
2	2	C	13 - 272
1	3	B	13 - 272
2	3	C	13 - 272

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein 分子量: 31838.695 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arthrobacter aurescens (バクテリア) 株: TC1 / 遺伝子: AAur_3475 / プラスミド: pSGC-His / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) RIL / 参照: UniProt: A1RAA6
#2: 化合物	ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン / カコジル酸分子量: 136.989 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆AsO₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 565 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.14 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2M Calcium Acetate, 0.1M Cacodylate pH 6.5, 40% PEG 300, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 173 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月19日 / 詳細: Beryllium Lenses

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 8.1 % / 数: 434352 / R_merge(I) obs: 0.131 / Χ²: 0.88 / D res high: 2.25 Å / D res low: 40 Å / Num. obs: 53562 / % possible obs: 97.1

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
6.1	40	98.4	1	0.034	0.432	9.3
4.84	6.1	99.3	1	0.058	0.902	9.8
4.23	4.84	99.3	1	0.077	1.352	9.8
3.85	4.23	99.7	1	0.09	1.395	9.9
3.57	3.85	99.7	1	0.098	1.136	10
3.36	3.57	99.9	1	0.11	0.898	9.9
3.19	3.36	99.9	1	0.13	0.833	9.7
3.05	3.19	99.8	1	0.166	0.794	9.5
2.94	3.05	99.6	1	0.211	0.788	9.2
2.83	2.94	99.4	1	0.263	0.786	9
2.75	2.83	99.3	1	0.304	0.789	8.7
2.67	2.75	98.7	1	0.339	0.784	8.6
2.6	2.67	98.5	1	0.383	0.785	8.3
2.53	2.6	97.9	1	0.448	0.76	8
2.48	2.53	97.6	1	0.455	0.757	7.1
2.42	2.48	96.8	1	0.425	0.796	6.1
2.38	2.42	93.1	1	0.413	0.821	5.1
2.33	2.38	90.7	1	0.413	0.806	4.5
2.29	2.33	88.2	1	0.404	0.905	3.9
2.25	2.29	85.5	1	0.393	0.753	3.5

反射

解像度: 2.2→40 Å / Num. obs: 56774 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

反射シェル

解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.549 / Mean I/σ(I) obs: 1.95 / Num. unique all: 2437 / % possible all: 84.6

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHELX		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
SHELXD		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.25→39.06 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.927 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 8.11 / SU ML: 0.104 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.195 / ESU R Free: 0.171 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2107	2728	5.1 %	RANDOM
R_work	0.171	-	-	-
obs	0.173	51216	97.49 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 109.86 Å² / B_iso mean: 25.6398 Å² / B_iso min: 9.61 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.53 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.53 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→39.06 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5735	0	15	565	6315

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.019	5858
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.008	0.02	5687
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.804	1.987	7964
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.239	3	13056
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.459	5	778
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.287	23.5	220
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.513	15	868
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.213	15	47
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.104	0.2	929
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	6658
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	1237

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	15081	0.06
1	2	B	15081	0.06
2	1	A	14606	0.07
2	2	C	14606	0.07
3	1	B	14688	0.07
3	2	C	14688	0.07

LS精密化シェル

解像度: 2.25→2.308 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.286	172	-
R_work	0.216	3294	-
all	-	3466	-
obs	-	-	86.13 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8082	0.2484	-0.3776	1.2243	-0.3331	2.9511	-0.0181	-0.0475	-0.0623	0.2133	-0.0467	0.0928	0.0379	-0.0743	0.0649	0.0984	0.0095	0.0693	0.0437	-0.0033	0.0626	21.067	12.468	39.069
2	0.1612	-0.2206	0.0526	0.4521	-0.2577	0.7805	0.0132	-0.0315	-0.0187	0.0141	0.0131	0.062	0.0428	0.0272	-0.0263	0.0739	0.0234	0.0515	0.0554	0.0085	0.0505	33.347	3.359	34.286
3	0.5592	0.3862	0.4196	0.8412	0.7943	3.1481	0.0304	-0.0031	-0.0147	0.062	-0.093	0.081	-0.0122	-0.187	0.0627	0.0342	0.0049	0.0273	0.052	0.0165	0.0683	30.399	16.753	16.183
4	3.0869	4.7025	-1.6222	7.8392	-1.8394	5.713	0.1801	0.2352	0.2814	0.2061	0.159	0.1736	-0.7259	-0.2385	-0.3391	0.1622	0.0495	0.032	0.1026	0.0808	0.1375	31.334	30.571	12.462
5	1.8936	-0.927	-0.1508	4.3034	-0.1618	1.0527	-0.0354	0.0276	0.1191	-0.0162	0.0041	0.028	-0.0413	-0.0018	0.0312	0.0417	0.0134	0.0235	0.0811	0.0506	0.0518	54.992	19.638	-2.789
6	0.5941	-0.1552	-0.2254	0.9654	-0.0184	0.1224	-0.0161	0.0096	-0.0078	0.0059	-0.0179	0.0416	0.01	0.023	0.0339	0.0686	0.0022	0.032	0.0791	0.0365	0.0525	46.392	15.219	9.957
7	1.6663	1.1948	0.5356	2.6587	0.6548	0.9785	-0.0281	0.0274	-0.1273	-0.0516	-0.0267	-0.101	0.0975	0.0242	0.0548	0.0601	0.0285	0.049	0.0664	0.0314	0.0495	57.732	-2.217	5.966
8	6.6093	-1.887	1.565	6.1668	-3.6874	4.7299	0.0574	-0.0657	-0.35	-0.238	-0.1224	-0.3491	0.1982	0.2624	0.0651	0.1248	0.0438	0.1228	0.0746	0.0109	0.1845	69.392	-10.409	3.37
9	4.0046	-0.3684	-1.5588	1.6417	0.7025	2.6409	-0.031	-0.2003	-0.3718	0.0515	0.0164	-0.1436	0.2468	0.2529	0.0147	0.1422	0.0966	0.0548	0.0792	0.0654	0.1208	56.847	-24.003	29.177
10	0.8871	-0.1603	-0.4256	0.658	0.1932	0.4862	-0.0532	0.0171	-0.0971	0.0226	0.0098	-0.0815	0.0835	0.0714	0.0434	0.0972	0.0405	0.0459	0.0442	0.0234	0.0548	56.315	-12.195	18.64
11	2.4946	0.6521	-0.4456	0.8433	0.0667	0.631	0.0229	-0.1005	-0.0451	0.0513	0.0138	0.0751	0.0747	0.0214	-0.0366	0.0963	0.0393	0.0355	0.0463	0.0221	0.0402	42.682	-10.646	32.79
12	3.9929	-1.7573	-1.4184	2.04	-0.5723	5.4162	-0.3189	-0.2872	-0.2647	0.3056	0.1432	0.5303	-0.0734	0.2469	0.1757	0.1054	0.0103	0.0706	0.146	0.0697	0.2173	33.039	-14.945	46.635

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	8 - 58
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	59 - 198
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	199 - 249
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	250 - 272
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	8 - 58
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	59 - 195
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	196 - 247
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	248 - 272
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	12 - 64
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	65 - 181
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	182 - 247
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	248 - 272

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)