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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4jrt | ||||||
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タイトル | Crystal structure of an A-form RNA duplex containing three GU base pairs | ||||||
要素 |
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キーワード | RNA (リボ核酸) / A-form RNA / ribose-zipper motif / GU base pair | ||||||
機能・相同性 | リボ核酸 / RNA (> 10) 機能・相同性情報 | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Kondo, J. / Dock-Bregeon, A.C. / Willkomm, D.K. / Hartmann, R.K. / Westhof, E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2013 タイトル: Structure of an A-form RNA duplex obtained by degradation of 6S RNA in a crystallization droplet 著者: Kondo, J. / Dock-Bregeon, A.C. / Willkomm, D.K. / Hartmann, R.K. / Westhof, E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4jrt.cif.gz | 23.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4jrt.ent.gz | 14.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4jrt.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jr/4jrt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jr/4jrt | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 353dS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 3979.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: in vitro transcription |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 3723.264 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: in vitro transcription |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
非ポリマーの詳細 | HOH (A 111) AND HOH (A 112) ARE CLOSED TO SYMMETRY-RELATED RNA MOLECULE. |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.92 % |
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結晶化 | 温度: 310 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 詳細: Sodium Cacodylate, Lithium acetate, PEG3350, pH 7.0, vapor diffusion, temperature 310K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.0723 Å |
検出器 | 検出器: CCD / 日付: 2009年7月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0723 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→20.7 Å / Num. obs: 2330 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 353D 解像度: 2.6→20.7 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 0
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溶媒の処理 | Bsol: 41.7378 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 113.1 Å2 / Biso mean: 76.1548 Å2 / Biso min: 41.68 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→20.7 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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