+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4kk3 | ||||||
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Title | YwlE arginine phosphatase - wildtype | ||||||
Components | Low molecular weight protein-tyrosine-phosphatase YwlE | ||||||
Keywords | HYDROLASE / protein modification / arginine phosphorylation / arginine dephosphorylation / phospho-proteome / LMW-PTP | ||||||
Function / homology | Function and homology information protein arginine phosphatase / protein arginine phosphatase activity / protein tyrosine phosphatase activity Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Bacillus subtilis subsp. subtilis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.7 Å | ||||||
Authors | Fuhrmann, J. / Clausen, T. | ||||||
Citation | Journal: Cell Rep / Year: 2013 Title: Structural basis for recognizing phosphoarginine and evolving residue-specific protein phosphatases in gram-positive bacteria. Authors: Fuhrmann, J. / Mierzwa, B. / Trentini, D.B. / Spiess, S. / Lehner, A. / Charpentier, E. / Clausen, T. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4kk3.cif.gz | 73.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4kk3.ent.gz | 57.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4kk3.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kk/4kk3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kk/4kk3 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 17110.943 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacillus subtilis subsp. subtilis (bacteria) Strain: 168 / Gene: ywlE, BSU36930, ipc-31d / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P39155, protein-tyrosine-phosphatase |
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#2: Chemical | ChemComp-PO4 / |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.08 Å3/Da / Density % sol: 40.84 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.7 Details: 25% PEG400, 50 mM Tris-HCl, pH 7.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID29 / Wavelength: 0.9795 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 16, 2010 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: channel-cut Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Redundancy: 5.8 % / Av σ(I) over netI: 4.4 / Number: 87309 / Rsym value: 0.067 / D res high: 1.7 Å / D res low: 28.962 Å / Num. obs: 15093 / % possible obs: 96.9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 1.7→28.962 Å / Num. all: 15093 / Num. obs: 15093 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 5.8 % / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 11.8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: SAD |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.7→19.968 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.32 / FOM work R set: 0.8453 / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.42 / Phase error: 22.76 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 91.97 Å2 / Biso mean: 31.2993 Å2 / Biso min: 11.12 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.7→19.968 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 21
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 12.3711 Å / Origin y: 0.2362 Å / Origin z: 12.4044 Å
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Refinement TLS group | Selection details: all |