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万見
- PDB-4j4o: Crystal structure of FK506 binding domain of plasmodium VIVAX FKB... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4j4o
タイトルCrystal structure of FK506 binding domain of plasmodium VIVAX FKBP35 in complex with D44
要素70 kDa peptidylprolyl isomerase, putative
キーワードISOMERASE/ISOMERASE INHIBITOR / D44 / FKBP35 / FK506 (タクロリムス) / ISOMERASE-ISOMERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


プロリルイソメラーゼ / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity
類似検索 - 分子機能
Chitinase A; domain 3 - #40 / Chitinase A; domain 3 / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily ...Chitinase A; domain 3 - #40 / Chitinase A; domain 3 / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-D44 / プロリルイソメラーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium vivax SaI-1 (マラリア 病原虫)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.73 Å
データ登録者Sreekanth, R. / Harikishore, A. / Yoon, H.S.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2013
タイトル: Small molecule Plasmodium FKBP35 inhibitor as a potential antimalaria agent.
著者: Harikishore, A. / Niang, M. / Rajan, S. / Preiser, P.R. / Yoon, H.S.
履歴
登録2013年2月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 70 kDa peptidylprolyl isomerase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6526
ポリマ－13,9721
非ポリマー6815
水3,603200
1
A: 70 kDa peptidylprolyl isomerase, putative
ヘテロ分子

A: 70 kDa peptidylprolyl isomerase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,30512
ポリマ－27,9432
非ポリマー1,36210
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_554-x,-x+y,-z-1/31
Buried area3480 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area11560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.259, 68.259, 74.116
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-205-

GOL

21A-354-

HOH

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要素

#1: タンパク質 70 kDa peptidylprolyl isomerase, putative


分子量: 13971.687 Da / 分子数: 1 / 断片: FK506 BINDING DOMAIN, UNP RESIDUES 1-126 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium vivax SaI-1 (マラリア 病原虫)
株: Salvador I / 遺伝子: PVX_101260 / プラスミド: PETSUMO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A5K8X6, プロリルイソメラーゼ
#2: 化合物 ChemComp-D44 / N-(2-ethylphenyl)-2-(3H-imidazo[4,5-b]pyridin-2-ylsulfanyl)acetamide


分子量: 312.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H16N4OS
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 200 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.52 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 3.0M AMMONIUM SULPHATE, 0.1M BICINE, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年9月26日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.73→33.5 Å / Num. obs: 21268 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 10.32 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 22.4
反射 シェル解像度: 1.73→1.79 Å / 冗長度: 7.93 % / Rmerge(I) obs: 0.187 / Mean I/σ(I) obs: 6.9 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3IHZ

3ihz


解像度: 1.73→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 1.561 / SU ML: 0.053 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.089 / ESU R Free: 0.093 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.215 1088 5.2 %RANDOM
Rwork0.177 ---
obs0.179 20015 99.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.59 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20.01 Å20 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.73→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数943 0 46 200 1189
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0221031
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5631.9991382
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5085129
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.30725.20848
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.86715185
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.665155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.2142
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02773
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9451.5608
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.7112980
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6073423
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.4914.5398
LS精密化 シェル解像度: 1.73→1.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.278 85 -
Rwork0.271 1431 -
obs--98.31 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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