[日本語] English
万見
- PDB-4ly1: Structure of Human HDAC2 in complex with inhibitor 4-(acetylamino... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ly1
タイトルStructure of Human HDAC2 in complex with inhibitor 4-(acetylamino)-N-[2-amino-5-(thiophen-2-yl)phenyl]benzamide
要素Histone deacetylase 2
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / deacetylase / Histone (ヒストン) / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


protein de-2-hydroxyisobutyrylase activity / positive regulation of male mating behavior / negative regulation of peptidyl-lysine acetylation / p75NTR negatively regulates cell cycle via SC1 / epidermal cell differentiation / negative regulation of dendritic spine development / histone decrotonylase activity / fungiform papilla formation / negative regulation of MHC class II biosynthetic process / behavioral response to ethanol ...protein de-2-hydroxyisobutyrylase activity / positive regulation of male mating behavior / negative regulation of peptidyl-lysine acetylation / p75NTR negatively regulates cell cycle via SC1 / epidermal cell differentiation / negative regulation of dendritic spine development / histone decrotonylase activity / fungiform papilla formation / negative regulation of MHC class II biosynthetic process / behavioral response to ethanol / positive regulation of interleukin-1 production / regulation of cell fate specification / NuRD complex / negative regulation of stem cell population maintenance / EGR2 and SOX10-mediated initiation of Schwann cell myelination / negative regulation of transcription by competitive promoter binding / ESC/E(Z) complex / regulation of stem cell differentiation / cellular response to dopamine / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / ヒストン脱アセチル化酵素 / cardiac muscle hypertrophy / protein lysine deacetylase activity / positive regulation of signaling receptor activity / response to caffeine / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / histone deacetylase activity / embryonic digit morphogenesis / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / positive regulation of stem cell population maintenance / Sin3-type complex / Notch-HLH transcription pathway / dendrite development / eyelid development in camera-type eye / odontogenesis of dentin-containing tooth / positive regulation of proteolysis / RNA Polymerase I Transcription Initiation / response to amyloid-beta / histone deacetylase complex / hair follicle placode formation / Regulation of MECP2 expression and activity / NF-kappaB binding / positive regulation of collagen biosynthetic process / response to hyperoxia / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / heterochromatin formation / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / cellular response to retinoic acid / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / response to amphetamine / heat shock protein binding / SUMOylation of chromatin organization proteins / negative regulation of cell migration / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / response to nicotine / response to cocaine / Regulation of PTEN gene transcription / HDACs deacetylate histones / promoter-specific chromatin binding / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / circadian regulation of gene expression / protein modification process / NoRC negatively regulates rRNA expression / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / cellular response to hydrogen peroxide / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / histone deacetylase binding / positive regulation of tumor necrosis factor production / negative regulation of neuron projection development / cellular response to heat / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / histone binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / Potential therapeutics for SARS / response to lipopolysaccharide / chromosome, telomeric region / クロマチンリモデリング / response to xenobiotic stimulus / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / positive regulation of cell population proliferation / クロマチン / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / RNA binding / 核質 / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
ヒストン脱アセチル化酵素 / Histone deacetylase domain / Arginase; Chain A / Histone deacetylase family / Histone deacetylase domain / Histone deacetylase domain superfamily / Histone deacetylase domain / Ureohydrolase domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-20Y / Histone deacetylase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.57 Å
データ登録者Fong, R. / Lupardus, P.J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Histone Deacetylase (HDAC) Inhibitor Kinetic Rate Constants Correlate with Cellular Histone Acetylation but Not Transcription and Cell Viability.
著者: Lauffer, B.E. / Mintzer, R. / Fong, R. / Mukund, S. / Tam, C. / Zilberleyb, I. / Flicke, B. / Ritscher, A. / Fedorowicz, G. / Vallero, R. / Ortwine, D.F. / Gunzner, J. / Modrusan, Z. / ...著者: Lauffer, B.E. / Mintzer, R. / Fong, R. / Mukund, S. / Tam, C. / Zilberleyb, I. / Flicke, B. / Ritscher, A. / Fedorowicz, G. / Vallero, R. / Ortwine, D.F. / Gunzner, J. / Modrusan, Z. / Neumann, L. / Koth, C.M. / Lupardus, P.J. / Kaminker, J.S. / Heise, C.E. / Steiner, P.
履歴
登録2013年7月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月2日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Histone deacetylase 2
B: Histone deacetylase 2
C: Histone deacetylase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,30224
ポリマ－127,1023
非ポリマー3,20121
水15,241846
1
A: Histone deacetylase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,4308
ポリマ－42,3671
非ポリマー1,0637
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Histone deacetylase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,6379
ポリマ－42,3671
非ポリマー1,2708
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Histone deacetylase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,2367
ポリマ－42,3671
非ポリマー8686
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.034, 97.490, 138.922
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Histone deacetylase 2 / / HD2


分子量: 42367.234 Da / 分子数: 3 / 断片: core domain (UNP residues 8-376) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HDAC2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q92769, ヒストン脱アセチル化酵素

-
非ポリマー , 7種, 867分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物
ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 194.226 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-20Y / 4-(acetylamino)-N-[2-amino-5-(thiophen-2-yl)phenyl]benzamide / N-[2-アミノ-5-(2-チエニル)フェニル]-4-(アセチルアミノ)ベンズアミド


分子量: 351.422 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H17N3O2S
#7: 化合物 ChemComp-NHE / 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID / N-CYCLOHEXYLTAURINE / CHES / 2-(シクロヘキシルアミノ)エタンスルホン酸 / CHES (buffer)


分子量: 207.290 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H17NO3S / コメント: pH緩衝剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 846 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.83 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5
詳細: 0.1M CHES, pH 9.5, 40% PEG-600, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.979
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.57→50 Å / Num. obs: 174095 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 18.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 21
反射 シェル解像度: 1.57→1.63 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.587 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
BUSTER2.11.2精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3MAX

3max


解像度: 1.57→33.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9551 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9495 / SU R Cruickshank DPI: 0.073 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1874 8703 5 %RANDOM
Rwork0.1691 ---
obs0.17 174095 99.94 %-
原子変位パラメータBiso mean: 22.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.3686 Å20 Å20 Å2
2---6.5864 Å20 Å2
3---3.2178 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.163 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.57→33.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8869 0 201 846 9916
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.019480HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg112784HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3329SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes227HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1389HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it9480HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.7
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.66
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1117SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact12225SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.57→1.61 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2347 646 5.1 %
Rwork0.217 12015 -
all0.2179 12661 -
obs--99.94 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る