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Yorodumi- PDB-4kyv: Crystal Structure of dehalogenase HaloTag2 with HALTS at the reso... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4kyv | ||||||
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Title | Crystal Structure of dehalogenase HaloTag2 with HALTS at the resolution 1.8A. Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) Target OR150 | ||||||
Components | dehalogenase HaloTag2 | ||||||
Keywords | DE NOVO PROTEIN / Structural Genomics / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG / HALTS / halogenase | ||||||
Function / homology | Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Chem-1Q9 Function and homology information | ||||||
Biological species | synthetic construct (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.796 Å | ||||||
Authors | Kuzin, A. / Lew, S. / Seetharaman, J. / Maglaqui, M. / Xiao, R. / Kohan, E. / Wang, H. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Kornhaber, G. ...Kuzin, A. / Lew, S. / Seetharaman, J. / Maglaqui, M. / Xiao, R. / Kohan, E. / Wang, H. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Kornhaber, G. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Northeast Structural Genomics Consortium Target OR150 Authors: Kuzin, A. / Lew, S. / Seetharaman, J. / Maglaqui, M. / Xiao, R. / Kohan, E. / Wang, H. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Kornhaber, G. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4kyv.cif.gz | 274.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4kyv.ent.gz | 221.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4kyv.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ky/4kyv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ky/4kyv | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4kaaC 4kacSC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 34951.566 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) synthetic construct (others) / Plasmid: pET15_NESG / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3)+Magic #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-NA / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.14 Å3/Da / Density % sol: 42.41 % |
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Crystal grow | Method: microbatch under oil / pH: 5 Details: Protein solution: 100mM NaCl, 5mM DTT, 0.02% NaN3, 10mM Tris-HCl (pH 7.5) . Reservoir solution:.1M NH4NO3 .1M Sodium Acetate 24% PEG 20000 , microbatch under oil |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS / Beamline: X4A / Wavelength: 0.979 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 4 / Detector: CCD / Date: Nov 14, 2012 / Details: mirrors |
Radiation | Monochromator: Si 111 CHANNEL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.76→50 Å / Num. obs: 56625 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 13.43 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 26.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 4KAC Resolution: 1.796→29.61 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / FOM work R set: 0.907 / SU ML: 0.17 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.46 / Phase error: 17.03 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 81.38 Å2 / Biso mean: 18.57 Å2 / Biso min: 7.97 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.796→29.61 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 28
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 10.4718 Å / Origin y: 10.2827 Å / Origin z: 20.2585 Å
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Refinement TLS group |
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