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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ljk
タイトルStructural insights into the unique single-stranded DNA binding mode of DNA processing protein A from Helicobacter pylori
要素DNA processing chain A (DprA)
キーワードDNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / DNA processg A domain / Rossmann fold (ロスマンフォールド) / ssDNA binding (デオキシリボ核酸) / natural recombination mediating protein / selenium derivative
機能・相同性DNA recombination-mediator protein A / DNA recombination-mediator protein A / DNA-mediated transformation / Rossmann fold - #450 / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / DNA processing chain A (DprA)
機能・相同性情報
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.354 Å
データ登録者Wang, W.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2014
タイトル: Structural insights into the unique single-stranded DNA-binding mode of Helicobacter pylori DprA.
著者: Wang, W. / Ding, J. / Zhang, Y. / Hu, Y. / Wang, D.C.
履歴
登録2013年7月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月29日Group: Database references
改定 1.22014年4月2日Group: Database references
改定 1.32014年11月12日Group: Structure summary

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA processing chain A (DprA)
B: DNA processing chain A (DprA)
E: DNA processing chain A (DprA)
F: DNA processing chain A (DprA)
H: DNA processing chain A (DprA)
C: DNA processing chain A (DprA)
D: DNA processing chain A (DprA)
G: DNA processing chain A (DprA)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)207,6588
ポリマ－207,6588
非ポリマー00
水6,215345
1
A: DNA processing chain A (DprA)
H: DNA processing chain A (DprA)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,9152
ポリマ－51,9152
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1580 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area19540 Å2
手法PISA
2
B: DNA processing chain A (DprA)
D: DNA processing chain A (DprA)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,9152
ポリマ－51,9152
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1580 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area19910 Å2
手法PISA
3
E: DNA processing chain A (DprA)
C: DNA processing chain A (DprA)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,9152
ポリマ－51,9152
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1450 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area19600 Å2
手法PISA
4
F: DNA processing chain A (DprA)
G: DNA processing chain A (DprA)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,9152
ポリマ－51,9152
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1580 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area19650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.880, 42.430, 181.330
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.65, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
DNA processing chain A (DprA)


分子量: 25957.258 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: 26695 / 遺伝子: HP0333, HP_0333 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O25100
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 345 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 25% PEG3350, 100 mM HEPES, 100 mM potassium thiocyanate, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.97886
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97886 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→59.51 Å / Num. all: 71252 / Num. obs: 70980 / % possible obs: 99.1 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.354→59.227 Å / SU ML: 0.4 / σ(F): 0 / 位相誤差: 28.6 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2537 3554 5.06 %random
Rwork0.1862 ---
obs0.1897 70277 97.9 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 37.438 Å2 / ksol: 0.345 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.4589 Å20 Å23.0067 Å2
2--20.9191 Å20 Å2
3----12.4602 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.354→59.227 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13520 0 0 345 13865
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00813768
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.05818632
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.0365274
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072174
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052386
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.354-2.38620.36781410.24972374X-RAY DIFFRACTION91
2.3862-2.42030.37071370.25922513X-RAY DIFFRACTION94
2.4203-2.45650.34281480.2442587X-RAY DIFFRACTION95
2.4565-2.49480.37761410.25632590X-RAY DIFFRACTION95
2.4948-2.53580.34241350.23982536X-RAY DIFFRACTION97
2.5358-2.57950.37131310.23172605X-RAY DIFFRACTION96
2.5795-2.62640.3071450.23242644X-RAY DIFFRACTION97
2.6264-2.67690.30181480.21962635X-RAY DIFFRACTION98
2.6769-2.73150.31941460.22182592X-RAY DIFFRACTION98
2.7315-2.79090.33571200.22472725X-RAY DIFFRACTION98
2.7909-2.85590.32411470.21652660X-RAY DIFFRACTION98
2.8559-2.92730.30231380.212640X-RAY DIFFRACTION99
2.9273-3.00640.29661390.21372733X-RAY DIFFRACTION99
3.0064-3.09490.29921360.20662688X-RAY DIFFRACTION100
3.0949-3.19480.32191200.21292714X-RAY DIFFRACTION99
3.1948-3.30890.29151290.21752733X-RAY DIFFRACTION100
3.3089-3.44140.32561680.20332688X-RAY DIFFRACTION100
3.4414-3.5980.23771280.19562733X-RAY DIFFRACTION100
3.598-3.78770.23421370.17892762X-RAY DIFFRACTION100
3.7877-4.02490.2121480.16022705X-RAY DIFFRACTION100
4.0249-4.33560.20891570.14472758X-RAY DIFFRACTION100
4.3356-4.77180.17991580.12492740X-RAY DIFFRACTION100
4.7718-5.46180.19351460.14482751X-RAY DIFFRACTION100
5.4618-6.87970.20971580.18712799X-RAY DIFFRACTION100
6.8797-59.24620.18781530.1592818X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -0.2161 Å / Origin y: 18.9143 Å / Origin z: 129.0161 Å
111213212223313233
T0.0847 Å2-0.0021 Å20.0084 Å2-0.0979 Å20.006 Å2--0.1068 Å2
L0.0175 °2-0.067 °20.026 °2-0.0698 °20.0614 °2--0.1772 °2
S-0.0746 Å °-0.0278 Å °0.0036 Å °-0.0251 Å °0.0947 Å °-0.0084 Å °0.0556 Å °-0.08 Å °0.0194 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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