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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4mit | ||||||
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タイトル | Crystal structure of E. histolytica RacC bound to the EhPAK4 PBD | ||||||
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機能・相同性 | ![]() small GTPase-mediated signal transduction / ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bosch, D.E. / Siderovski, D.P. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Entamoeba histolytica RacC Selectively Engages p21-Activated Kinase Effectors. 著者: Bosch, D.E. / Siderovski, D.P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 196.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 156.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3th5S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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4 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20645.807 Da / 分子数: 4 / 変異: Q65L / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 株: HM-1:IMSS / 遺伝子: EhRacC, KM1_331620 / プラスミド: pLIC His / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: M7WE85, UniProt: Q24816*PLUS, ![]() #2: タンパク質 | ![]() 分子量: 7505.105 Da / 分子数: 4 / Fragment: EhPAK4 PBD, unp residues 33-99 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 株: HM-1:IMSS / 遺伝子: EHI7A_018700, EhPAK4 / プラスミド: pLIC His / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() #3: 化合物 | ChemComp-GTP / ![]() #4: 化合物 | ChemComp-MG / #5: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.4 % |
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結晶化![]() | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: EhRacC-GTP/EhPAK4 PBD complex was mixed 1:1 with and equilibrated against crystallization solution containing 22% (w/v) PEG 4000, 200 mM magnesium chloride, and 100 mM MES, pH 6.5, VAPOR ...詳細: EhRacC-GTP/EhPAK4 PBD complex was mixed 1:1 with and equilibrated against crystallization solution containing 22% (w/v) PEG 4000, 200 mM magnesium chloride, and 100 mM MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年2月14日 / 詳細: custom |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.35→46.9 Å / Num. all: 41369 / Num. obs: 36818 / % possible obs: 89 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 48.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 34.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.35→2.37 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.687 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 910 / % possible all: 85 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 3TH5 解像度: 2.35→46.896 Å / SU ML: 0.28 / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 26.64 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.35→46.896 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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