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- PDB-4jr8: Crystal structure of cruxrhodopsin-3 from Haloarcula vallismortis... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jr8
タイトルCrystal structure of cruxrhodopsin-3 from Haloarcula vallismortis at 2.3 angstrom resolution
要素Cruxrhodopsin-3
キーワードPROTON TRANSPORT (プロトンポンプ) / protein-bacteioruberin complex / seven transmembrane alpha helices / light-driven proton pump / Membrane (生体膜)
機能・相同性
機能・相同性情報


photoreceptor activity / phototransduction / proton transmembrane transport / monoatomic ion channel activity / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Bacterial rhodopsins retinal binding site. / Bacterial rhodopsins signature 1. / Rhodopsin, retinal binding site / Bacteriorhodopsin-like protein / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
BACTERIORUBERIN / レチナール / Cruxrhodopsin-3
類似検索 - 構成要素
生物種Haloarcula vallismortis (好塩性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Kouyama, T. / Chan, S.K.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: Crystal structure of Cruxrhodopsin-3 from Haloarcula vallismortis
著者: Chan, S.K. / Kitajima-Ihara, T. / Fujii, R. / Gotoh, T. / Murakami, M. / Ihara, K. / Kouyama, T.
履歴
登録2013年3月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年3月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月24日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cruxrhodopsin-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8933
ポリマ－26,8671
非ポリマー1,0262
水25214
1
A: Cruxrhodopsin-3
ヘテロ分子

A: Cruxrhodopsin-3
ヘテロ分子

A: Cruxrhodopsin-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,6789
ポリマ－80,6023
非ポリマー3,0776
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
Buried area10570 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area25430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.21, 106.21, 60.21
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number150
Space group name H-MP321

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要素

#1: タンパク質 Cruxrhodopsin-3 / COP-3 / CR-3


分子量: 26867.229 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Haloarcula vallismortis (好塩性) / 遺伝子: cop3 / 発現宿主: Halobacterium salinarum (好塩性) / 参照: UniProt: P94854
#2: 化合物 ChemComp-RET / RETINAL / (7Z,9Z,11Z,13Z)-レチナ-ル / レチナール


分子量: 284.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O
#3: 化合物 ChemComp-22B / BACTERIORUBERIN / Halobacterium


分子量: 741.136 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C50H76O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.29 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4
詳細: 2.1M ammonium sulfate, 0.1M sodium citrate, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 288K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月7日
放射モノクロメーター: Si (111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→45.9 Å / Num. all: 17545 / Num. obs: 15610 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(F): 2.3 / Observed criterion σ(I): 2.3 / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 26 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 21.2
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.448 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Num. unique all: 2299 / Rsym value: 0.448 / % possible all: 92.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
CNS精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1iw6

1iw6


解像度: 2.3→15 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.295 763 RANDOM
Rwork0.245 --
all0.254 15873 -
obs0.254 14285 -
原子変位パラメータBiso mean: 33.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.085 Å21.862 Å20 Å2
2--5.085 Å20 Å2
3----10.17 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.39 Å0.32 Å
Luzzati d res low-6 Å
Luzzati sigma a0.16 Å0.24 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1801 0 57 14 1872
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.07
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d18.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.79

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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