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- PDB-4jhb: Crystal structure of RelB double mutants: Y300F/I335F -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jhb
タイトルCrystal structure of RelB double mutants: Y300F/I335F
要素Transcription factor RelB
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / intertwined dimer / non-canonical side-by side dimer / transcription factor (転写因子)
機能・相同性
機能・相同性情報


T-helper 1 cell differentiation / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / CD209 (DC-SIGN) signaling / myeloid dendritic cell differentiation / negative regulation of interferon-beta production / cellular response to osmotic stress / T-helper 1 type immune response / non-canonical NF-kappaB signal transduction / antigen processing and presentation ...T-helper 1 cell differentiation / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / CD209 (DC-SIGN) signaling / myeloid dendritic cell differentiation / negative regulation of interferon-beta production / cellular response to osmotic stress / T-helper 1 type immune response / non-canonical NF-kappaB signal transduction / antigen processing and presentation / canonical NF-kappaB signal transduction / transcription repressor complex / response to cytokine / circadian regulation of gene expression / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / 炎症 / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / 自然免疫系 / negative regulation of DNA-templated transcription / 中心体 / シナプス / クロマチン / protein kinase binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / 核質 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Transcription factor RelB / RelB leucine zipper / RelB transactivation domain / RelB leucine zipper / RelB transactivation domain / NF-kappa-B/Dorsal / Rel homology domain, conserved site / NFkappaB IPT domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain signature. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain ...Transcription factor RelB / RelB leucine zipper / RelB transactivation domain / RelB leucine zipper / RelB transactivation domain / NF-kappa-B/Dorsal / Rel homology domain, conserved site / NFkappaB IPT domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain signature. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / Rel homology DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain profile. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain superfamily / ig-like, plexins, transcription factors / IPT domain / p53-like transcription factor, DNA-binding / Immunoglobulin E-set / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription factor RelB
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.44 Å
データ登録者Huang, D.B. / Vu, D. / Ghosh, G.
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of RelB double mutants: Y300F/I335F
著者: Huang, D.B. / Vu, D. / Ghosh, G.
履歴
登録2013年3月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription factor RelB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,4181
ポリマ－12,4181
非ポリマー00
水2,810156
1
A: Transcription factor RelB

A: Transcription factor RelB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8362
ポリマ－24,8362
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+2/31
Buried area1270 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area11540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.230, 65.230, 65.870
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Transcription factor RelB


分子量: 12418.055 Da / 分子数: 1 / 断片: Dimerization domain / 変異: Y300F, I335F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Relb / 参照: UniProt: Q04863
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.24 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 30% PEG4000, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.1
検出器タイプ: AGILENT ATLAS CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.44→50 Å / Num. all: 6185 / Num. obs: 5543 / % possible obs: 88.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 48.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allDiffraction-ID% possible all
2.44-2.494.50.6572.82971100
2.49-2.544.60.5143.93121100
2.54-2.594.60.4714.53161100
2.59-2.644.70.3784.9300199
2.64-2.74.60.4095297199
2.7-2.764.70.2797.2321199

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1zk9

1zk9


解像度: 2.44→28.45 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 348568.75 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.226 607 11 %RANDOM
Rwork0.195 ---
obs0.195 5543 88.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 65.3414 Å2 / ksol: 0.33 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 63 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.38 Å20 Å20 Å2
2--6.38 Å20 Å2
3----12.76 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.32 Å0.26 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.31 Å0.25 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.44→28.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数872 0 0 156 1028
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.99
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.471.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.472
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.212
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.322.5
LS精密化 シェル解像度: 2.44→2.6 Å / Rfactor Rfree error: 0.027 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.241 78 10.5 %
Rwork0.228 666 -
obs--73.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION5carbohydrate.paramcarbohydrate.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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