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Yorodumi- PDB-4jmd: Enduracididine biosynthesis enzyme MppR complexed with the conden... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4jmd | ||||||
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Title | Enduracididine biosynthesis enzyme MppR complexed with the condensation product of pyruvate and imidazole 4-carboxaldehyde | ||||||
Components | Putative uncharacterized protein mppR | ||||||
Keywords | UNKNOWN FUNCTION / Acetoacetate decarboxylase-like | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Streptomyces hygroscopicus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.67 Å | ||||||
Authors | Silvaggi, N.R. | ||||||
Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2013 Title: Structural and Functional Characterization of MppR, an Enduracididine Biosynthetic Enzyme from Streptomyces hygroscopicus: Functional Diversity in the Acetoacetate Decarboxylase-like Superfamily. Authors: Burroughs, A.M. / Hoppe, R.W. / Goebel, N.C. / Sayyed, B.H. / Voegtline, T.J. / Schwabacher, A.W. / Zabriskie, T.M. / Silvaggi, N.R. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4jmd.cif.gz | 311 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4jmd.ent.gz | 261.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4jmd.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jm/4jmd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jm/4jmd | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 32256.102 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptomyces hygroscopicus (bacteria) / Gene: mppR / Plasmid: pE-SUMO / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q643B8 #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.38 Å3/Da / Density % sol: 48.25 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 25-30% PEG 3350, 0.2M (NH4)2SO4, 1-10mM HEPES. Drops contained 2 ul of protein solution at 12-18 mg/mL (~380-750 uM) and 1 ul of crystallization solution, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-G / Wavelength: 0.97856 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Mar 8, 2012 |
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97856 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.67→41.87 Å / Num. all: 71991 / Num. obs: 71343 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / Redundancy: 9 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 26.3 |
Reflection shell | Resolution: 1.67→1.73 Å / Redundancy: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.475 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 91.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: SeMet-SAD model refined to 2.2 Angstrom-resolution Resolution: 1.67→41.867 Å / SU ML: 0.13 / σ(F): 1.42 / Phase error: 15.51 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.98 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 26.8 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.67→41.867 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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