PDB-4kmo: Crystal Structure of the Vps33-Vps16 HOPS subcomplex from Chaetom...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4kmo

タイトル

Crystal Structure of the Vps33-Vps16 HOPS subcomplex from Chaetomium thermophilum

要素

Putative vacuolar protein sorting-associated protein液胞
Small conjugating protein ligase-like protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) /

Membrane trafficking /

SM protein /

HOPS complex /

thermophile (好熱菌)

機能・相同性

機能・相同性情報

vacuole organization /

ligase activity /

細胞内膜系 / vesicle-mediated transport /

intracellular protein transport / intracellular membrane-bounded organelle / protein-containing complex /

細胞質
類似検索 - 分子機能

生物種

Chaetomium thermophilum (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Baker, R.W. / Jeffrey, P.D. / Hughson, F.M.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Crystal Structures of the Sec1/Munc18 (SM) Protein Vps33, Alone and Bound to the Homotypic Fusion and Vacuolar Protein Sorting (HOPS) Subunit Vps16*
著者: Baker, R.W. / Jeffrey, P.D. / Hughson, F.M.

履歴

登録	2013年5月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年6月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年7月10日	Group: Database references
改定 1.2	2014年9月24日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年12月6日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4kmo.cif.gz	348.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4kmo.ent.gz	283.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4kmo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/km/4kmo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/km/4kmo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4jc8SC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7k6m-d 4bfr-2 6k4r-1 5ngb-d 4rvo-1 5xpa-d 6vde-1 6k4k-1 2rf4-d 6plm-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#167 - 2013年11月 SNAREタンパク質 (SNARE Proteins) 類似性 (6) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (4) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Small conjugating protein ligase-like protein

B: Putative vacuolar protein sorting-associated protein

ヘテロ分子

113 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.274, 100.274, 176.225
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Small conjugating protein ligase-like protein 分子量: 74365.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: thermophilum / 遺伝子: CTHT_0057760 / プラスミド: pQLinkH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: G0SCM5*PLUS
#2: タンパク質	Putative vacuolar protein sorting-associated protein / 液胞分子量: 38287.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: thermophilum DSM 1495 / 遺伝子: CTHT_0026760 / プラスミド: pQLinkH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: G0S6M7*PLUS
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 147 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THE PUBLISHED SEQUENCE OF VPS33 ERRONEOUSLY CONTAINS AN E2 DOMAIN AT THE N-TERMINUS. THE SEQUENCE ...THE PUBLISHED SEQUENCE OF VPS33 ERRONEOUSLY CONTAINS AN E2 DOMAIN AT THE N-TERMINUS. THE SEQUENCE IN THIS ENTRY CORRESPONDS TO THE CORRECT SEQUENCE OF CHAETOMIUM THERMOPHILUM VPS33 THAT CONTAINS JUST THE SM PROTEIN THE PUBLISHED SEQUENCE OF VPS16 IS ALSO IN ERROR. THE SEQUENCE HEREIN CORRESPONDS TO THE CORRECT SEQUENCE FOR RESIDUES 505-834 AND CONTAINS AN INSERTION AT 672-690 RELATIVE TO THE PUBLISHED SEQUENCE

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.82 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 12-16% (w/v) PEG 4000, 150 mM ammonium sulfate, 100 mM MES buffer , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X29A / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月6日

放射

モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 31686 / Num. obs: 31686 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.3 % / R_merge(I) obs: 0.111 / Net I/σ(I): 6.4

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.6-2.64	9.4	0.873	1	94
2.64-2.69	9.2	0.726	1	97.9
2.69-2.74	9.2	0.66	1	96.7
2.74-2.8	9.1	0.567	1	96.2
2.8-2.86	9.2	0.5	1	96.6
2.86-2.93	9.2	0.449	1	98.3
2.93-3	9.2	0.369	1	97.3
3-3.08	9.1	0.298	1	97.8
3.08-3.17	9.2	0.247	1	98.3
3.17-3.28	9.1	0.212	1	98.4
3.28-3.39	9.2	0.175	1	98.8
3.39-3.53	9.2	0.138	1	98.7
3.53-3.69	9.2	0.112	1	99.1
3.69-3.88	9.3	0.106	1	98.9
3.88-4.13	9.3	0.094	1	99.8
4.13-4.45	9.4	0.085	1	100
4.45-4.89	9.6	0.076	1	99.9
4.89-5.6	9.9	0.076	1	99.9
5.6-7.05	10.6	0.084	1	99.8
7.05-50	9.1	0.079	1	96.5

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.8.1_1168	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
CBASS		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4JC8

4jc8

解像度: 2.6→48.656 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.29 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.71 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2537	1600	5.06 %
R_work	0.2252	-	-
obs	0.2267	31605	98.08 %
all	-	31605	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 55.9167 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→48.656 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6658	0	5	147	6810

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	6768
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.634	9127
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.422	2558
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	1037
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1182

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6-2.6839	0.3308	140	0.2623	2582	X-RAY DIFFRACTION	95
2.6839-2.7799	0.2905	130	0.2518	2663	X-RAY DIFFRACTION	96
2.7799-2.8912	0.292	140	0.2499	2664	X-RAY DIFFRACTION	97
2.8912-3.0227	0.2718	133	0.2497	2700	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0227-3.1821	0.3131	148	0.2463	2666	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1821-3.3814	0.3223	157	0.2474	2722	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3814-3.6424	0.2352	146	0.2267	2727	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6424-4.0088	0.2556	127	0.2153	2782	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0088-4.5885	0.2293	157	0.1981	2798	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5885-5.7795	0.2242	181	0.2159	2784	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7795-48.664	0.2414	141	0.2242	2917	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1474	-0.0488	-0.085	0.0216	0.0375	0.0494	-0.1663	-0.1501	0.0219	0.3401	-0.0598	-0.0692	-0.2585	0.1282	-0.0932	0.7072	-0.1668	-0.2769	0.4367	0.0282	0.3505	45.188	-22.828	36.0736
2	0.066	0.0991	-0.019	0.12	-0.0211	0.0273	-0.0535	-0.0067	0.1814	0.0592	-0.0993	-0.2825	-0.4164	0.1504	-0.0968	0.2813	-0.4987	-0.1726	0.4045	0.106	0.5093	50.4506	-19.9439	26.2588
3	0.0729	-0.0113	0.0779	0.0003	-0.0289	0.1362	-0.0028	0.0526	-0.0068	0.0881	-0.1043	-0.1314	0.0708	0.038	-0.1376	0.2483	0.0271	0.009	0.1811	0.0586	0.288	36.1673	-38.4226	16.7154
4	0.0433	-0.0026	-0.009	0.0059	0.0247	0.0563	0.1154	-0.1735	0.0953	0.305	-0.0765	0.0325	-0.3121	0.0071	0.0003	0.4259	-0.0768	0.0327	0.3398	-0.0357	0.3388	15.1951	-23.9638	37.1892
5	0.0443	-0.032	0.0155	0.0794	0.0096	0.0117	0.0707	0.0932	-0.0035	-0.0328	-0.0321	0.1839	-0.1614	-0.4265	0.0299	0.3059	0.1007	-0.0139	0.3489	0.0253	0.3758	10.0928	-17.7271	8.1444
6	0.2028	-0.2039	0.0223	0.2122	-0.0124	0.1633	0.2259	0.1541	0.0425	-0.1369	-0.2147	0.2157	0.1021	-0.0975	0.0237	0.2986	0.0238	-0.0493	0.3448	-0.0623	0.3408	16.9636	-30.7241	5.9127
7	0.0087	0.0055	-0.0163	0.0062	0.0004	0.0275	0.0555	0.0207	-0.0643	-0.0013	0.0238	0.0293	0.174	-0.0213	0.0391	0.3399	-0.0804	0.0139	0.2812	-0.0076	0.2748	14.1326	-45.0393	17.4562
8	0.1445	0.0535	0.0706	0.138	0.0627	0.1154	-0.0115	-0.0233	-0.0252	-0.0149	-0.0652	-0.1728	0.1136	-0.0889	-0.1043	0.3276	-0.0516	0.0161	0.2337	0.0173	0.2818	24.992	-37.3924	18.2086
9	0.0018	0.0014	-0.0029	-0.0002	-0.0016	0.0016	0.0075	-0.0352	0.003	0.0194	-0.0183	0.0258	0.0199	0.0264	0	1.101	0.2497	0.1224	0.7836	0.0161	1.0356	57.9462	-41.9551	3.5329
10	0.0545	-0.017	0.0211	0.0489	-0.0433	0.0262	0.1008	-0.1965	-0.2603	-0.1071	0.0021	-0.0655	0.0408	0.0427	0.0501	0.4005	0.021	0.0925	0.3066	0.0852	0.5935	48.9023	-23.4715	0.9726
11	0.0195	0.0129	-0.0082	0.0143	-0.0176	0.0233	-0.2288	0.0055	0.0348	-0.0173	-0.0743	-0.1063	-0.0889	-0.047	0.002	0.4187	0.0785	0.0275	0.421	0.0567	0.5308	33.6159	-5.1302	1.5262
12	0.0047	0.0002	-0.0076	0.0051	-0.0074	0.0163	-0.0685	0.1975	0.0423	-0.0428	0.0978	-0.0102	0.0013	-0.0398	-0	0.5097	0.0149	0.082	0.3746	0.0612	0.4499	29.8764	-4.2323	-6.7804
13	0.0425	-0.0033	-0.011	0.08	0.0517	0.0394	0.1047	0.0502	0.0736	-0.0015	0.0794	0.1147	-0.195	-0.1194	0.0914	0.6669	0.2001	0.0782	0.3439	0.135	0.3	20.6074	4.6673	0.5716
14	0.0229	0.0169	-0.0031	0.0987	-0.0564	0.0378	0.1217	0.1302	0.0526	-0.0198	0.0789	0.0395	-0.078	-0.1066	0.3453	0.6535	0.5138	0.0728	0.5014	0.1046	0.2604	11.7887	5.5038	7.2887
15	0.0221	0.0176	-0.02	0.0142	-0.0126	0.0253	0.1939	0.1527	0.0348	0.0097	-0.0171	0.0811	-0.0525	0.1016	0.0261	0.5136	0.3396	0.0695	0.6389	0.0432	0.4326	-1.1803	2.4652	13.2593
16	0.0449	-0.0793	0.0244	0.1484	-0.0481	0.0175	0.0591	0.0396	-0.0828	0.1332	0.0102	0.2693	0.0807	-0.0911	0.0461	0.5583	0.2832	0.1178	0.7081	0.0793	0.3741	-10.3942	-6.5147	17.5932

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 5 through 83 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 84 through 150 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 151 through 251 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 252 through 378 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 379 through 449 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 450 through 513 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 514 through 559 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 560 through 657 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 520 through 535 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 536 through 618 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 619 through 635 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 636 through 657 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 658 through 681 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 682 through 716 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 717 through 742 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 743 through 791 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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