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- PDB-4jax: Crystal structure of dimeric KlHxk1 in crystal form X -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jax
タイトルCrystal structure of dimeric KlHxk1 in crystal form X
要素Hexokinaseヘキソキナーゼ
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / ribonuclease H-fold / hexokinase (ヘキソキナーゼ) / ATP binding (アデノシン三リン酸) / sugar binding (砂糖) / Mig1 binding / phosphorylation (リン酸化)
機能・相同性
機能・相同性情報


mannokinase activity / ヘキソキナーゼ / fructokinase activity / glucokinase activity / mannose metabolic process / D-glucose binding / intracellular glucose homeostasis / glycolytic process / glucose metabolic process / ミトコンドリア ...mannokinase activity / ヘキソキナーゼ / fructokinase activity / glucokinase activity / mannose metabolic process / D-glucose binding / intracellular glucose homeostasis / glycolytic process / glucose metabolic process / ミトコンドリア / ATP binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #1250 / Hexokinase; domain 1 / Hexokinase; domain 1 - #20 / ヘキソキナーゼ / Hexokinase, binding site / Hexokinase, N-terminal / Hexokinase, C-terminal / ヘキソキナーゼ / ヘキソキナーゼ / Hexokinase domain signature. ...Helix Hairpins - #1250 / Hexokinase; domain 1 / Hexokinase; domain 1 - #20 / ヘキソキナーゼ / Hexokinase, binding site / Hexokinase, N-terminal / Hexokinase, C-terminal / ヘキソキナーゼ / ヘキソキナーゼ / Hexokinase domain signature. / Hexokinase domain profile. / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Helix Hairpins / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
リン酸塩 / ヘキソキナーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Kluyveromyces lactis (酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.26 Å
データ登録者Kuettner, E.B. / Strater, N. / Kettner, K. / Otto, A. / Lilie, H. / Golbik, R.P. / Kriegel, T.M.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2013
タイトル: In vivo phosphorylation and in vitro autophosphorylation-inactivation of Kluyveromyces lactis hexokinase KlHxk1.
著者: Kettner, K. / Kuettner, E.B. / Otto, A. / Lilie, H. / Golbik, R.P. / Strater, N. / Kriegel, T.M.
履歴
登録2013年2月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月19日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Hexokinase
B: Hexokinase
C: Hexokinase
D: Hexokinase
E: Hexokinase
F: Hexokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)324,86431
ポリマ－322,5126
非ポリマー2,35125
水6,377354
1
A: Hexokinase
D: Hexokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,54013
ポリマ－107,5042
非ポリマー1,03611
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Hexokinase
C: Hexokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,25510
ポリマ－107,5042
非ポリマー7518
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Hexokinase
F: Hexokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,0688
ポリマ－107,5042
非ポリマー5646
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
A: Hexokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,3167
ポリマ－53,7521
非ポリマー5646
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
B: Hexokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,9393
ポリマ－53,7521
非ポリマー1872
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
C: Hexokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,3167
ポリマ－53,7521
非ポリマー5646
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
D: Hexokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,2246
ポリマ－53,7521
非ポリマー4725
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
8
E: Hexokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,2216
ポリマ－53,7521
非ポリマー4695
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
9
F: Hexokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,8472
ポリマ－53,7521
非ポリマー951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.810, 178.300, 216.210
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細chains A+D form a dimer / chains B+C form a dimer / chains E+F form a dimer

-
要素

#1: タンパク質
Hexokinase / ヘキソキナーゼ


分子量: 53752.043 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Kluyveromyces lactis (酵母) / 株: CBS2359/152 / 遺伝子: KLLA0D11352g, RAG5 / プラスミド: pTSRAG5 / 発現宿主: Kluyveromyces lactis (酵母) / 株 (発現宿主): JA6 rag5 / 参照: UniProt: P33284, ヘキソキナーゼ
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 354 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.7 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 1 microliter protein (7.8 mg/ml KlHxk1 in buffer (10 mM Tris, 1 mM EDTA, 1 mM DTT, 0.5 mM PMSF, pH 7.4)) + 1 microliter reservoir (2.2 M (NH4)2HPO4, 0.1 M Tris pH 8.5), micro seeding, VAPOR ...詳細: 1 microliter protein (7.8 mg/ml KlHxk1 in buffer (10 mM Tris, 1 mM EDTA, 1 mM DTT, 0.5 mM PMSF, pH 7.4)) + 1 microliter reservoir (2.2 M (NH4)2HPO4, 0.1 M Tris pH 8.5), micro seeding, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月19日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: Si-111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.26→29.85 Å / Num. all: 191251 / Num. obs: 190903 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 47.2 Å2 / Rsym value: 0.049 / Net I/σ(I): 24.25
反射 シェル解像度: 2.26→2.32 Å / 冗長度: 5.2 % / Mean I/σ(I) obs: 3.84 / Num. unique all: 14012 / Rsym value: 0.502 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
MAR345データ収集
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: chain A of PDB entry 3O1W

3o1w


解像度: 2.26→29.602 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 12.873 / SU ML: 0.154 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.216 / ESU R Free: 0.188 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT, temperature factors of atoms are full B values (residual+TLS part)
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2398 1912 1 %RANDOM
Rwork0.2003 ---
obs0.2007 190815 99.83 %-
all-191035 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 174.58 Å2 / Biso mean: 49.6244 Å2 / Biso min: 18.35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.57 Å2-0 Å20 Å2
2---0.25 Å20 Å2
3----0.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.26→29.602 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21972 0 133 354 22459
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01922531
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5021.98430519
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.82852813
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.15525.261977
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.97153957
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.8531590
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.23413
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02116792
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it9
LS精密化 シェル解像度: 2.26→2.318 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.285 148 -
Rwork0.264 13772 -
all-13920 -
obs-13772 99.96 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.28670.32571.14534.63784.58055.9880.02310.1475-0.2281-0.0284-0.0610.33030.1503-0.10870.03790.1066-0.0050.03460.0224-0.01020.2544-52.16596.2941-40.5379
23.2586-1.48520.1661.74990.4221.7358-0.1018-0.02460.04520.0680.1139-0.0603-0.03230.1247-0.01210.14970.0345-0.00280.1245-0.12660.1484-23.367619.814-20.9905
30.8146-0.2001-0.0251.82260.96811.4734-0.0408-0.0467-0.12350.12870.07420.06170.21010.0387-0.03340.11370.01250.00960.0316-0.05240.1652-40.73977.3136-39.1029
42.70040.36091.44282.10560.97772.6736-0.22740.18420.3259-0.13920.09080.0309-0.19840.28130.13660.1036-0.01370.0140.048-0.02290.1868-39.952124.6047-36.3166
52.1231-0.22630.46493.6337-4.05096.4478-0.1014-0.2242-0.371-0.0978-0.1551-0.25410.19260.73560.25650.23460.05660.03640.23470.00230.20330.045922.677816.1813
63.2809-1.356-0.71723.70211.96443.3273-0.1079-0.0147-0.06740.2148-0.25720.4978-0.2925-0.36330.36510.47570.0673-0.02530.1231-0.10330.1555-25.180846.20010.6061
70.7942-0.0483-0.13881.3387-1.13242.7354-0.06210.0793-0.0981-0.16890.09640.04870.04780.079-0.03430.2472-0.0096-0.01690.038-0.02480.1221-10.346227.328815.5891
83.2072-1.7381.41982.9183-1.89543.6603-0.2402-0.10030.31370.26-0.0023-0.2443-0.76490.34080.24250.4194-0.108-0.03530.0835-0.04350.1148-5.467843.773412.334
925.3585-6.0696-13.1491.46493.15756.82750.2778-0.31490.5679-0.16170.0493-0.1362-0.23510.1995-0.32710.6346-0.0409-0.09380.83350.15830.798-35.278759.850117.5583
102.0231-0.24450.42892.5042-0.39670.78430.0164-0.24840.05680.2583-0.0338-0.0688-0.0405-0.05090.01740.1845-0.00170.03970.075-0.01070.0178-18.608351.473648.0934
113.41511.0268-0.3946.62230.25673.8470.2029-0.4791-0.42630.6405-0.2137-0.0631-0.072-0.10220.01070.33360.0166-0.07810.14530.11770.1411-11.661633.398959.7467
123.69-1.21821.62422.1779-0.47741.96120.1718-0.1347-0.23840.0687-0.06690.29460.2068-0.2648-0.10490.1678-0.03440.04510.0472-0.01320.0893-24.858653.846742.6075
132.15560.24981.16841.75670.21431.7086-0.13530.00840.4407-0.1688-0.0751-0.0904-0.4053-0.10790.21040.37490.0769-0.00650.09010.01050.2493-14.636823.2549-63.876
142.35440.3116-1.51225.0905-0.53845.6817-0.11930.1601-0.1162-0.4522-0.14510.0358-0.2039-0.54370.26450.39780.0269-0.10570.1634-0.05850.1552-28.45279.6857-78.9255
152.12580.38480.39312.18260.34262.1421-0.11520.2730.0923-0.5249-0.011-0.1123-0.1795-0.19380.12620.45210.087-0.04370.15670.03290.1653-21.621920.5059-77.7858
161.6569-0.85891.51641.5756-1.03842.6353-0.07530.03610.2623-0.1987-0.0465-0.1374-0.2710.01370.12170.25690.0321-0.01180.0462-0.02760.2063-8.973419.7546-57.1524
171.57030.16010.05413.1820.79631.87330.06540.0685-0.2807-0.3539-0.22710.4560.4158-0.23470.16170.3209-0.0659-0.01780.16070.02180.2333-28.295965.5429-83.8705
183.19450.05170.14214.3147-1.02892.9936-0.0004-0.3756-0.17950.1743-0.1640.01970.2769-0.19310.16440.1335-0.06640.04580.14750.02030.0926-20.135182.117-67.0279
191.7191-0.8673-0.74424.39781.352.9379-0.0048-0.1756-0.1808-0.0567-0.18630.02490.66740.01260.19110.3771-0.10070.02470.13080.07610.2016-24.901458.9527-81.6243
201.2434-0.6891-0.60174.01291.55293.50210.22730.1775-0.0454-0.8193-0.313-0.02820.3107-0.12050.08570.4692-0.0077-0.00960.14610.06750.1934-23.991163.1854-92.8144
213.31530.71872.33972.38721.984.4113-0.0090.22510.2526-0.29790.18680.2782-0.1701-0.3601-0.17780.2819-0.0807-0.00960.24140.19370.3042-15.2379102.2927-111.5387
225.189-1.76780.23775.3724-2.0635.65580.06590.4327-0.8869-0.6286-0.14010.72931.03160.31950.07420.7888-0.16140.00090.6001-0.15340.4822-21.081167.6434-124.0952
2312.1049-5.4652-7.52252.47343.38934.68530.52760.38980.8294-0.2224-0.1613-0.3879-0.2531-0.1221-0.36631.1944-0.2498-0.11881.69070.4450.6643-9.112280.2581-131.4421
241.62760.28250.57871.37530.36422.7040.03040.3443-0.0445-0.41080.01030.22540.2285-0.3286-0.04070.3641-0.088-0.02390.23810.07790.2087-15.854489.9054-112.4379
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A15 - 65
2X-RAY DIFFRACTION2A66 - 209
3X-RAY DIFFRACTION3A210 - 421
4X-RAY DIFFRACTION4A422 - 484
5X-RAY DIFFRACTION5B13 - 65
6X-RAY DIFFRACTION6B66 - 209
7X-RAY DIFFRACTION7B210 - 409
8X-RAY DIFFRACTION8B410 - 484
9X-RAY DIFFRACTION9C11 - 19
10X-RAY DIFFRACTION10C20 - 118
11X-RAY DIFFRACTION11C119 - 208
12X-RAY DIFFRACTION12C209 - 485
13X-RAY DIFFRACTION13D13 - 115
14X-RAY DIFFRACTION14D116 - 173
15X-RAY DIFFRACTION15D174 - 255
16X-RAY DIFFRACTION16D256 - 485
17X-RAY DIFFRACTION17E16 - 114
18X-RAY DIFFRACTION18E115 - 207
19X-RAY DIFFRACTION19E208 - 329
20X-RAY DIFFRACTION20E330 - 485
21X-RAY DIFFRACTION21F15 - 71
22X-RAY DIFFRACTION22F72 - 157
23X-RAY DIFFRACTION23F158 - 189
24X-RAY DIFFRACTION24F190 - 485

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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