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- PDB-4jpk: Crystal structure of the germline-targeting HIV-1 gp120 engineere... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jpk
タイトルCrystal structure of the germline-targeting HIV-1 gp120 engineered outer domain eOD-GT6 in complex with a putative VRC01 germline precursor Fab
要素
  • Germline-targeting HIV-1 gp120 engineered outer domain, eOD-GT6
  • Putative VRC01 germline precursor Fab heavy chain
  • Putative VRC01 germline precursor Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM/VIRAL PROTEIN (免疫系) / HIV-1 gp120 / CD4 binding / VRC01-like broadly neutralizing antibodies / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN complex (免疫系)
機能・相同性
機能・相同性情報


Synthesis and processing of ENV and VPU / evasion of host immune response / Alpha-defensins / Dectin-2 family / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / actin filament organization ...Synthesis and processing of ENV and VPU / evasion of host immune response / Alpha-defensins / Dectin-2 family / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / actin filament organization / Assembly Of The HIV Virion / Budding and maturation of HIV virion / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Gp120 (HIV) / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / 抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Julien, J.-P. / Jardine, J. / Schief, W.R. / Wilson, I.A.
引用ジャーナル: Science / 年: 2013
タイトル: Rational HIV immunogen design to target specific germline B cell receptors.
著者: Jardine, J. / Julien, J.P. / Menis, S. / Ota, T. / Kalyuzhniy, O. / McGuire, A. / Sok, D. / Huang, P.S. / MacPherson, S. / Jones, M. / Nieusma, T. / Mathison, J. / Baker, D. / Ward, A.B. / ...著者: Jardine, J. / Julien, J.P. / Menis, S. / Ota, T. / Kalyuzhniy, O. / McGuire, A. / Sok, D. / Huang, P.S. / MacPherson, S. / Jones, M. / Nieusma, T. / Mathison, J. / Baker, D. / Ward, A.B. / Burton, D.R. / Stamatatos, L. / Nemazee, D. / Wilson, I.A. / Schief, W.R.
履歴
登録2013年3月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月22日Group: Database references
改定 1.22014年1月15日Group: Source and taxonomy
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Putative VRC01 germline precursor Fab heavy chain
L: Putative VRC01 germline precursor Fab light chain
A: Germline-targeting HIV-1 gp120 engineered outer domain, eOD-GT6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,5965
ポリマ－68,1543
非ポリマー4422
水3,117173
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)179.260, 63.300, 61.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.43, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11H-310-

HOH

21A-347-

HOH

-
要素

#1: 抗体 Putative VRC01 germline precursor Fab heavy chain


分子量: 26541.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体 Putative VRC01 germline precursor Fab light chain


分子量: 23035.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: タンパク質 Germline-targeting HIV-1 gp120 engineered outer domain, eOD-GT6


分子量: 18576.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
細胞株 (発現宿主): HEK 293S / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P04578*PLUS
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 173 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.79 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 20% w/v PEG4000, 0.1 M sodium citrate, 20% v/v 2-propanol, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月22日
放射モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→40 Å / Num. all: 27113 / Num. obs: 25368 / % possible obs: 93.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.7 % / Rsym value: 0.085 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 2.4→2.5 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Rsym value: 0.432 / % possible all: 96.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 4JPI AND 4JPJ

4jpi

4jpj


解像度: 2.4→36.307 Å / SU ML: 0.33 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.72 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.263 1253 4.95 %RANDOM
Rwork0.2 ---
obs0.203 25311 93.38 %-
all-27113 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→36.307 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4560 0 28 173 4761
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0054702
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9686379
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.9351685
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064716
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004821
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.4960.31991360.27122749X-RAY DIFFRACTION96
2.496-2.60960.41671470.27612715X-RAY DIFFRACTION96
2.6096-2.74710.36641290.29892498X-RAY DIFFRACTION87
2.7471-2.91920.26671380.2312686X-RAY DIFFRACTION95
2.9192-3.14440.26711480.20372808X-RAY DIFFRACTION98
3.1444-3.46070.2541360.19712633X-RAY DIFFRACTION93
3.4607-3.96090.26691350.19362495X-RAY DIFFRACTION87
3.9609-4.98830.21541430.15882707X-RAY DIFFRACTION94
4.9883-36.31110.24311410.18342767X-RAY DIFFRACTION94
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.6473-1.5604-0.54754.2753-2.32021.8594-0.42640.31810.5995-0.2213-0.4835-0.0812-0.93830.67130.77090.16780.01180.0330.41640.05870.2994-12.61579.118.0767
23.4236-1.13240.60354.50581.00170.820.0322-0.27910.32930.3531-0.3572-0.6265-0.54620.0150.16230.2333-0.094-0.00550.4910.07760.3171-2.94084.89317.0035
36.0385-2.9812-3.30273.95410.73042.77430.20080.0265-0.293-0.0085-0.01470.3785-0.0955-0.1304-0.16810.2486-0.03260.01050.36620.11690.2565-11.3705-2.94614.039
42.8371-1.1285-1.3883.6341-0.58441.22190.01220.035-0.0877-0.182-0.1425-0.208-0.1184-0.15220.09620.22860.0285-0.00610.40780.00410.2643-10.1799-0.978511.7685
51.708-1.46421.50871.6374-0.90571.94490.0753-0.1635-0.12910.0375-0.0640.43380.0238-0.25310.00670.2126-0.02460.05330.3453-0.00430.4371-34.553415.93627.3249
64.60920.4328-0.51574.18680.95855.21540.2088-0.63280.27530.2361-0.0978-0.1761-0.1464-0.0594-0.12010.29050.0813-0.05850.43970.00980.2662-37.607720.27999.1599
77.4775-3.7025-0.1777.29291.00095.4440.2679-0.12151.7518-0.140.1536-0.3559-0.6513-0.4615-0.37130.30350.07390.04830.3387-0.00290.6628-38.169129.29034.4797
84.20960.2891-0.54922.10590.60586.6626-0.0762-0.5217-0.32720.40360.15090.1260.0325-0.26370.00480.2650.06890.03610.56960.10290.2966-23.4816-1.72430.7283
92.6757-0.67281.2430.8061-0.17941.2898-0.1649-0.6448-0.07810.24420.26470.1783-0.165-0.2488-0.05520.25560.04930.06780.49380.02610.3662-35.86946.187521.3397
104.04340.54231.47631.56930.94885.29980.0205-0.3384-0.43610.0646-0.02510.29590.16990.0942-0.01440.25690.03830.01660.38850.05550.4419-50.61288.88378.9028
114.63120.2687-0.47542.5057-0.36981.89680.221-0.0083-0.15580.11510.0575-0.4926-0.0037-0.0718-0.21590.2199-0.01-0.02520.2850.050.331711.9327-22.30878.0886
126.9453-4.791-4.53568.47550.27694.59660.13130.9573-0.7699-0.16250.30341.4190.7384-1.4461-0.25860.402-0.07250.03630.52860.00990.5168-12.0949-18.76111.5401
137.10961.01832.04114.9704-0.26799.75640.3961-0.3169-0.50440.1354-0.12230.5371-0.0828-0.1442-0.15740.256-0.03220.03160.58110.07110.32075.2848-11.855421.3696
148.86112.8663-0.12434.90280.34237.9278-0.122-0.7655-0.87360.70090.0394-0.15220.25830.3601-0.28850.3671-0.0044-0.0410.51910.0890.398411.2122-18.723320.0239
153.68181.73-0.48184.55251.0481.9925-0.3785-0.5742-0.59780.6986-0.0121-0.04210.7682-0.13130.52440.44460.07020.09350.62270.31420.73938.0521-29.314820.7076
162.23-2.61020.91868.7888-1.65522.7001-0.3132-0.59490.08540.36640.37260.70480.6148-0.0223-0.15880.39520.06060.00590.56880.1140.2791-5.1603-18.308323.9221
172.7251.17410.47563.3601-1.85711.62190.3096-0.1783-0.6194-0.27310.1581-0.27940.34230.0101-0.20810.31040.01610.09520.3245-0.03050.286410.8534-27.080412.3228
183.6095-1.5409-0.1183.51913.08354.3036-0.00970.1222-0.54720.3624-0.09430.15910.4334-0.25040.05940.2355-0.0379-0.00320.32940.120.4827-1.73-26.475310.6675
193.8691-1.79033.00976.41070.21387.24350.66950.28751.1185-0.3304-0.0398-0.7028-0.43130.5468-0.29620.304-0.05760.1330.3213-0.01210.365412.362-13.551110.4789
205.0247-2.22814.91766.06260.24225.95960.6250.88211.0351-0.2421-0.2447-0.9649-0.9561.612-0.32910.3744-0.12450.08250.73720.13790.549418.663-13.52338.8913
215.28784.8443-3.57444.4024-2.64155.5890.32811.1201-0.43810.4079-0.1413-0.09150.14060.063-0.0670.22340.0166-0.04580.3539-0.00350.3201-0.9356-24.62734.9367
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'H' and (resid 1 through 17 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'H' and (resid 18 through 33 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'H' and (resid 34 through 56 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'H' and (resid 57 through 100 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'H' and (resid 101 through 145 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'H' and (resid 146 through 188 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'H' and (resid 189 through 213 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'L' and (resid 1 through 61 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'L' and (resid 62 through 142 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'L' and (resid 143 through 214 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 1 through 26 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 27 through 40 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'A' and (resid 41 through 50 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'A' and (resid 51 through 61 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'A' and (resid 62 through 73 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'A' and (resid 74 through 86 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'A' and (resid 87 through 103 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'A' and (resid 104 through 141 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'A' and (resid 142 through 151 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'A' and (resid 152 through 158 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'A' and (resid 159 through 169 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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