PDB-4jz5: High-resolution structure of catalytic domain of endolysin ply40 ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4jz5

タイトル

High-resolution structure of catalytic domain of endolysin ply40 from bacteriophage P40 of Listeria monocytogenes

要素

Gp26

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) /

Endolysin / Glycosyl hydrolase family 25 /

Peptidoglycan (ペプチドグリカン) /

cell-wall (細胞壁)

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process /

lysozyme activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Listeria phage P40 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.1 Å

データ登録者

Romero-Fernandez, P. / Bartual, S.G. / Carrasco-lopez, C. / Hermoso, J.A.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of catalytic domain of endolysin Ply40
著者: Romero-Fernandez, P. / Bartual, S.G. / Carrasco-lopez, C. / Loessner, M. / Hermoso, J.A.

履歴

登録	2013年4月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2014年4月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4jz5.cif.gz	138.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4jz5.ent.gz	108.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4jz5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jz/4jz5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jz/4jz5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3hmcS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3t29-d 2bdh-3 1ui0-d 5no9-3 3a8b-d 2bdi-1 2bdi-16 5no9-4 5lh8-d 3uy9-15 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#211 - 2017年7月線毛機械 (Pilus Machine) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Gp26

25.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.332, 42.332, 98.627
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	145
Space group name H-M	P3₂

#1: タンパク質	Gp26 / ply40 分子量: 25078.514 Da / 分子数: 1 / 断片: catalytic domain, UNP residues 1-202 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Listeria phage P40 (ファージ) / 遺伝子: gp26 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B6D7J9
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 345 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.54 %
結晶化	pH: 7 / 詳細: 0.2M Sodium Malonate, 20%(w/v) PEG, pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.9334 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月8日
放射	モノクロメーター: NA / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9334 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.1→36.661 Å / Num. all: 78926 / Num. obs: 78926 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2
反射シェル	解像度: 1.1→1.12 Å / % possible all: 80

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8_1063)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3HMC

3hmc

解像度: 1.1→36.661 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.44 / SU ML: 0.07 / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 12.89 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1428	3950	5.01 %	RANDOM
R_work	0.1344	-	-	-
all	0.1348	78870	-	-
obs	0.1348	78870	98.17 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 48.39 Å² / B_iso mean: 11.511 Å² / B_iso min: 3.53 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.1→36.661 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1630	0	0	345	1975

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	1713
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.229	2320
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.073	245
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	302
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.187	638

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 28

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.1-1.1134	0.2426	102	0.2192	2220	2322	78
1.1134-1.1275	0.2134	110	0.2008	2317	2427	86
1.1275-1.1424	0.1781	135	0.1859	2531	2666	92
1.1424-1.158	0.1781	125	0.1684	2555	2680	95
1.158-1.1745	0.1728	152	0.1602	2742	2894	99
1.1745-1.1921	0.164	143	0.1524	2693	2836	100
1.1921-1.2107	0.165	151	0.1468	2726	2877	100
1.2107-1.2306	0.1498	156	0.1448	2680	2836	100
1.2306-1.2518	0.1702	145	0.1408	2746	2891	100
1.2518-1.2745	0.1586	151	0.1347	2723	2874	100
1.2745-1.2991	0.1334	113	0.1324	2727	2840	100
1.2991-1.3256	0.1537	146	0.1336	2759	2905	100
1.3256-1.3544	0.1377	149	0.1282	2675	2824	100
1.3544-1.3859	0.1267	139	0.1269	2757	2896	100
1.3859-1.4206	0.1298	154	0.1263	2686	2840	100
1.4206-1.459	0.1609	160	0.1209	2761	2921	100
1.459-1.5019	0.1303	148	0.1196	2698	2846	100
1.5019-1.5504	0.115	133	0.1138	2725	2858	100
1.5504-1.6058	0.139	133	0.113	2707	2840	100
1.6058-1.6701	0.1328	142	0.1184	2739	2881	100
1.6701-1.7461	0.1168	139	0.1158	2721	2860	100
1.7461-1.8382	0.1308	166	0.1235	2741	2907	100
1.8382-1.9533	0.1248	127	0.1203	2714	2841	100
1.9533-2.1041	0.1215	157	0.1223	2725	2882	100
2.1041-2.3158	0.1244	143	0.125	2699	2842	100
2.3158-2.6509	0.1539	138	0.1357	2750	2888	100
2.6509-3.3395	0.1523	153	0.1411	2697	2850	100
3.3395-36.6809	0.1425	140	0.1439	2706	2846	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3274	-1.626	0.9175	1.5382	-0.6585	0.3624	-0.1148	-0.5066	0.0304	0.0385	0.1544	0.1515	-0.0153	-0.2184	0.0074	0.0673	-0.007	-0.0031	0.1213	0.0011	0.0594	-15.7838	6.2983	6.4507
2	1.6432	-0.2151	1.1625	2.1328	-0.1794	2.313	0.0835	-0.0973	-0.0516	0.2439	-0.0495	0.0798	0.1042	-0.0303	-0.0755	0.0901	-0.0192	-0.0039	0.046	-0.0009	0.025	-5.8326	-3.7915	9.0661
3	1.8609	1.0665	-0.1827	1.3309	-0.2659	0.5623	0.0439	-0.0062	-0.135	0.0564	-0.0387	-0.1272	0.0476	0.0543	-0.0076	0.052	-0.0052	-0.0103	0.041	-0.0078	0.036	3.7876	-0.0691	1.6434
4	2.8529	3.1009	0.718	4.3842	0.8622	0.7145	-0.0647	0.1601	-0.2427	-0.0777	0.075	-0.2797	0.058	0.0842	-0.0096	0.0502	-0.0046	0.0067	0.0653	-0.0188	0.0579	10.0546	1.7998	-7.5106
5	1.0683	0.4013	0.0014	1.1287	0.0037	0.6107	0.0095	-0.0065	0.026	0.0093	-0.0002	-0.0783	-0.0637	0.0792	-0.0149	0.0537	-0.0165	0.0003	0.0556	-0.0018	0.035	7.5919	11.9121	-5.3446
6	1.4331	0.2641	-0.214	3.0418	0.873	1.3443	0.0616	-0.0404	0.1535	0.0102	0.0002	0.033	-0.219	0.0409	0.046	0.0566	-0.0188	0.0131	0.0459	0.001	0.0554	0.5074	16.7358	0.1749
7	0.7447	0.0971	0.1733	0.6802	0.0436	0.4178	0.0485	0.0244	0.1734	0.0396	0.041	0.0032	-0.1899	0.042	-0.0559	0.0758	-0.0143	0.0145	0.038	-0.0034	0.0621	-1.1262	18.4908	0.8009
8	0.8468	-0.6287	0.5511	1.705	0.0823	3.0818	0.0465	-0.0338	0.1151	0.1202	0.076	0.1438	-0.1943	-0.1464	-0.1066	0.0666	0.0042	0.0245	0.0495	-0.0013	0.0717	-9.0775	16.1847	8.2319
9	2.0427	0.8899	1.4692	4.0826	0.3119	3.5848	0.0521	-0.116	-0.0308	0.2986	-0.0015	0.2371	0.2437	-0.029	-0.02	0.1051	0.004	0.0034	0.0811	0.0104	0.038	-6.3636	0.8191	16.1541
10	2.96	-0.3001	0.3995	2.8447	0.4508	2.4063	0.0201	0.1784	0.018	-0.2014	-0.0175	0.1624	-0.0562	-0.2361	0.0085	0.0367	-0.0148	-0.003	0.06	0.0128	0.0548	-12.0184	8.274	-1.6963

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID -3:7 )	A	-3 - 7
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 8:24 )	A	8 - 24
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 25:65 )	A	25 - 65
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 66:86 )	A	66 - 86
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 87:122 )	A	87 - 122
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN A AND RESID 123:137 )	A	123 - 137
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN A AND RESID 138:156 )	A	138 - 156
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN A AND RESID 157:174 )	A	157 - 174
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN A AND RESID 175:186 )	A	175 - 186
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN A AND RESID 187:202 )	A	187 - 202

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)