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- PDB-4lyj: Crystal Structure of small molecule vinylsulfonamide 9 covalently... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4lyj | ||||||
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Title | Crystal Structure of small molecule vinylsulfonamide 9 covalently bound to K-Ras G12C, alternative space group | ||||||
![]() | GTPase KRas | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() forebrain astrocyte development / negative regulation of epithelial cell differentiation / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ostrem, J.M. / Peters, U. / Sos, M.L. / Wells, J.A. / Shokat, K.M. | ||||||
![]() | ![]() Title: K-Ras(G12C) inhibitors allosterically control GTP affinity and effector interactions. Authors: Ostrem, J.M. / Peters, U. / Sos, M.L. / Wells, J.A. / Shokat, K.M. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 87.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 63.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 4l8gC ![]() 4l9sC ![]() 4l9wC ![]() 4lpkC ![]() 4lrwC ![]() 4lucC ![]() 4lv6C ![]() 4lyfC ![]() 4lyhC ![]() 4m1oC ![]() 4m1sC ![]() 4m1tC ![]() 4m1wC ![]() 4m1yC ![]() 4m21C ![]() 4m22C ![]() 3gftS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 19352.785 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 1-169 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: Chemical | ChemComp-MG / |
#3: Chemical | ChemComp-21F / |
#4: Chemical | ChemComp-GDP / ![]() |
#5: Water | ChemComp-HOH / ![]() |
Sequence details | THE SEQUENCE IN THE STRUCTURE REPRESENTS ISOFORM 2B OF GTPASE KRAS. THIS ISOFORM DIFFERS FROM THE ...THE SEQUENCE IN THE STRUCTURE REPRESENTS |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.89 Å3/Da / Density % sol: 35.06 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.6 Details: 30% PEG4000, 0.2M NH4CH3COO, 0.1M Na-citrate, pH 5.6, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Nov 14, 2012 |
Diffraction measurement | Details: 1.00 degrees, 4.0 sec, detector distance 200.00 mm / Method: \w scans |
Radiation | Monochromator: Double crystal, Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Av R equivalents: 0.17 / Number: 81041 |
Reflection | Resolution: 1.93→25 Å / Num. obs: 11573 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.17 / Rsym value: 0.17 / Net I/σ(I): 10.209 |
Reflection shell | Resolution: 1.93→1.96 Å / Redundancy: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.382 / Mean I/σ(I) obs: 4.702 / Rsym value: 0.382 / % possible all: 100 |
Cell measurement | Reflection used: 81041 |
-Phasing
Phasing![]() | Method: ![]() | |||||||||
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Phasing MR |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: PDB ENTRY 3GFT Resolution: 1.927→24.179 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.35 / Phase error: 20.33 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 71.06 Å2 / Biso mean: 27.867 Å2 / Biso min: 10.45 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.927→24.179 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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