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- PDB-4k9z: Crystal structure of a putative thiol-disulfide oxidoreductase fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4k9z
タイトルCrystal structure of a putative thiol-disulfide oxidoreductase from Bacteroides vulgatus (target NYSGRC-011676), space group P6222
要素Putative thiol-disulfide oxidoreductase
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / PUTATIVE DISULFIDE OXIDOREDUCTASE / NYSGRC / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / New York Structural Genomics Research Consortium / PSI-Biology
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
Redoxin / Redoxin / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative thiol-disulfide oxidoreductase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides vulgatus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Vetting, M.W. / Patskovsky, Y. / Toro, R. / Bhosle, R. / Hillerich, B. / Gizzi, A. / Garforth, S. / Kar, A. / Chan, M.K. / Lafluer, J. ...Vetting, M.W. / Patskovsky, Y. / Toro, R. / Bhosle, R. / Hillerich, B. / Gizzi, A. / Garforth, S. / Kar, A. / Chan, M.K. / Lafluer, J. / Patel, H. / Matikainen, B. / Chamala, S. / Lim, S. / Celikgil, A. / Villegas, G. / Evans, B. / Love, J. / Fiser, A. / Khafizov, K. / Seidel, R.D. / Bonanno, J.B. / Armstrong, R.N. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a putative thiol-disulfide oxidoreductase from Bacteroides vulgatus (target NYSGRC-011676), space group P6222
著者: Vetting, M.W. / Patskovsky, Y. / Toro, R. / Bhosle, R. / Hillerich, B. / Gizzi, A. / Garforth, S. / Kar, A. / Chan, M.K. / Lafluer, J. / Patel, H. / Matikainen, B. / Chamala, S. / Lim, S. / ...著者: Vetting, M.W. / Patskovsky, Y. / Toro, R. / Bhosle, R. / Hillerich, B. / Gizzi, A. / Garforth, S. / Kar, A. / Chan, M.K. / Lafluer, J. / Patel, H. / Matikainen, B. / Chamala, S. / Lim, S. / Celikgil, A. / Villegas, G. / Evans, B. / Love, J. / Fiser, A. / Khafizov, K. / Seidel, R.D. / Bonanno, J.B. / Armstrong, R.N. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
履歴
登録2013年4月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.22018年4月11日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative thiol-disulfide oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0922
ポリマ－19,0571
非ポリマー351
水1,62190
1
A: Putative thiol-disulfide oxidoreductase
ヘテロ分子

A: Putative thiol-disulfide oxidoreductase
ヘテロ分子

A: Putative thiol-disulfide oxidoreductase
ヘテロ分子

A: Putative thiol-disulfide oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,3698
ポリマ－76,2274
非ポリマー1424
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_745-x+2,-y-1,z1
crystal symmetry operation9_767-x+2,-x+y+1,-z+7/31
crystal symmetry operation12_537x,x-y-2,-z+7/31
Buried area4870 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area26240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.960, 60.960, 173.890
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number180
Space group name H-MP6222

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要素

#1: タンパク質 Putative thiol-disulfide oxidoreductase


分子量: 19056.758 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 299-455 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides vulgatus (バクテリア)
株: ATCC 8482 / 遺伝子: BVU_2222 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A6L2G8
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.74 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: Protein (10 mM Hepes, pH 7.8, 150 mM NaCl, 10% glycerol); Reservoir (2.0 M Ammonium sulfate; Cryoprotection (20% glycerol), temperature 298K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月17日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→57.963 Å / Num. all: 18641 / Num. obs: 18641 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 21.3 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rsym value: 0.076 / Net I/σ(I): 24.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.8-1.922.30.7211.15898826490.721100
1.9-2.01220.4311.85476924840.431100
2.01-2.1522.20.25435268223730.254100
2.15-2.3221.80.1764.24826322150.176100
2.32-2.5521.60.1245.84453020630.124100
2.55-2.8521.30.0887.73969918670.088100
2.85-3.2920.80.0699.23493716810.069100
3.29-4.0218.90.0678.82734714480.067100
4.02-5.6919.80.03814.32290811580.038100
5.69-34.77818.40.02622.6129497030.02697.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.20データスケーリング
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
CBASSデータ収集
MOSFLMデータ削減
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2LJA

2lja


解像度: 1.8→9.977 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.36 / FOM work R set: 0.8471 / SU ML: 0.18 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 21.29 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2473 945 5.12 %RANDOM
Rwork0.2001 ---
all0.2023 18454 --
obs0.2023 18454 99.97 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 99.18 Å2 / Biso mean: 34.4866 Å2 / Biso min: 12.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→9.977 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1125 0 1 90 1216
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071185
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2061616
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078177
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006204
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.836431
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.8-1.89430.26441380.216424232561
1.8943-2.01210.26281480.208724102558
2.0121-2.1660.26541340.197424612595
2.166-2.38120.2651330.224622595
2.3812-2.71970.29181260.210225062632
2.7197-3.40380.24551380.213525472685
3.4038-9.9770.22141280.187927002828
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8471-0.101-0.49250.26370.28150.53950.44260.29050.1926-0.260.27090.16670.1692-0.11540.27930.45470.0305-0.27190.19210.02820.219961.923-13.2831184.9934
20.23350.23380.02870.3470.00680.0216-0.06970.29640.3173-0.42350.00570.48990.0116-0.1028-0.01740.17640.0806-0.27470.22860.07110.106561.5562-20.4551187.7789
30.00660.0094-0.00130.01930.01970.01120.0988-0.0302-0.0256-0.02240.00740.24410.22730.0531-00.1825-0.0264-0.03870.19220.03450.211762.5786-28.2718198.0307
40.23940.2086-0.11680.361-0.02150.12320.10280.0130.0639-0.2687-0.04690.55380.14620.03960.06430.2098-0.0056-0.13320.2227-0.0340.248858.3144-22.5821190.9962
50.07810.03210.060.01410.01890.0536-0.0010.098-0.08020.0015-0.0527-0.02220.0328-0.0568-0.04080.68090.0356-0.40080.1349-0.33090.054865.4188-34.6893182.0078
60.0892-0.0633-0.14520.08440.05010.3084-0.0586-0.0241-0.07090.0154-0.04990.00230.0925-0.0153-0.03110.2412-0.0782-0.16170.2334-0.00610.520358.0679-33.4769190.5536
70.0197-0.01310.01930.0108-0.0080.01790.07640.09020.0782-0.1089-0.0141-0.0127-0.0729-0.06080.04180.49290.0052-0.22060.155-0.01620.064166.4904-18.6426181.8687
80.00780.0116-0.01750.03010.01670.1022-0.0394-0.10990.378-0.16830.06210.2355-0.1682-0.0215-0.01060.16960.0574-0.03810.11320.01050.307665.2106-13.3437191.5883
90.02920.0226-0.03620.0514-0.04040.09170.0742-0.26630.25170.1588-0.16310.10280.0585-0.0325-0.01370.1511-0.03780.01360.2401-0.08120.21362.4591-16.114201.8385
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 18 through 38 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 39 through 59 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 60 through 75 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 76 through 91 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 92 through 101 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 102 through 107 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 108 through 118 )A0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 119 through 136 )A0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 137 through 158 )A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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