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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4m1f | ||||||
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タイトル | X-ray crystal structure of E. coli apo NrdF | ||||||
要素 | Ribonucleoside-diphosphate reductase 2 subunit betaリボヌクレオシド二リン酸レダクターゼ | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / ribonucleotide reductase (リボヌクレオシド二リン酸レダクターゼ) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ribonucleoside diphosphate metabolic process / 2'-deoxyribonucleotide biosynthetic process / ribonucleoside-diphosphate reductase complex / リボヌクレオシド二リン酸レダクターゼ / ribonucleoside-diphosphate reductase activity, thioredoxin disulfide as acceptor / deoxyribonucleotide biosynthetic process / manganese ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Boal, A.K. / Cotruvo Jr., J.A. / Stubbe, J. / Rosenzweig, A.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: X-ray crystal structure of E. coli apo NrdF 著者: Boal, A.K. / Cotruvo Jr., J.A. / Stubbe, J. / Rosenzweig, A.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4m1f.cif.gz | 74.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4m1f.ent.gz | 54.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4m1f.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m1/4m1f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m1/4m1f | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3n37S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36475.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b2676, JW2651, nrdF, ygaD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P37146, リボヌクレオシド二リン酸レダクターゼ |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.27 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 25% PEG4000, 0.2 M sodium acetate, 0.2 M lithium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97897 |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月23日 |
放射 | モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97897 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→29.987 Å / Num. all: 34048 / Num. obs: 33502 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 10.6 % / Rsym value: 0.086 / Net I/σ(I): 25.6 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 8.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Rsym value: 0.673 / % possible all: 96.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3N37 解像度: 2→29.987 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 2.823 / SU ML: 0.077 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.124 / ESU R Free: 0.115 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 68.9 Å2 / Biso mean: 29.2023 Å2 / Biso min: 17.05 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→29.987 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
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