+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4m75 | ||||||
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Title | Crystal structure of Lsm1-7 complex | ||||||
Components | (U6 snRNA-associated Sm-like protein ...) x 7 | ||||||
Keywords | RNA BINDING PROTEIN / Sm Like Protein / RNA splicing / STRUCTURAL PROTEIN | ||||||
Function / homology | Function and homology information mRNA decay by 5' to 3' exoribonuclease / Lsm1-7-Pat1 complex / U6 snRNP / RNA cap binding / deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / U4/U6 snRNP / P-body assembly / spliceosomal tri-snRNP complex / sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay ...mRNA decay by 5' to 3' exoribonuclease / Lsm1-7-Pat1 complex / U6 snRNP / RNA cap binding / deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / U4/U6 snRNP / P-body assembly / spliceosomal tri-snRNP complex / sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / U2-type prespliceosome / tRNA processing / precatalytic spliceosome / U6 snRNA binding / spliceosomal snRNP assembly / maturation of SSU-rRNA / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / P-body / spliceosomal complex / mRNA processing / mRNA splicing, via spliceosome / rRNA processing / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / chromatin binding / nucleolus / RNA binding / nucleus / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Saccharomyces cerevisiae (brewer's yeast) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.95 Å | ||||||
Authors | Zhou, L. / Hang, J. / Zhou, Y. / Wan, R. / Lu, G. / Yan, C. / Shi, Y. | ||||||
Citation | Journal: Nature / Year: 2014 Title: Crystal structures of the Lsm complex bound to the 3' end sequence of U6 small nuclear RNA. Authors: Zhou, L. / Hang, J. / Zhou, Y. / Wan, R. / Lu, G. / Yin, P. / Yan, C. / Shi, Y. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4m75.cif.gz | 489.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4m75.ent.gz | 406 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4m75.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m7/4m75 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m7/4m75 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4m77C 4m78C 4m7aC 4m7dC 1i81S C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-U6 snRNA-associated Sm-like protein ... , 7 types, 14 molecules AHBICJDKELFMGN
#1: Protein | Mass: 17473.814 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Saccharomyces cerevisiae (brewer's yeast) Strain: ATCC 204508 / S288c / Gene: LSM1, SPB8, YJL124C, J0714 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P47017 #2: Protein | Mass: 11302.508 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: C45S Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Saccharomyces cerevisiae (brewer's yeast) Strain: ATCC 204508 / S288c / Gene: LSM2, SMX5, SNP3, YBL026W, YBL0425 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P38203 #3: Protein | Mass: 10100.921 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: C37S,C63S Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Saccharomyces cerevisiae (brewer's yeast) Strain: ATCC 204508 / S288c / Gene: LSM3, SMX4, USS2, YLR438C-A / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P57743 #4: Protein | Mass: 9547.265 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Saccharomyces cerevisiae (brewer's yeast) Strain: ATCC 204508 / S288c / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q06406 #5: Protein | Mass: 10573.641 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Saccharomyces cerevisiae (brewer's yeast) Strain: ATCC 204508 / S288c / Gene: LSM5, YER146W / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P40089 #6: Protein | Mass: 13261.521 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Saccharomyces cerevisiae (brewer's yeast) Strain: ATCC 204508 / S288c / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P53905 #7: Protein | Mass: 14088.342 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Saccharomyces cerevisiae (brewer's yeast) Strain: ATCC 204508 / S288c / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P40070 |
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-Non-polymers , 1 types, 2 molecules
#8: Chemical |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.13 Å3/Da / Density % sol: 42.35 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 100mM MES 6.5, 25% PEG600, 20mM CaCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U / Wavelength: 0.9795 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jan 11, 2012 / Details: mirrors |
Radiation | Monochromator: Si 111 CHANNEL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.95→40 Å / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 |
Reflection shell | Resolution: 2.95→3.06 Å / % possible all: 98.2 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 1I81 Resolution: 2.95→38.66 Å / SU ML: 0.56 / σ(F): 0.89 / Phase error: 31.7 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.98 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 52.09 Å2 / ksol: 0.31 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.95→38.66 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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