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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4kpq | ||||||
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タイトル | Structure and receptor binding specificity of the hemagglutinin H13 from avian influenza A virus H13N6 | ||||||
要素 | (Hemagglutininヘマグルチニン) x 2 | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / receptor binding (受容体) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.502 Å | ||||||
データ登録者 | Lu, X. / Qi, J. / Shi, Y. / Gao, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Virol. / 年: 2013 タイトル: Structure and Receptor Binding Specificity of Hemagglutinin H13 from Avian Influenza A Virus H13N6 著者: Lu, X. / Qi, J. / Shi, Y. / Wang, M. / Smith, D.F. / Heimburg-Molinaro, J. / Zhang, Y. / Paulson, J.C. / Xiao, H. / Gao, G.F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4kpq.cif.gz | 598.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4kpq.ent.gz | 500.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4kpq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kp/4kpq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kp/4kpq | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36691.195 Da / 分子数: 3 / 断片: HA1 chain / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) 株: A/Gull/Maryland/704/1977 H13N6 / 遺伝子: HA 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P13103 #2: タンパク質 | 分子量: 19846.988 Da / 分子数: 3 / 断片: HA2 chain / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) 株: A/Gull/Maryland/704/1977 H13N6 / 遺伝子: HA 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P13103 #3: 糖 | ChemComp-NAG / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.29 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 0.2M L-Proline, 0.1M HEPES, 10% PEG-3350, 0.01M Sodium Bromide, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 0.98 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月16日 |
放射 | モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 57001 / Num. obs: 57001 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 47.66 Å2 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / % possible all: 97.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4F23 解像度: 2.502→42.353 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7191 / SU ML: 0.42 / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 33.81 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.526 Å2 / ksol: 0.303 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 220.29 Å2 / Biso mean: 77.2418 Å2 / Biso min: 31.24 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.502→42.353 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 21
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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