PDB-4jha: Crystal Structure of RSV-Neutralizing Human Antibody D25

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4jha

タイトル

Crystal Structure of RSV-Neutralizing Human Antibody D25

要素

D25 antigen-binding fragment heavy chain
D25 light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM (免疫系) /

Immunoglobulin (抗体) / Ig

機能・相同性

抗体 /

Immunoglobulin-like /

サンドイッチ / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Mclellan, J.S. / Chen, M. / Leung, S. / Graepel, K.W. / Du, X. / Yang, Y. / Zhou, T. / Baxa, U. / Yasuda, E. / Beaumont, T. ...

引用

ジャーナル: Science / 年: 2013
タイトル: Structure of RSV fusion glycoprotein trimer bound to a prefusion-specific neutralizing antibody.
著者: McLellan, J.S. / Chen, M. / Leung, S. / Graepel, K.W. / Du, X. / Yang, Y. / Zhou, T. / Baxa, U. / Yasuda, E. / Beaumont, T. / Kumar, A. / Modjarrad, K. / Zheng, Z. / Zhao, M. / Xia, N. / ...

履歴

登録	2013年3月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年5月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年6月12日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4jha.cif.gz	187.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4jha.ent.gz	149.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4jha.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jh/4jha ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jh/4jha	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4jhwC 3gbmS 3idxS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5dq9-1 1ce1-d 5i1h-d 6d9g-1 4xmk-3 4ub0-d 5ig7-1 6w73-d 6u3z-2 6z3k-3 6u6o-d 3l7f-3 1um5-d 6dca-2 5dsc-2 4dvb-2 1u6a-d 2hh0-d 2gcy-d 6mfj-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

H: D25 antigen-binding fragment heavy chain

L: D25 light chain

47.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	108.725, 108.725, 139.909
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	H-311- HOH
2	1	H-396- HOH
3	1	H-414- HOH
4	1	L-303- HOH
5	1	L-399- HOH
6	1	L-402- HOH

#1: 抗体	D25 antigen-binding fragment heavy chain 分子量: 24504.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	D25 light chain 分子量: 23325.865 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: homo sapiens (ヒト)
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 270 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.71 %
結晶化	温度: 293 K / pH: 4.6 詳細: 22% (w/v) PEG 4000, 0.1 M sodium acetate pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 200 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月21日
放射	モノクロメーター: SI 220. ROSENBAUM-ROCK DOUBLE- CRYSTAL MONOCHROMATOR: プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 63455 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 11 %
反射シェル	解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 5.3 % / % possible all: 86.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SERGUI		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.1_1168)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3GBM, 3IDX

3gbm

3idx

解像度: 1.6→35.4 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.55 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.255	3211	5.07 %
R_work	0.24	-	-
obs	0.241	63360	98.1 %
all	-	64653	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→35.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3302	0	0	270	3572

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3387
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.197	4617
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.59	1211
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.087	535
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	591

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6009-1.6248	0.3149	144	0.2938	2097	X-RAY DIFFRACTION	81
1.6248-1.6502	0.2716	102	0.2806	2324	X-RAY DIFFRACTION	88
1.6502-1.6773	0.2696	134	0.2729	2421	X-RAY DIFFRACTION	93
1.6773-1.7062	0.2812	128	0.2795	2540	X-RAY DIFFRACTION	96
1.7062-1.7372	0.2887	136	0.2608	2581	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7372-1.7706	0.283	150	0.2428	2603	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7706-1.8068	0.2753	147	0.241	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8068-1.846	0.2286	135	0.2361	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
1.846-1.889	0.2619	139	0.2409	2619	X-RAY DIFFRACTION	100
1.889-1.9362	0.2663	121	0.2441	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9362-1.9886	0.2911	133	0.2491	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9886-2.0471	0.2357	128	0.2361	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0471-2.1131	0.259	132	0.2383	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1131-2.1887	0.2495	149	0.235	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1887-2.2763	0.2532	143	0.2347	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2763-2.3799	0.2398	142	0.2416	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3799-2.5053	0.2795	133	0.2598	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5053-2.6622	0.2569	150	0.2485	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6622-2.8677	0.2407	125	0.2464	2713	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8677-3.1561	0.2997	166	0.2404	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1561-3.6124	0.24	153	0.2357	2730	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6124-4.5497	0.2395	149	0.2116	2763	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5497-35.4047	0.2429	172	0.2529	2896	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.9133	0.0418	-0.2162	1.4215	-0.2186	1.0502	0.0098	0.071	0.0608	0.1129	0.0029	0.1368	0.0499	-0.0586	0.0256	0.1541	-0.0308	0.0185	0.1596	-0.0259	0.1402	-6.3886	28.7258	-14.7487
2	1.318	0.7405	1.2015	1.3105	0.5723	2.5945	0.0542	-0.7264	0.1289	2.4829	0.3656	-2.0345	0.6133	0.2618	0.2026	1.4204	0.1542	-0.6979	0.5674	-0.1864	0.7942	19.3074	26.0298	4.1949
3	4.5287	1.8589	1.5675	4.4303	1.3672	1.9053	-0.0104	-0.2233	0.1106	0.2077	-0.0296	0.01	-0.1982	-0.0635	0.0529	0.1813	-0.0064	0.0214	0.1423	-0.0258	0.1479	-0.8114	50.2208	-10.411
4	3.7012	-1.8591	1.7113	0.3302	-0.4155	1.1445	-0.0006	-0.0981	0.101	0.1422	-0.0843	-0.6291	0.3961	0.5811	0.0111	0.8419	0.0743	-0.3718	0.5745	-0.1269	1.2789	31.4607	35.1373	-0.087

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN H AND RESID 1:114 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN H AND RESID 115:213 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN L AND RESID 1:114 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN L AND RESID 115:211 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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