PDB-4kua: Crystal structure of a GNAT superfamily acetyltransferase PA4794

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4kua

タイトル

Crystal structure of a GNAT superfamily acetyltransferase PA4794

要素

GNAT superfamily acetyltransferase PA4794

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) /

Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG /

GNAT /

acetyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups /

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Majorek, K.A. / Chruszcz, M. / Joachimiak, A. / Minor, W. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Structural, functional, and inhibition studies of a Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) superfamily protein PA4794: a new C-terminal lysine protein acetyltransferase from pseudomonas aeruginosa.
著者: Majorek, K.A. / Kuhn, M.L. / Chruszcz, M. / Anderson, W.F. / Minor, W.

履歴

登録	2013年5月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年6月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年9月18日	Group: Database references
改定 1.2	2014年5月7日	Group: Database references
改定 1.3	2022年4月13日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年9月20日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4kua.cif.gz	88.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4kua.ent.gz	66.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4kua.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ku/4kua ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ku/4kua	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3pgpC 4klvC 4klwC 4korC 4kosC 4kotC 4kouC 4kovC 4kowC 4koxC 4koyC 4kubC 4l89C 4l8aC 2i6c PDB 未公開エントリS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4kos-d 4kor-d 4klw-d 4kox-d 4kot-d 4m3s-d 4kow-d 4koy-d 2hd9-d 3pgp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-APC102304

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (4) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (4)

登録構造単位

A: GNAT superfamily acetyltransferase PA4794

ヘテロ分子

19 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.477, 76.619, 39.520
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	GNAT superfamily acetyltransferase PA4794 分子量: 18000.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO1 / 遺伝子: PA4794 / プラスミド: p11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) RIL / 参照: UniProt: Q9HV14
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 224 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.11 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 2M ammonium sulfate, 0.1M Bis-Tris pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月5日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→50 Å / Num. all: 28398 / Num. obs: 28398 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.1 % / B_iso Wilson estimate: 21.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.055 / R_sym value: 0.055 / Net I/σ(I): 35.4
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 6 % / R_merge(I) obs: 0.661 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 1407 / R_sym value: 0.661 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データ収集
HKL-3000	MOLREP	位相決定
REFMAC	5.7.0029	精密化
Coot		モデル構築
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2i6c

2i6c
PDB 未公開エントリ

解像度: 1.5→39.55 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.975 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.969 / SU B: 2.493 / SU ML: 0.047 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.068 / ESU R Free: 0.071 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18975	1437	5.1 %	RANDOM
R_work	0.15754	-	-	-
all	0.15919	26930	-	-
obs	0.15919	26930	98.88 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.605 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.7 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.75 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.45 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→39.55 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1252	0	61	224	1537

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.019	1414
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.02	1362
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.049	1.981	1909
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.896	3	3108
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.732	5	178
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.806	22.727	66
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.538	15	221
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.253	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.126	0.2	202
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.021	1619
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	347
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.275	99	-
R_work	0.219	1953	-
obs	-	1953	98.18 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0891	1.1673	-0.233	2.7269	0.1176	3.6386	-0.0477	0.1468	0.3123	-0.0059	-0.0203	0.2734	-0.3004	-0.1147	0.0679	0.1849	-0.0209	0.0015	0.1087	-0.006	0.06	13.573	26.807	13.295
2	4.5236	4.6275	-1.0214	7.7046	-2.0909	1.6977	0.0956	-0.1913	0.039	0.0666	-0.1362	-0.005	-0.1231	0.0146	0.0407	0.137	-0.0194	0.0143	0.1318	-0.0136	0.0049	17.441	18.11	21.741
3	5.0325	0.7724	-1.4678	8.1974	2.9125	8.8008	-0.0599	0.0921	-0.1318	0.1006	0.0056	-0.1869	0.4557	-0.2188	0.0544	0.1563	-0.0471	-0.0046	0.1431	-0.0031	0.0083	11.982	5.47	20.37
4	0.9986	-0.1924	1.4245	1.3263	-1.5932	3.4639	0.1093	0.1655	-0.0457	-0.1708	-0.1213	0.0027	0.3475	0.4137	0.012	0.2337	0.0312	0.0216	0.2775	-0.0099	0.1037	21.854	9.657	17.903
5	1.6233	-0.8299	-0.1909	3.2525	1.5002	2.7884	-0.0271	0.042	0.1326	-0.0941	0.0147	0.1141	-0.1046	0.0157	0.0125	0.15	-0.0273	-0.0029	0.1509	-0.0047	0.0411	14.101	20.676	13.182
6	0.2527	0.2318	0.8839	0.2574	0.842	9.6873	0.0349	0.0457	-0.0356	0.0803	0.0583	-0.0112	0.2361	0.3082	-0.0932	0.1442	-0.0189	0.0097	0.1404	-0.0099	0.019	17.415	9.387	0.206
7	3.3421	-2.7408	0.001	2.7539	0.5184	3.1702	-0.0287	-0.2525	-0.1584	0.0768	0.0728	0.3475	-0.1004	-0.0713	-0.044	0.1458	-0.0047	0.0387	0.1639	-0.029	0.1333	6.262	17.903	18.798
8	3.0768	-1.3612	-2.4438	2.3422	3.0047	5.1022	-0.0189	0.0366	0.1545	-0.188	0.0453	0.0009	-0.2563	0.0689	-0.0264	0.1548	-0.0237	-0.0038	0.1171	0.0138	0.012	10.917	18.944	2.573
9	2.3239	0.9292	-1.351	1.2688	-1.2485	1.3779	0.1348	-0.0457	0.146	0.1119	0.0141	0.1323	-0.1869	0.0431	-0.1489	0.1643	-0.0346	0.018	0.1235	-0.0138	0.0172	5.247	7.257	7.309
10	5.1315	1.1407	-0.7884	8.6554	-0.0771	2.5853	0.0881	0.0991	0.2057	-0.0002	0.082	0.4438	-0.2558	-0.0674	-0.17	0.1618	-0.0252	0.0221	0.1262	0.0222	0.0372	0.32	9.901	2.738
11	1.6222	-1.0755	3.3784	2.5292	-2.9168	7.8472	0.0293	0.0867	-0.1037	-0.0045	0.0372	-0.0766	0.0585	0.1623	-0.0664	0.1265	0.0013	-0.0109	0.1123	-0.0031	0.0355	7.973	-4.245	12.229
12	4.4672	4.9826	-4.295	12.0754	-7.2154	8.0029	0.0045	0.4068	0.2354	-0.1596	0.2687	0.3665	-0.2744	-0.2787	-0.2732	0.1714	-0.0322	0.0092	0.1777	0.0232	0.0154	5.661	11.186	-2.998

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-1 - 10
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	11 - 20
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	21 - 32
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	33 - 50
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	51 - 68
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	69 - 80
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	81 - 90
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	91 - 110
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	111 - 128
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	129 - 135
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	136 - 153
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	154 - 159

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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