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Yorodumi- PDB-4iv5: X-ray crystal structure of a putative aspartate carbamoyltransfer... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4iv5 | ||||||
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Title | X-ray crystal structure of a putative aspartate carbamoyltransferase from Trypanosoma cruzi | ||||||
Components | Aspartate carbamoyltransferase, putative | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / aspartate carbamoyltransferase | ||||||
Function / homology | Function and homology information aspartate carbamoyltransferase / aspartate carbamoyltransferase activity / amino acid metabolic process / amino acid binding / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Trypanosoma cruzi (eukaryote) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.1 Å | ||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Citation | Journal: TO BE PUBLISHED Title: X-ray crystal structure of a putative aspartate carbamoyltransferase from Trypanosoma cruzi Authors: Fairman, J.W. / Abendroth, J.A. / Edwards, T.E. / Lorimer, D. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4iv5.cif.gz | 686.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4iv5.ent.gz | 570.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4iv5.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iv/4iv5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iv/4iv5 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 1ml4S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 37025.840 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Trypanosoma cruzi (eukaryote) / Strain: CL Brener / Gene: Tc00.1047053508375.30, Tc00.1047053511923.110 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: O15636, UniProt: Q4D3W3*PLUS, aspartate carbamoyltransferase #2: Chemical | ChemComp-PO4 / #3: Chemical | ChemComp-UNX / #4: Chemical | ChemComp-EDO / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.12 Å3/Da / Density % sol: 42 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: pACT E10: 0.2 M sodium monobasic phosphate/potassium dibasic phosphate, 20% PEG 3350, protein at 18.47 mg/ml K, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / Wavelength: 1.54 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RIGAKU SATURN 944+ / Detector: CCD / Date: Aug 28, 2012 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.54 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.1→50 Å / Num. all: 105706 / Num. obs: 102675 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / Rmerge(I) obs: 0.127 / Net I/σ(I): 8.93 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1ML4 Resolution: 2.1→49.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 10.118 / SU ML: 0.136 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.248 / ESU R Free: 0.197 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 25.475 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1→49.48 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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