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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4iy8 | ||||||
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Title | Bmlp3 - P21 crystal form | ||||||
![]() | 30K protein 1 | ||||||
![]() | LIPID BINDING PROTEIN / ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Pietrzyk, A.J. / Bujacz, A. / Mueller-Dieckmann, J. / Jaskolski, M. / Bujacz, G. | ||||||
![]() | ![]() Title: Two Crystal Structures of Bombyx mori Lipoprotein 3 - Structural Characterization of a New 30-kDa Lipoprotein Family Member. Authors: Pietrzyk, A.J. / Bujacz, A. / Mueller-Dieckmann, J. / Lochynska, M. / Jaskolski, M. / Bujacz, G. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 393.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 326.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 4iy9C ![]() 4efpS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 27613.082 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: isolated from a natural source / Details: protein isolated from hemolymph / Source: (natural) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-P6G / | ![]() #3: Chemical | ChemComp-PEG / | ![]() #4: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.98 Å3/Da / Density % sol: 37.75 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 30% PEG MME 550, 0.1 M CaCl2, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Mar 6, 2011 / Details: mirrors |
Radiation | Monochromator: KMC-1 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 2.36→34.4 Å / Num. all: 35358 / Num. obs: 35189 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 42.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 15.7 |
Reflection shell | Resolution: 2.36→2.46 Å / Redundancy: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.636 / Mean I/σ(I) obs: 2.74 / Num. unique all: 4096 / % possible all: 99.7 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: PDB ENTRY 4EFP Resolution: 2.36→33.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 22.207 / SU ML: 0.242 / Isotropic thermal model: isotropic / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.868 / ESU R Free: 0.301 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 40.639 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.36→33.34 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.36→2.421 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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