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- PDB-4lcm: Simvastatin Synthase (LOVD), from Aspergillus Terreus, LovD9 muta... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4lcm | ||||||
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Title | Simvastatin Synthase (LOVD), from Aspergillus Terreus, LovD9 mutant (simh9014) | ||||||
![]() | Transesterase | ||||||
![]() | ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() monacolin J acid methylbutanoate transferase / lovastatin biosynthetic process / ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Gao, X. / Sawaya, M.R. / Yeates, T.O. / Tang, Y. | ||||||
![]() | ![]() Title: The role of distant mutations and allosteric regulation on LovD active site dynamics. Authors: Jimenez-Oses, G. / Osuna, S. / Gao, X. / Sawaya, M.R. / Gilson, L. / Collier, S.J. / Huisman, G.W. / Yeates, T.O. / Tang, Y. / Houk, K.N. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 620.4 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 519.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 4lclC ![]() 3hlcS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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Unit cell |
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Details | The biological unit is a monomer. There are four biological units in the asymmetric unit (chains A,B,C,D). |
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Components
#1: Protein | Mass: 47271.008 Da / Num. of mol.: 4 Mutation: I4N A9V K26E R28S I35L C40A N43R C60N D96R S109C A123P M157V S164G S172N L174F A178V N191G L192I Q241M A247S R250K S256T A261H G275S Q297G L335M L361M V370I A383V N391S H404K Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.3 Å3/Da / Density % sol: 46.6 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.5 Details: 18% PEG-3350, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 0.2 M MgCl2, 10mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Jul 22, 2011 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 3.19→19.66 Å / Num. all: 25955 / Num. obs: 25955 / % possible obs: 92.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 37.052 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.175 / Net I/σ(I): 4.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing![]() | Method: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: 3HLC Resolution: 3.19→19.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8573 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.7961 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / Stereochemistry target values: Engh & Huber
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Displacement parameters | Biso max: 148.28 Å2 / Biso mean: 50.781 Å2 / Biso min: 3 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.566 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.19→19.66 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 3.19→3.32 Å / Total num. of bins used: 13
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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