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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4lhy | ||||||
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タイトル | Crystal structure of GDP-bound Rab8:Rabin8 | ||||||
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機能・相同性 | ![]() Golgi to plasma membrane transport vesicle / protein localization to motile cilium / ciliary basal body-plasma membrane docking / neurotransmitter receptor transport to postsynaptic membrane / Golgi vesicle fusion to target membrane / vesicle-mediated transport in synapse / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Guo, Z. / Hou, X.M. / Goody, R.S. / Itzen, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Intermediates in the Guanine Nucleotide Exchange Reaction of Rab8 Protein Catalyzed by Guanine Nucleotide Exchange Factors Rabin8 and GRAB. 著者: Guo, Z. / Hou, X. / Goody, R.S. / Itzen, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 256.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 206.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21259.371 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 1-184 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 8982.210 Da / 分子数: 4 / 断片: unp residues 173-248 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #3: 化合物 | ![]() #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / | ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.07 % |
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結晶化![]() | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6 詳細: Nucleotide-free Rab8a1 184:Rabin8157-232 was crystallized in 18% (w/v) PEG3350, 0.1 M Li2SO4, 0.1 M MES pH 6.6. Before data collection, the complex crystal was protected with cryo solution ...詳細: Nucleotide-free Rab8a1 184:Rabin8157-232 was crystallized in 18% (w/v) PEG3350, 0.1 M Li2SO4, 0.1 M MES pH 6.6. Before data collection, the complex crystal was protected with cryo solution (30% (w/v) PEG3350, 0.1 M Li2SO4, 0.1 M MES pH 6.6). In order to produce nucleotide-bound forms of Rab8:Rabin8 complexes, the nucleotide-free Rab8:Rabin8 crystals were soaked with cryo solution containing 30 % (w/v) PEG3350, 0.1 M Li2SO4, 0.1 M MES pH 6.6 and 1 mM respective nucleotide GDP/GTP for one hour at 4 C, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 3.1→20.1 Å / Num. all: 20523 / Num. obs: 20118 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 8.3 / Observed criterion σ(I): 13.56 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 1YZQ 解像度: 3.1→20.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.88 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.852 / SU B: 0.004 / SU ML: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.459 / ESU R Free: 0.494 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 89.471 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.1→20.08 Å
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拘束条件 |
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