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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4m25 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of non-heme iron oxygenase OrfP in complex with Fe and alpha-ketoglutaric acid | ||||||
要素 | L-arginine beta-hydroxylase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / hydroxylase (ヒドロキシル化) / Fe binding | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 L-arginine hydroxylase / 2-oxoglutarate, L-arginine oxygenase (succinate-forming) activity / 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む / iron ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Streptomyces lavendulae (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.84 Å | ||||||
データ登録者 | Chang, C.Y. / Liu, Y.C. / Lyu, S.Y. / Wu, C.C. / Li, T.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2014 タイトル: Biosynthesis of streptolidine involved two unexpected intermediates produced by a dihydroxylase and a cyclase through unusual mechanisms. 著者: Chang, C.Y. / Lyu, S.Y. / Liu, Y.C. / Hsu, N.S. / Wu, C.C. / Tang, C.F. / Lin, K.H. / Ho, J.Y. / Wu, C.J. / Tsai, M.D. / Li, T.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4m25.cif.gz | 296.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4m25.ent.gz | 236.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4m25.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m2/4m25 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m2/4m25 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 4m23SC 4m26C 4m27C 4m2cC 4m2eC 4m2fC 4m2gC 4m2iC 4m2jC 4m2kC 4m2mC 4ne0C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41188.082 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces lavendulae (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G9MBV2 #2: 化合物 | ChemComp-FE / #3: 化合物 | ChemComp-AKG / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.49 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 詳細: 100 mM Bis Tris Propane, 200 mM NaF, and 20% PEG 3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13C1 / 波長: 0.9762 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月14日 |
放射 | モノクロメーター: Horizontally Focusing Single Crystal Monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9762 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.84→30 Å / Num. all: 130806 / Num. obs: 124087 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 |
反射 シェル | 解像度: 1.84→1.91 Å / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.6.0117 / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4M23 解像度: 1.84→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 3.329 / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.14 / ESU R Free: 0.133 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.965 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.84→30 Å
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拘束条件 |
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