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- PDB-4mgc: Crystal structure of hERa-LBD (Y537S) in complex with benzophenone-2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mgc
タイトルCrystal structure of hERa-LBD (Y537S) in complex with benzophenone-2
要素
  • Estrogen receptorエストロゲン受容体
  • Nuclear receptor coactivator 1核内受容体コアクチベーター1
キーワードHORMONE RECEPTOR / ligand-binding domain of nuclear hormone receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


labyrinthine layer morphogenesis / regulation of thyroid hormone mediated signaling pathway / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / positive regulation of female receptivity / regulation of epithelial cell apoptotic process / antral ovarian follicle growth / G protein-coupled estrogen receptor activity / hypothalamus development / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / male mating behavior ...labyrinthine layer morphogenesis / regulation of thyroid hormone mediated signaling pathway / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / positive regulation of female receptivity / regulation of epithelial cell apoptotic process / antral ovarian follicle growth / G protein-coupled estrogen receptor activity / hypothalamus development / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / male mating behavior / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / regulation of toll-like receptor signaling pathway / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / nuclear estrogen receptor activity / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation / prostate epithelial cord elongation / epithelial cell development / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / mammary gland branching involved in pregnancy / uterus development / vagina development / androgen metabolic process / TFIIB-class transcription factor binding / steroid hormone mediated signaling pathway / estrous cycle / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / Synthesis of bile acids and bile salts / mammary gland alveolus development / intracellular estrogen receptor signaling pathway / cellular response to estrogen stimulus / estrogen response element binding / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / positive regulation of phospholipase C activity / nuclear retinoid X receptor binding / intracellular steroid hormone receptor signaling pathway / response to retinoic acid / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / Nuclear signaling by ERBB4 / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / histone acetyltransferase activity / regulation of cellular response to insulin stimulus / Recycling of bile acids and salts / ヒストンアセチルトランスフェラーゼ / cellular response to hormone stimulus / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / protein localization to chromatin / positive regulation of adipose tissue development / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / RORA activates gene expression / TBP-class protein binding / 授乳 / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / steroid binding / positive regulation of neuron differentiation / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / nitric-oxide synthase regulator activity / cerebellum development / ESR-mediated signaling / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / 14-3-3 protein binding / transcription corepressor binding / SUMOylation of transcription cofactors / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / negative regulation of miRNA transcription / nuclear receptor coactivator activity / response to progesterone / cellular response to estradiol stimulus / transcription coregulator binding / nuclear estrogen receptor binding / 細胞分化 / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / nuclear receptor binding / hippocampus development / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / Heme signaling / ユークロマチン / SUMOylation of intracellular receptors / mRNA transcription by RNA polymerase II / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / transcription coactivator binding / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / cerebral cortex development / beta-catenin binding / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Nuclear Receptor transcription pathway / response to estrogen / RNA polymerase II transcription regulator complex / male gonad development / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / Regulation of RUNX2 expression and activity / nuclear receptor activity / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of fibroblast proliferation
類似検索 - 分子機能
核内受容体コアクチベーター1 / エストロゲン受容体 / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal domain / : / エストロゲン受容体 / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily ...核内受容体コアクチベーター1 / エストロゲン受容体 / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal domain / : / エストロゲン受容体 / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / PAS domain / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Nuclear receptor coactivator, interlocking / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / 核内受容体 / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
bis(2,4-dihydroxyphenyl)methanone / エストロゲン受容体 / 核内受容体コアクチベーター1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Delfosse, V. / Grimaldi, M. / Bourguet, W.
引用ジャーナル: Environ.Health Perspect. / 年: 2014
タイトル: Structural and functional profiling of environmental ligands for estrogen receptors.
著者: Delfosse, V. / Grimaldi, M. / Cavailles, V. / Balaguer, P. / Bourguet, W.
履歴
登録2013年8月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月8日Group: Database references
改定 1.22014年12月17日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Estrogen receptor
B: Estrogen receptor
F: Nuclear receptor coactivator 1
G: Nuclear receptor coactivator 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,21710
ポリマ－61,3564
非ポリマー8616
水3,585199
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6110 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area19210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.020, 83.870, 58.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.00, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Estrogen receptor / エストロゲン受容体 / ER / ER-alpha / Estradiol receptor / Nuclear receptor subfamily 3 group A member 1


分子量: 29086.217 Da / 分子数: 2 / 断片: ligand binding domain (UNP residues 302-552) / 変異: Y537S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ESR, ESR1, NR3A1 / プラスミド: pET32a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P03372
#2: タンパク質・ペプチド Nuclear receptor coactivator 1 / 核内受容体コアクチベーター1 / NCoA-1 / Class E basic helix-loop-helix protein 74 / bHLHe74 / Protein Hin-2 / RIP160 / Renal ...NCoA-1 / Class E basic helix-loop-helix protein 74 / bHLHe74 / Protein Hin-2 / RIP160 / Renal carcinoma antigen NY-REN-52 / Steroid receptor coactivator 1 / SRC-1


分子量: 1591.880 Da / 分子数: 2 / 断片: coactivator peptide SRC-1 (UNP residues 686-698) / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15788
#3: 化合物 ChemComp-27M / bis(2,4-dihydroxyphenyl)methanone / 2,2′,4,4′-テトラヒドロキシベンゾフェノン


分子量: 246.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H10O5
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 199 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.82 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.75
詳細: 300 mM sodium chloride, 100 mM HEPES, 28% PEG3350, pH 7.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月10日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→46.12 Å / Num. obs: 27695 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 15.41
反射 シェル解像度: 2.15→2.28 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 3.66 / Rsym value: 0.448 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3UUD

3uud


解像度: 2.15→46.119 Å / SU ML: 0.29 / σ(F): 2 / 位相誤差: 22.78 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2405 1384 5 %
Rwork0.1827 --
obs0.1855 27693 99.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 64.863 Å2 / ksol: 0.362 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.8212 Å2-0 Å24.7423 Å2
2--6.0178 Å2-0 Å2
3---0.8034 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→46.119 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3834 0 60 199 4093
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0044011
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7185438
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.251466
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052644
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003677
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.15-2.22690.25931350.21692575X-RAY DIFFRACTION99
2.2269-2.3160.29341380.20792609X-RAY DIFFRACTION99
2.316-2.42140.26941370.19092607X-RAY DIFFRACTION99
2.4214-2.54910.28751400.19072661X-RAY DIFFRACTION100
2.5491-2.70880.27061360.19422580X-RAY DIFFRACTION99
2.7088-2.91790.23991400.19332668X-RAY DIFFRACTION100
2.9179-3.21150.2631380.18232616X-RAY DIFFRACTION100
3.2115-3.6760.21671400.17522657X-RAY DIFFRACTION100
3.676-4.63070.19531390.15342652X-RAY DIFFRACTION100
4.6307-46.12990.2381410.19052684X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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