PDB-4kav: Crystal Structure of the soluble domain of Lipooligosaccharide ph...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4kav

タイトル

Crystal Structure of the soluble domain of Lipooligosaccharide phosphoethanolamine transferase A from Neisseria meningitidis

要素

YhbX/YhjW/YijP/YjdB family protein

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) / endotoxin biosynthesis / LptA / phosphoethanolamine transferase / polymyxin resistance /

hydrolase (加水分解酵素) /

phosphotransferase / phosphotransfer reaction

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphotransferase activity, phosphate group as acceptor / lipopolysaccharide core region biosynthetic process /

metal ion binding /

細胞膜
類似検索 - 分子機能

生物種

Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.433 Å

データ登録者

Vrielink, A. / Wanty, C.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: The Structure of the Neisserial Lipooligosaccharide Phosphoethanolamine Transferase A (LptA) Required for Resistance to Polymyxin.
著者: Wanty, C. / Anandan, A. / Piek, S. / Walshe, J. / Ganguly, J. / Carlson, R.W. / Stubbs, K.A. / Kahler, C.M. / Vrielink, A.

履歴

登録	2013年4月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年7月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年10月23日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4kav.cif.gz	235.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4kav.ent.gz	203 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4kav.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ka/4kav ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ka/4kav	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4kayC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2jb4-d 4kay-2 3snl-2 2bu9-d 5klq-1 1odn-d 2ivi-d 6b97-2 1hb3-d 5a80-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: YhbX/YhjW/YijP/YjdB family protein

ヘテロ分子

38.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.696, 44.923, 50.179
Angle α, β, γ (deg.)	70.26, 69.36, 61.13
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	YhbX/YhjW/YijP/YjdB family protein 分子量: 38274.691 Da / 分子数: 1 / 断片: Periplasmic Soluble Domain (unp residues 210-544) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Neisseria meningitidis (髄膜炎菌) 株: NMB / 遺伝子: lpta, NMB1638 / プラスミド: pCMK527 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q7DD94, ホスファチジルグリセロホスファターゼ

#1: タンパク質

YhbX/YhjW/YijP/YjdB family protein

分子量: 38274.691 Da / 分子数: 1 / 断片: Periplasmic Soluble Domain (unp residues 210-544) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)
株: NMB / 遺伝子: lpta, NMB1638 / プラスミド: pCMK527 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q7DD94,

ホスファチジルグリセロホスファターゼ

-
非ポリマー , 7種, 500分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION / 銅分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物	ChemComp-DDQ / DECYLAMINE-N,N-DIMETHYL-N-OXIDE / デシルジメチルアミンオキシド分子量: 201.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₇NO
#8: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 493 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.42 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: (23 26% PEG 8K, 100 mM ammonium sulfate, 100 mM HEPES), 15 mM n-dodecyl-N,N-dimethylamine- N-oxide (DDAO), pH 7.5-8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K PH範囲: 7.5-8.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Australian Synchrotron

/ ビームライン: MX2 / 波長: 0.97884, 0.9686

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月4日

放射

モノクロメーター: undulator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97884	1
2	0.9686	1

反射

解像度: 1.433→20 Å / Num. obs: 49289 / % possible obs: 92.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.5 % / R_merge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 18.1

反射シェル

解像度 (Å)	Diffraction-ID	% possible all
1.43-1.51	1	66.6
1.51-1.6	1	94.7
1.6-1.71	1	95.6
1.71-1.85	1	96.2
1.85-2.02	1	96.6
2.02-2.26	1	97.3
2.26-2.61	1	97.9
2.61-3.2	1	98.3
3.2-4.53	1	98.6
4.53-19.26	1	98.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice	Ice	データ収集
SHELXS		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.433→19.255 Å / SU ML: 0.11 / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 14.23 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1565	2653	5.11 %
R_work	0.1158	-	-
obs	0.1178	49289	92.25 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.7524 Å²	-1.4426 Å²	-0.91 Å²
2-	-	0.4466 Å²	1.0471 Å²
3-	-	-	0.3059 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.433→19.255 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2647	0	24	493	3164

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.026	2993
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.411	4103
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.462	1150
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.083	450
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	543

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4328-1.4589	0.3113	83	0.256	1430	X-RAY DIFFRACTION	51
1.4589-1.4869	0.1928	104	0.1592	1947	X-RAY DIFFRACTION	69
1.4869-1.5172	0.1896	116	0.1334	2421	X-RAY DIFFRACTION	86
1.5172-1.5502	0.1869	134	0.1174	2682	X-RAY DIFFRACTION	95
1.5502-1.5863	0.1772	141	0.1118	2635	X-RAY DIFFRACTION	95
1.5863-1.6259	0.1701	150	0.1052	2703	X-RAY DIFFRACTION	95
1.6259-1.6699	0.1745	155	0.1046	2701	X-RAY DIFFRACTION	95
1.6699-1.719	0.1492	145	0.0991	2655	X-RAY DIFFRACTION	96
1.719-1.7744	0.1639	162	0.1006	2682	X-RAY DIFFRACTION	96
1.7744-1.8378	0.1479	154	0.105	2689	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8378-1.9113	0.1668	156	0.1045	2703	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9113-1.9982	0.1486	146	0.1013	2706	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9982-2.1034	0.1547	142	0.1062	2735	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1034-2.235	0.1461	149	0.1037	2734	X-RAY DIFFRACTION	97
2.235-2.4073	0.143	149	0.1051	2745	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4073-2.649	0.1624	149	0.1135	2752	X-RAY DIFFRACTION	98
2.649-3.031	0.1566	148	0.1268	2754	X-RAY DIFFRACTION	98
3.031-3.8139	0.1485	127	0.1201	2793	X-RAY DIFFRACTION	98
3.8139-19.2569	0.1312	143	0.1276	2791	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8803	-1.2653	0.6096	5.8481	-1.5927	1.4322	0.1663	0.0377	-0.0754	-0.6683	-0.1877	-0.087	0.2108	0.1591	0.0294	0.0977	0.0023	-0.0092	0.1052	-0.022	0.07	11.0652	-2.5937	-20.4402
2	0.3954	0.023	0.0421	0.238	-0.173	0.858	-0.007	0.0067	-0.0107	0.0102	0.0126	0.0227	0.0493	-0.091	0.0018	0.0178	-0.0051	0.0018	0.0217	0.0001	0.0251	3.367	-0.7678	2.619
3	6.5437	-0.4669	-0.5274	4.9956	-0.4542	4.5583	-0.0138	-0.3395	-0.7947	0.1766	-0.0015	0.2512	0.4	0.133	0.0084	0.1043	0.0459	0.0377	0.1036	0.0039	0.1612	12.55	-14.8148	-12.5881
4	1.1708	0.1367	0.9942	0.3377	0.2187	2.0637	0.074	0.0225	-0.1084	0.0192	0.0155	-0.0649	0.1064	0.3	-0.0583	0.0304	-0.0004	0.0079	0.0835	0.0005	0.0484	18.8484	0.1757	-4.9393
5	5.2491	-0.7104	0.5095	4.0017	0.9159	2.3937	-0.0527	-0.1832	-0.0166	0.3693	0.0532	-0.2383	0.0235	0.3061	-0.0159	0.0768	-0.016	-0.0178	0.0986	-0.0046	0.0625	22.8707	4.1426	13.6405
6	0.2815	-0.4879	1.1288	1.3466	-2.5797	5.2979	-0.0802	0.0736	0.0613	-0.0123	-0.1404	-0.1827	-0.1723	0.3261	0.1703	0.0748	-0.0347	-0.005	0.0783	0.0062	0.0699	19.0193	13.3395	-3.0108
7	0.5288	0.206	-0.3742	0.4116	-0.0712	1.3213	-0.0008	-0.1062	-0.0295	0.0919	-0.0419	-0.0433	0.0503	0.0757	0.0173	0.0327	0.0002	-0.0128	0.0311	0.0029	0.0213	11.4045	-0.1101	18.0979
8	0.6747	-0.2598	0.2888	1.842	-0.4786	1.4234	0.0383	-0.0227	0.015	0.1715	-0.0317	0.1331	-0.1052	-0.0203	-0.0539	0.0143	-0.0106	0.0128	-0.0128	-0.0025	0.0013	6.2907	4.0441	5.3425
9	1.4777	0.0011	0.265	1.725	0.1757	1.0194	0.0852	0.0062	-0.1675	-0.065	-0.0102	0.1186	0.322	-0.0294	-0.067	0.0967	-0.0155	-0.0001	0.0539	-0.0073	0.0407	2.7047	-12.0012	8.9034
10	0.6305	0.0123	-0.2094	0.8773	-0.2853	1.8992	0.0136	0.128	0.1187	-0.0384	0.0257	0.1858	-0.083	-0.257	-0.134	0.0235	0.0185	0.0033	0.0265	0.0394	0.0549	-4.1677	12.5781	-3.5442
11	0.9057	-0.3522	-0.278	0.7847	0.0662	1.0933	0.0186	-0.0078	0.0318	-0.0205	0.0375	0.0532	-0.0814	-0.1145	-0.0447	0.0127	-0.0061	-0.0121	0.0607	-0.0207	0.0428	-0.7906	0.4889	-6.4991
12	2.5211	-0.2876	-0.7033	2.5069	0.98	2.5813	-0.0015	0.2238	0.0479	-0.2217	0.0101	0.1016	-0.0299	-0.1709	-0.0042	0.0667	-0.0118	-0.0234	0.1041	0.0064	0.0473	-3.2583	1.5834	-13.8495

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 210:227)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 228:296)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 297:305)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 306:343)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 344:356)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 357:371)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 372:432)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 433:462)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 463:481)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 482:502)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 503:523)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain A and resid 524:543)

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)