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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4m4x | ||||||
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タイトル | Structure and Dimerization Properties of the Aryl Hydrocarbon Receptor (AHR) PAS-A Domain | ||||||
要素 | Aryl hydrocarbon receptor芳香族炭化水素受容体 | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / AHR / PAS-A / Dimer / interface / transcription factor (転写因子) / ARNT | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 circumferential growth involved in left ventricle morphogenesis / negative regulation of calcium ion transmembrane transport / cellular response to 3-methylcholanthrene / regulation of heart growth / negative regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / cytosolic aryl hydrocarbon receptor complex / glomerulus morphogenesis / gland development / reactive oxygen species biosynthetic process / Phase I - Functionalization of compounds ...circumferential growth involved in left ventricle morphogenesis / negative regulation of calcium ion transmembrane transport / cellular response to 3-methylcholanthrene / regulation of heart growth / negative regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / cytosolic aryl hydrocarbon receptor complex / glomerulus morphogenesis / gland development / reactive oxygen species biosynthetic process / Phase I - Functionalization of compounds / 生体異物 / Aryl hydrocarbon receptor signalling / kidney morphogenesis / omega-hydroxylase P450 pathway / arachidonic acid omega-hydroxylase activity / positive regulation of growth rate / lymphocyte homeostasis / regulation of adaptive immune response / cellular response to 2,3,7,8-tetrachlorodibenzodioxine / Endogenous sterols / nuclear aryl hydrocarbon receptor complex / cardiac left ventricle morphogenesis / negative regulation of osteoblast proliferation / cellular response to toxic substance / reproductive structure development / prostate gland development / aryl hydrocarbon receptor complex / B-1 B cell homeostasis / post-embryonic hemopoiesis / negative regulation of DNA biosynthetic process / camera-type eye development / vasculature development / negative regulation of systemic arterial blood pressure / 循環器 / blood vessel morphogenesis / negative regulation of vasoconstriction / branching involved in blood vessel morphogenesis / immune system process / blood vessel development / E-box binding / T cell homeostasis / aryl hydrocarbon receptor binding / B cell homeostasis / protein localization to nucleus / positive regulation of cell size / toxic substance binding / negative regulation of osteoblast differentiation / blood vessel remodeling / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / ovarian follicle development / spleen development / xenobiotic metabolic process / B cell differentiation / liver development / Hsp90 protein binding / circadian regulation of gene expression / cell morphogenesis / response to organic cyclic compound / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / protein-folding chaperone binding / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / transcription by RNA polymerase II / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / response to xenobiotic stimulus / positive regulation of apoptotic process / 細胞周期 / protein heterodimerization activity / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / DNA binding / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.551 Å | ||||||
データ登録者 | Wu, D. / Potluri, N. / Kim, Y. / Rastinejad, F. | ||||||
引用 | ジャーナル: Mol.Cell.Biol. / 年: 2013 タイトル: Structure and dimerization properties of the aryl hydrocarbon receptor PAS-A domain. 著者: Wu, D. / Potluri, N. / Kim, Y. / Rastinejad, F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4m4x.cif.gz | 111.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4m4x.ent.gz | 85.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4m4x.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m4/4m4x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m4/4m4x | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン: (詳細: chain B and segid A) NCSドメイン領域: (Selection details: chain 'B' and segid 'A ') |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21129.623 Da / 分子数: 2 / 断片: PAS-A domain, UNP residues 110-267 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: C57BL / 遺伝子: Ahr / プラスミド: pSJ2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P30561 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.32 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 100 mM HEPES, 1.6 M Ammonium Sulfate and 2% PEG 1000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9793 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.55→50 Å / Num. obs: 14659 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 9.1 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Χ2: 1.124 / Net I/σ(I): 11.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.551→33.86 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8256 / SU ML: 0.26 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.56 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 160.61 Å2 / Biso mean: 60.8807 Å2 / Biso min: 25.76 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.551→33.86 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | 数: 929 / タイプ: POSITIONAL / Rms dev position: 12.282 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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