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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4kf7 | ||||||
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タイトル | Nup188(aa1-1160) from Myceliophthora thermophila | ||||||
要素 | Nup188Nucleoporin 188 | ||||||
キーワード | STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / Nucleoporin (ヌクレオポリン) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Myceliophthora thermophila (菌類) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.65 Å | ||||||
データ登録者 | Schwartz, T.U. / Andersen, K.R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2013 タイトル: Scaffold nucleoporins Nup188 and Nup192 share structural and functional properties with nuclear transport receptors. 著者: Andersen, K.R. / Onischenko, E. / Tang, J.H. / Kumar, P. / Chen, J.Z. / Ulrich, A. / Liphardt, J.T. / Weis, K. / Schwartz, T.U. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4kf7.cif.gz | 442.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4kf7.ent.gz | 364.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4kf7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kf/4kf7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kf/4kf7 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 128246.492 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal domain (UNP residues 1-1160) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Myceliophthora thermophila (菌類) / 遺伝子: MYCTH_2303581 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G2QD05 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.49 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M MES, 4.5-7.0% w/v PEG4000, 150 mM ammonium sulfate, 1 mM DTT, 1.0-2.5% tert-butanol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å |
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年3月3日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.65→66.8 Å / Num. all: 41673 / Num. obs: 41673 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1.8 / Observed criterion σ(I): 1.8 / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.031 / Net I/σ(I): 31.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.65→2.72 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.772 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.65→66.759 Å / SU ML: 0.34 / σ(F): 1.8 / 位相誤差: 24.77 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.65→66.759 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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