PDB-4jn4: Allosteric opening of the polypeptide-binding site when an Hsp70 ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4jn4

タイトル

Allosteric opening of the polypeptide-binding site when an Hsp70 binds ATP

要素

Chaperone protein DnaK

シャペロン

キーワード

CHAPERONE (シャペロン) /

DnaK (Hsp70) / 70kDa heat shock protein (Hsp70) / Single-wavelength anomalous diffraction (SAD) / native structure determination / multiple crystals

機能・相同性

機能・相同性情報

stress response to copper ion / sigma factor antagonist activity / chaperone cofactor-dependent protein refolding / protein unfolding / cellular response to unfolded protein / protein folding chaperone /

封入体 /

heat shock protein binding / ATP-dependent protein folding chaperone /

ADP binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / Native SAD / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Qi, R. / Sarbeng, E.B. / Liu, Q. / Le, K.Q. / Xu, X. / Xu, H. / Yang, J. / Wong, J.L. / Vorvis, C. / Hendrickson, W.A. ...

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: Allosteric opening of the polypeptide-binding site when an Hsp70 binds ATP.
著者: Qi, R. / Sarbeng, E.B. / Liu, Q. / Le, K.Q. / Xu, X. / Xu, H. / Yang, J. / Wong, J.L. / Vorvis, C. / Hendrickson, W.A. / Zhou, L. / Liu, Q.

履歴

登録	2013年3月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年5月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年7月10日	Group: Database references
改定 1.2	2013年8月7日	Group: Database references
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4jn4.cif.gz	486.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4jn4.ent.gz	400.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4jn4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jn/4jn4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jn/4jn4	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4jneC 4jnfC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4jne-d 6j5a-d 1xo0-d 5erg-1 1pvr-d 3tvw-2 5eqj-1 1pvp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (11)

登録構造単位

A: Chaperone protein DnaK

B: Chaperone protein DnaK

ヘテロ分子

134 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	291.739, 291.739, 99.500
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	97
Space group name H-M	I422

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1324- HOH
2	1	A-1584- HOH
3	1	B-1450- HOH
4	1	B-1578- HOH

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Chaperone protein DnaK / シャペロン分子量: 65893.344 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 2-610 / 変異: N432M,Q433G,S434G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / プラスミド: pSMT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A6Y8

-
非ポリマー , 5種, 1105分子

#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / アデノシン三リン酸分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 1086 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 5

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.37 %
結晶化	温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1.8-2.0 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes-NaOH, 2-3% PEG 400, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 273K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 1.7432 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月15日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.7432 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→40 Å / Num. all: 182234 / Num. obs: 182234 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射シェル	解像度: 2.3→2.36 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7_650)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法: Native SAD / 解像度: 2.3→39.85 Å / SU ML: 0.3 / σ(F): 1.22 / 位相誤差: 17.89 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1972	9119	5 %	Random
R_work	0.1621	-	-	-
obs	0.1639	182212	99.97 %	-
all	-	182234	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 46.52 Å² / k_sol: 0.37 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.4035 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.4035 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.807 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→39.85 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9100	0	143	1086	10329

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	9338
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.889	12630
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.922	3548
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	1466
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1652

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.3262	0.2526	303	0.201	5729	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3262-2.3535	0.235	330	0.1853	5759	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3535-2.3822	0.2156	293	0.1739	5780	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3822-2.4124	0.2398	291	0.179	5793	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4124-2.4441	0.2286	332	0.1836	5759	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4441-2.4776	0.241	264	0.174	5742	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4776-2.513	0.2158	269	0.1763	5812	X-RAY DIFFRACTION	100
2.513-2.5505	0.2172	300	0.1664	5810	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5505-2.5903	0.229	275	0.1669	5800	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5903-2.6328	0.2173	314	0.1675	5750	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6328-2.6782	0.2346	318	0.1715	5775	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6782-2.7269	0.2084	339	0.1678	5723	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7269-2.7793	0.2258	308	0.1728	5731	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7793-2.836	0.2542	271	0.1701	5844	X-RAY DIFFRACTION	100
2.836-2.8977	0.2086	280	0.1714	5779	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8977-2.965	0.2128	325	0.1688	5747	X-RAY DIFFRACTION	100
2.965-3.0392	0.1936	289	0.1691	5769	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0392-3.1213	0.2216	285	0.1686	5834	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1213-3.2131	0.2197	331	0.1811	5778	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2131-3.3168	0.2081	282	0.1746	5769	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3168-3.4353	0.2206	314	0.1694	5742	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4353-3.5727	0.1708	325	0.1614	5714	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5727-3.7352	0.1779	331	0.1505	5757	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7352-3.932	0.1664	333	0.1434	5769	X-RAY DIFFRACTION	100
3.932-4.1781	0.1505	308	0.1408	5759	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1781-4.5003	0.168	317	0.1294	5733	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5003-4.9524	0.1578	287	0.1282	5793	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9524-5.6673	0.1748	331	0.1474	5748	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6673-7.1335	0.2171	304	0.1856	5801	X-RAY DIFFRACTION	100
7.1335-39.8556	0.172	270	0.1698	5794	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1067	-0.0732	0.006	0.057	-0.002	0.0022	-0.0521	0.0979	0.0187	-0.0533	-0.0307	-0.0261	0.0463	-0.0247	-0.0157	0.1137	0.0028	-0.0063	0.0963	0.0012	0.0519	19.3852	72.4654	15.8136
2	0.0531	-0.0364	0.0303	0.1148	-0.0519	0.2154	-0.0129	-0.0492	0.0537	0.0389	0.0177	-0.0775	-0.0513	-0.0645	0.005	0.1153	0.0263	-0.0505	0.1339	-0.0176	0.1524	11.6749	90.8359	21.7084
3	0.0807	-0.0303	-0.0947	0.036	-0.0155	0.2042	-0.0856	0.0567	0.0109	0.0049	0.0549	0.0288	0.0541	-0.015	-0.0249	0.0864	-0	-0.0345	0.1683	0.017	0.021	9.0199	73.0289	16.3502
4	0.0115	0.0007	0.0004	0.0038	-0.0003	0	-0.0011	0.007	-0.0043	-0.0121	-0.0045	-0.0214	0.0161	0.009	0.007	0.4848	0.095	0.0689	0.3479	0.0672	0.3617	11.3218	51.0607	34.4201
5	0.0753	-0.01	-0.0411	0.0839	-0.0418	0.1142	-0.0719	-0.0183	-0.0069	0.0482	-0.0011	-0.0095	0.0248	0.0255	-0.0639	0.1681	0.0588	-0.0148	0.1251	0.0223	0.0236	6.618	62.8205	34.4946
6	0.1271	0.0955	0.026	0.1456	0.1866	0.3849	-0.0549	-0.1231	0.0431	0.0604	0.0019	-0.0133	0.1111	-0.0842	0.0153	0.1614	0.0745	-0.0245	0.1395	-0.0287	0.1099	11.9851	78.9842	35.2851
7	0.0616	-0.0317	-0.0402	0.1918	0.1197	0.3018	0.0178	-0.0052	0.0119	0.0058	0.0078	-0.0076	-0.0018	0.0315	-0.0135	0.2127	0.0038	-0.0333	0.2106	-0.158	0.2697	26.8566	102.1963	38.583
8	0.0272	-0.0154	-0.0214	0.0167	0.0205	0.0431	0.0215	-0.0116	0.0132	0.0774	0.0804	-0.102	0.0629	0.0922	0.1624	0.1129	0.0598	-0.1534	0.1718	-0.2095	0.1079	28.1702	90.4443	36.5994
9	0.1436	-0.046	-0.0066	0.0417	0.0336	0.0478	-0.1173	-0.1415	-0.0525	0.1405	0.0584	0.049	0.0994	-0.0822	-0.0004	0.1925	0.0729	0.0081	0.1768	-0.0127	0.0329	8.1527	66.7088	35.6636
10	0.0069	0.0067	-0.0075	0.0661	-0.0122	0.0392	-0.0907	-0.0102	0.0349	-0.034	0.0652	-0.001	0.0572	-0.1137	0.0064	0.0962	-0.0277	-0.0274	0.2667	-0.0102	0.0773	-18.218	77.0206	22.9962
11	0.031	-0.0118	0.0571	0.0417	0.0316	0.2272	-0.0018	0.0465	0.0062	-0.0322	-0.007	-0.0086	-0.0585	0.0356	0.0268	0.1269	-0.027	-0.0779	0.1998	0.0451	0.0489	5.1785	83.3403	4.5862
12	0.1732	0.0786	-0.0243	0.2395	0.1005	0.0666	0.0358	-0.0366	-0.0531	0.0427	0.0822	-0.0119	0.0033	-0.1566	0.045	0.1547	-0.0217	-0.0339	0.2462	0.0607	0.0887	40.0443	81.5104	-5.2228
13	0.0398	-0.1592	0.0122	0.8426	0.2878	0.6043	0.1557	0.0308	0.0748	-0.0536	-0.0292	-0.2077	-0.1333	-0.0715	-0.1051	0.2343	-0.0293	0.0037	0.1136	0.0677	0.1948	45.8543	89.1559	-11.2853
14	0.1278	-0.0067	-0.0472	0.1395	-0.1032	0.1085	0.1193	0.0235	0.0759	-0.0784	0.0569	-0.3445	-0.0895	0.073	-0.1632	0.4919	-0.0186	0.0961	0.386	-0.0655	0.5268	52.0547	80.583	-23.5659
15	0.1831	-0.1152	-0.1992	0.0721	0.1254	0.2247	-0.1122	-0.0471	-0.0037	0.0786	-0.0407	0.0337	-0.0481	-0.1124	-0.0327	0.1686	0.009	-0.0411	0.0843	0.0072	0.0704	37.1574	64.506	33.6753
16	0.0271	-0.002	0.007	0.0078	-0.0112	0.0157	-0.0734	0.0313	0.0528	0.0161	-0.0288	-0.0401	-0.1495	0.0641	-0.1922	0.2379	-0.1234	-0.2246	0.1169	0.0564	0.0059	55.3495	72.6178	28.4329
17	0.211	-0.0277	-0.093	0.0447	0.0408	0.079	-0.1021	-0.0009	-0.0314	0.0674	-0.023	-0.0395	-0.0715	-0.0341	-0.0626	0.1265	0.0216	-0.028	0.0878	0.0093	0.0561	45.0889	57.6231	33.3967
18	0.0054	-0.0028	-0.0026	0.0015	0.0014	0.0012	-0.0002	0.0012	0.001	-0.0041	0.0008	0.0033	0.0001	0.0036	0.0002	0.3598	-0.1433	0.0079	0.5162	-0.1094	0.3791	26.8241	45.4541	18.8119
19	0.0714	0.036	0.0613	0.098	0.0507	0.1389	-0.03	0.0312	-0.0033	0.0078	-0.0253	-0.0096	0.033	-0.0116	0.0043	0.1066	-0.0522	-0.0082	0.1192	-0.0003	0.0535	40.3353	51.5527	13.7288
20	2.783	0.9239	0.6491	0.3202	0.3223	0.9982	-0.0037	0.0065	-0.2839	0.0546	-0.0357	-0.0567	0.2805	-0.0943	0.0308	0.6012	-0.1064	0.1032	0.4478	-0.0474	0.45	32.0062	35.1029	20.6627
21	0.1088	-0.0224	-0.0613	0.0125	0.0393	0.1238	-0.0859	0.0639	0.0549	-0.0069	-0.0189	0.0008	-0.0498	0.0247	-0.2348	0.132	-0.0812	-0.0768	0.0908	0.0663	0.0531	48.7756	69.3454	12.8781
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23	0.1168	0.0093	-0.0405	0.031	-0.0037	0.0235	-0.054	0.0754	-0.0471	0.0213	-0.0512	0.0014	-0.054	-0.004	-0.0139	0.1083	-0.0333	-0.0134	0.1084	-0.0203	0.0727	39.9089	59.4883	9.1717
24	0.0712	-0.0236	-0.0612	0.1235	0.0966	0.1355	-0.0186	0.072	0.0158	0.0753	-0.0063	-0.0281	0.2177	0.0562	-0.0522	0.1276	0.0594	-0.0306	0.1276	0.0542	0.0479	63.4802	41.4118	26.1612
25	0.1514	-0.0587	-0.0322	0.0716	-0.0038	0.0521	-0.0249	-0.0474	0.0041	0.0286	0.004	-0.0188	-0.081	-0.0177	-0.0225	0.1862	0.0151	-0.0877	0.1402	0.0452	0.1064	57.5234	61.0237	42.7753
26	0.0789	-0.0095	-0.0207	0.1624	-0.149	0.2133	0.0497	0.0433	-0.0367	0.0385	0.051	0.0193	0.0291	0.0546	0.0872	0.3607	0.1253	-0.1125	0.2423	-0.047	0.1353	29.5649	86.2818	54.5128
27	0.4663	0.5318	0.056	0.6199	-0.0479	0.9783	0.1273	-0.0865	0.1362	-0.0949	0.0213	0.0814	-0.0993	0.2101	-0.139	0.3344	-0.0761	0.0193	0.2447	-0.0936	0.2373	30.7929	95.957	60.3929
28	0.182	-0.0668	-0.0191	0.7	0.1827	0.2402	0.0694	-0.0542	0.1165	0.0664	-0.005	0.1466	-0.1085	-0.0008	-0.0525	0.7161	-0.0589	0.1579	0.6534	-0.0071	0.7732	20.5347	93.6209	72.4743

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1:51)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 52:105)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 106:181)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 182:188)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 189:213)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 214:241)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 242:253)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 254:315)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 316:404)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 405:505)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 506:525)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain A and resid 526:554)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain A and resid 555:596)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain A and resid 597:604)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain B and resid 1:48)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain B and resid 49:107)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain B and resid 108:180)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain B and resid 181:186)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain B and resid 187:208)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain B and resid 209:214)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(chain B and resid 215:246)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(chain B and resid 247:299)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(chain B and resid 300:380)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(chain B and resid 381:500)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	(chain B and resid 501:525)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	(chain B and resid 526:554)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	(chain B and resid 555:595)
28	X-RAY DIFFRACTION	28	(chain B and resid 596:604)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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