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- PDB-4mj8: Crystal structure of spermidine N-acetyltransferase from Vibrio c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mj8
タイトルCrystal structure of spermidine N-acetyltransferase from Vibrio cholerae in complex with polyamine
要素Spermidine n1-acetyltransferase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / spermidine (スペルミジン) / N-acetyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


spermidine catabolic process / polyamine catabolic process / spermine catabolic process / diamine N-acetyltransferase / diamine N-acetyltransferase activity / magnesium ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Acetyltransferase (GNAT) domain / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
エタノール / スペルミン / Spermidine N(1)-acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae O1 biovar El Tor (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.04 Å
データ登録者Filippova, E.V. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Kuhn, M.L. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of spermidine N-acetyltransferase from Vibrio cholerae in complex with polyamine
著者: Filippova, E.V. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Kuhn, M.L. / Anderson, W.F.
履歴
登録2013年9月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月5日Group: Structure summary
改定 1.22014年3月19日Group: Database references
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spermidine n1-acetyltransferase
B: Spermidine n1-acetyltransferase
C: Spermidine n1-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,01313
ポリマ－62,9273
非ポリマー1,08610
水5,657314
1
A: Spermidine n1-acetyltransferase
B: Spermidine n1-acetyltransferase
C: Spermidine n1-acetyltransferase
ヘテロ分子

A: Spermidine n1-acetyltransferase
B: Spermidine n1-acetyltransferase
C: Spermidine n1-acetyltransferase
ヘテロ分子

A: Spermidine n1-acetyltransferase
B: Spermidine n1-acetyltransferase
C: Spermidine n1-acetyltransferase
ヘテロ分子

A: Spermidine n1-acetyltransferase
B: Spermidine n1-acetyltransferase
C: Spermidine n1-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)256,05152
ポリマ－251,70812
非ポリマー4,34340
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-x,-y-1,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_545x,-y-1,-z1
Buried area46170 Å2
ΔGint87 kcal/mol
Surface area80290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.999, 135.445, 141.188
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-392-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Spermidine n1-acetyltransferase


分子量: 20975.646 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio cholerae O1 biovar El Tor (コレラ菌)
株: ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961 / 遺伝子: VC_A0947 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: Q9KL03
#2: 化合物
ChemComp-SPM / SPERMINE / スペルミン / スペルミン


分子量: 202.340 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H26N4
#3: 化合物
ChemComp-EOH / ETHANOL / エタノ-ル / エタノール


分子量: 46.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 314 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.83 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M Tris HCl, 20% Ethanol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月2日 / 詳細: Beryllium lenses
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.04→30 Å / Num. all: 45842 / Num. obs: 45842 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 41.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 49.3
反射 シェル解像度: 2.04→2.09 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.27 / Mean I/σ(I) obs: 9 / Num. unique all: 2180 / % possible all: 96.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3EG7

3eg7
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.04→29.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 7.533 / SU ML: 0.107 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.156 / ESU R Free: 0.146 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21087 2320 5.1 %RANDOM
Rwork0.16931 ---
obs0.17141 43518 99.02 %-
all-43518 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 46.192 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.53 Å20 Å20 Å2
2---4.24 Å2-0 Å2
3----1.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.04→29.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4300 0 74 314 4688
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0194569
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024375
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8531.9446148
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.86739987
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.4395523
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.33123.869274
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.7315794
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.6581538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1220.2634
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.025269
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021223
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.9882.9492074
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.9882.9492073
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.824.3972603
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.824.3972604
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.0723.3932495
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.0713.3952496
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.6134.9273546
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.56713.9835413
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.54613.8015292
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.04→2.091 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.257 147 -
Rwork0.232 2911 -
obs--90.21 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.39410.30930.2621.0321-0.0911.43410.0507-0.04580.07430.44850.03750.334-0.1754-0.2306-0.08820.22140.04260.15250.04830.01520.116-14.1909-53.271131.738
20.2091-0.5976-0.151.9335-0.09491.62760.0563-0.03250.137-0.0488-0.0588-0.3962-0.40210.45170.00250.1022-0.11050.0150.12580.00840.119114.2017-33.2553-3.1754
30.1532-0.3416-0.331.64770.34250.9167-0.0001-0.08870.06460.3485-0.011-0.4251-0.15550.27260.01110.1596-0.0768-0.10250.10540.02160.140714.1937-47.479328.2956
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 171
2X-RAY DIFFRACTION2B3 - 170
3X-RAY DIFFRACTION3C4 - 173

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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