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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4m6d | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the aptamer minF-lysozyme complex. | ||||||
要素 |
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キーワード | Hydrolase/RNA / STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / NYSGRC / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium / Hydrolase-RNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium ...抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / 小胞体 / extracellular space / identical protein binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Gallus gallus (ニワトリ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.68 Å | ||||||
データ登録者 | Malashkevich, V.N. / Padlan, F.C. / Toro, R. / Girvin, M. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of the aptamer minF-lysozyme complex. 著者: Malashkevich, V.N. / Padlan, F.C. / Toro, R. / Girvin, M. / Almo, S.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4m6d.cif.gz | 604.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4m6d.ent.gz | 495.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4m6d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m6/4m6d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m6/4m6d | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 4m4oS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: LYZ, lyz1 / プラスミド: BC-PSGX3(BC) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CODON+RIL / 参照: UniProt: P00698, リゾチーム #2: RNA鎖 | 分子量: 14521.679 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: minF #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.5 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.1M Malonic Acid, 0.15 M Ammonium Citrate Tribasic, 0.072 M Succinic Acid, 0.18 M DL-Malic Acid, 0.24 M Sodium Acetate, 0.3 M Sodium Formate, 0.096 M Ammonium Tartrate Dibasic, Final pH 7.0, ...詳細: 1.1M Malonic Acid, 0.15 M Ammonium Citrate Tribasic, 0.072 M Succinic Acid, 0.18 M DL-Malic Acid, 0.24 M Sodium Acetate, 0.3 M Sodium Formate, 0.096 M Ammonium Tartrate Dibasic, Final pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月18日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SAD / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.075 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection twin |
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反射 | 解像度: 2.68→50 Å / Num. obs: 67209 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 12.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 4M4O 解像度: 2.68→38.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 20.942 / SU ML: 0.198 / SU R Cruickshank DPI: 0.1634 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.062 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT. ORIGINALLY DATA WERE PROCESSED IN H3, WITH ONE RNA:PROTEIN HETERDIMER PER ASYMMETRIC UNIT. BUT REFINEMENT STATISTICS WERE AROUND 0.32/0.36. ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT. ORIGINALLY DATA WERE PROCESSED IN H3, WITH ONE RNA:PROTEIN HETERDIMER PER ASYMMETRIC UNIT. BUT REFINEMENT STATISTICS WERE AROUND 0.32/0.36. THE REFINEMENT STATISTICS ARE MUCH BETTER WHEN DATA PROCESSED IN P1, INDICATING DIFFERENCES BETWEEN SUBUNITS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 122.84 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.68→38.04 Å
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拘束条件 |
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