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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4m0m | ||||||
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タイトル | The crystal structure of a functionally unknown protein lpg2422 from Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1 | ||||||
要素 | Putative uncharacterized protein | ||||||
キーワード | UNKNOWN FUNCTION / structural genomics (構造ゲノミクス) / PSI-Biology / protein structure initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Methyltransferase, Methionine Synthase (B12-binding Domains); Chain A, domain 1 - #80 / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 - #430 / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 - #440 / Domain of unknown function DUF5621 / Domain of unknown function (DUF5621) / Methyltransferase, Methionine Synthase (B12-binding Domains); Chain A, domain 1 / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / Alpha/Beta hydrolase fold / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | Legionella pneumophila subsp. pneumophila (レジオネラ・ニューモフィラ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.192 Å | ||||||
データ登録者 | Tan, K. / Li, H. / Clancy, S. / Shuman, H. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: The crystal structure of a functionally unknown protein lpg2422 from Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1 著者: Tan, K. / Li, H. / Clancy, S. / Shuman, H. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4m0m.cif.gz | 298.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4m0m.ent.gz | 251.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4m0m.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m0/4m0m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m0/4m0m | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 87899.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (レジオネラ・ニューモフィラ) 株: Philadelphia 1 / 遺伝子: lpg2422 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)MAGIC / 参照: UniProt: Q5ZSU4 | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.58 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2M Calcium Acetate, 0.1M Sodium Cacodylate:HCl, 40% PEG300, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97937 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月1日 / 詳細: mirror |
放射 | モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97937 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→34 Å / Num. all: 43629 / Num. obs: 43629 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): -5 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 21.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.644 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 2037 / % possible all: 93.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.192→33.975 Å / SU ML: 0.26 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.55 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.192→33.975 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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