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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4k6n | ||||||
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タイトル | Crystal structure of yeast 4-amino-4-deoxychorismate lyase | ||||||
要素 | Aminodeoxychorismate lyaseアミノデオキシコリスミ酸リアーゼ | ||||||
キーワード | LYASE (リアーゼ) / PLP-dependent fold type IV enzyme / 4-amino-4-deoxychorismate / 4-aminobenzoate(PABA) / pyruvate (ピルビン酸) / PLP | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 アミノデオキシコリスミ酸リアーゼ / 4-amino-4-deoxychorismate lyase activity / folic acid biosynthetic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Dai, Y.-N. / Chi, C.-B. / Zhou, K. / Cheng, W. / Jiang, Y.-L. / Ren, Y.-M. / Chen, Y. / Zhou, C.-Z. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013 タイトル: Structure and catalytic mechanism of yeast 4-amino-4-deoxychorismate lyase 著者: Dai, Y.-N. / Chi, C.-B. / Zhou, K. / Cheng, W. / Jiang, Y.-L. / Ren, Y.-M. / Ruan, K. / Chen, Y. / Zhou, C.-Z. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4k6n.cif.gz | 152.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4k6n.ent.gz | 125.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4k6n.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k6/4k6n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k6/4k6n | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43837.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: S288c / 遺伝子: ABZ2, YMR289W / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 参照: UniProt: Q03266, アミノデオキシコリスミ酸リアーゼ |
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#2: 化合物 | ChemComp-PLP / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.59 % |
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結晶化 | 温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 20%(w/v) polyethylene glycol monomethyl ether 5000, 0.1M Bis-Tris, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289.15K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97838 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97838 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 35258 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 25.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rsym value: 0.079 / Net I/σ(I): 20 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.422 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Num. unique all: 3478 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→36.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 4.786 / SU ML: 0.073 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.128 / ESU R Free: 0.119 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 98.38 Å2 / Biso mean: 31.658 Å2 / Biso min: 13.83 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→36.79 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.903→1.953 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -21.9982 Å / Origin y: 27.4282 Å / Origin z: -20.7569 Å
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