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Yorodumi- PDB-4ksp: Crystal Structure of Human B-raf bound to a DFG-out Inhibitor TAK-632 -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4ksp | ||||||
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Title | Crystal Structure of Human B-raf bound to a DFG-out Inhibitor TAK-632 | ||||||
Components | Serine/threonine-protein kinase B-raf | ||||||
Keywords | TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / human serine/theronine protein Kinase / kinase drug complex / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information trehalose metabolism in response to stress / CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / CD4-positive or CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / negative regulation of synaptic vesicle exocytosis / head morphogenesis / Signalling to p38 via RIT and RIN / myeloid progenitor cell differentiation / ARMS-mediated activation / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function / Gain-of-function MRAS complexes activate RAF signaling ...trehalose metabolism in response to stress / CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / CD4-positive or CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / negative regulation of synaptic vesicle exocytosis / head morphogenesis / Signalling to p38 via RIT and RIN / myeloid progenitor cell differentiation / ARMS-mediated activation / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function / Gain-of-function MRAS complexes activate RAF signaling / endothelial cell apoptotic process / negative regulation of fibroblast migration / positive regulation of glucose transmembrane transport / establishment of protein localization to membrane / mitogen-activated protein kinase kinase binding / regulation of T cell differentiation / Negative feedback regulation of MAPK pathway / positive regulation of axonogenesis / Frs2-mediated activation / stress fiber assembly / positive regulation of axon regeneration / face development / synaptic vesicle exocytosis / somatic stem cell population maintenance / MAP kinase kinase activity / thyroid gland development / MAP kinase kinase kinase activity / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / positive regulation of stress fiber assembly / response to cAMP / cellular response to calcium ion / ERK1 and ERK2 cascade / substrate adhesion-dependent cell spreading / cellular response to nerve growth factor stimulus / thymus development / long-term synaptic potentiation / animal organ morphogenesis / Spry regulation of FGF signaling / RAF activation / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / visual learning / MAP2K and MAPK activation / epidermal growth factor receptor signaling pathway / response to peptide hormone / Negative regulation of MAPK pathway / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / MAPK cascade / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / cellular response to xenobiotic stimulus / presynapse / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / T cell differentiation in thymus / T cell receptor signaling pathway / regulation of cell population proliferation / cell body / scaffold protein binding / negative regulation of neuron apoptotic process / Ras protein signal transduction / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / neuron projection / protein phosphorylation / intracellular membrane-bounded organelle / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / calcium ion binding / protein-containing complex binding / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / mitochondrion / ATP binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.93 Å | ||||||
Authors | Yano, J.K. / Masanori, O. | ||||||
Citation | Journal: J.Med.Chem. / Year: 2013 Title: Discovery of a Selective Kinase Inhibitor (TAK-632) Targeting Pan-RAF Inhibition: Design, Synthesis, and Biological Evaluation of C-7-Substituted 1,3-Benzothiazole Derivatives. Authors: Okaniwa, M. / Hirose, M. / Arita, T. / Yabuki, M. / Nakamura, A. / Takagi, T. / Kawamoto, T. / Uchiyama, N. / Sumita, A. / Tsutsumi, S. / Tottori, T. / Inui, Y. / Sang, B.C. / Yano, J. / ...Authors: Okaniwa, M. / Hirose, M. / Arita, T. / Yabuki, M. / Nakamura, A. / Takagi, T. / Kawamoto, T. / Uchiyama, N. / Sumita, A. / Tsutsumi, S. / Tottori, T. / Inui, Y. / Sang, B.C. / Yano, J. / Aertgeerts, K. / Yoshida, S. / Ishikawa, T. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4ksp.cif.gz | 223.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4ksp.ent.gz | 182 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4ksp.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ks/4ksp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ks/4ksp | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4ksqC 4dbnS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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3 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 32322.379 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 445-726 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) Gene: BRAF, BRAF1, P94, RAFB1, V-RAF MURINE SARCOMA VIRAL ONCOGENE HOMOLOG B1 Plasmid: pFASTBAC / Cell line (production host): Sf9 / Production host: Spodoptera frugiperda (fall armyworm) References: UniProt: P15056, non-specific serine/threonine protein kinase #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.5 Å3/Da / Density % sol: 64.83 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: sitting drop, vapor diffusion / pH: 8.3 Details: 9.6 % PEG 8000, 0.8M LiCl, 100 mM Tris pH 8.3, sitting drop, vapor diffusion, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 92 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 23-ID-B / Wavelength: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jun 13, 2010 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Double crystal cryo-cooled Si (111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.93→50 Å / Num. all: 20307 / Num. obs: 20267 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.157 / Χ2: 1.104 / Net I/σ(I): 5.4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4DBN Resolution: 2.93→35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 29.092 / SU ML: 0.261 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.807 / ESU R Free: 0.34 / Stereochemistry target values: Engh & Huber Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 166.3 Å2 / Biso mean: 79.5058 Å2 / Biso min: 29.33 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.93→35 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.93→3.003 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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