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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4l9c | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the FP domain of human F-box protein Fbxo7 (native) | ||||||
要素 | F-box only protein 7 | ||||||
キーワード | PROTEIN BINDING (タンパク質) / alpha/beta fold | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of lymphocyte differentiation / glial cytoplasmic inclusion / classical Lewy body / レビー小体 / Lewy body corona / Lewy body core / positive regulation of autophagy of mitochondrion / lymphocyte differentiation / autophagy of mitochondrion / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway ...negative regulation of lymphocyte differentiation / glial cytoplasmic inclusion / classical Lewy body / レビー小体 / Lewy body corona / Lewy body core / positive regulation of autophagy of mitochondrion / lymphocyte differentiation / autophagy of mitochondrion / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / protein targeting to mitochondrion / regulation of locomotion / SCF複合体 / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / regulation of neuron projection development / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / protein K48-linked ubiquitination / ubiquitin ligase complex / ubiquitin binding / regulation of protein stability / ubiquitin-protein transferase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Neddylation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / protein heterodimerization activity / ubiquitin protein ligase binding / protein kinase binding / protein-containing complex / ミトコンドリア / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Du, Z. / Huang, X. / Shang, J. / Yang, Y. / Wang, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014 タイトル: Structure of the FP domain of Fbxo7 reveals a novel mode of protein-protein interaction. 著者: Shang, J. / Wang, G. / Yang, Y. / Huang, X. / Du, Z. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4l9c.cif.gz | 73 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4l9c.ent.gz | 54.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4l9c.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l9/4l9c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l9/4l9c | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17761.744 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 180-335 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FBX7, FBXO7, HUMAN FBXO7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9Y3I1 #2: 化合物 | ChemComp-GOL / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.29 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: PEG 3350, MES 7.2, KBr , pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97872 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97872 Å / 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 2.1 Å / Num. obs: 15476 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→39.628 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8234 / SU ML: 0.24 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.99 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 90.45 Å2 / Biso mean: 32.2989 Å2 / Biso min: 6.46 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→39.628 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11
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