PDB-4iqj: Structure of PolIIIalpha-Tauc-DNA complex suggests an atomic mode...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4iqj

タイトル

Structure of PolIIIalpha-Tauc-DNA complex suggests an atomic model of the replisome

要素

(DNA polymerase III subunit ...DNA polymerase III holoenzyme) x 2
DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*GP*TP*GP*GP*CP*AP*CP*TP*GP*GP*CP*CP*GP*TP*CP*GP*TP*TP*TP*CP*G)-3')
DNA (5'-D(P*CP*GP*AP*AP*AP*CP*GP*AP*CP*GP*GP*CP*CP*AP*GP*TP*GP*CP*CP*A)-3')
DNA (5'-D(P*CP*GP*AP*AP*AP*CP*GP*AP*CP*GP*GP*CP*CP*AP*GP*TP*GP*CP*CP*AP*(DOC))-3')

キーワード

TRANSFERASE/DNA /

Polymerase (ポリメラーゼ) /

alpha subunit / TauC subunit /

DNA replication (DNA複製) /

DNA-directed DNA Polymerase (DNAポリメラーゼ) /

Nucleotidyltransferase / TRANSFERASE-DNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA polymerase III complex / 3'-5' exonuclease activity /

DNA複製 /

nucleic acid binding /

DNAポリメラーゼ /

DNA-directed DNA polymerase activity /

ATP binding /

細胞質
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermus aquaticus (サーマス・アクアティカス)
Synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Liu, B. / Lin, J. / Steitz, T.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Structure of PolIIIalpha-Tauc-DNA complex suggests an atomic model of the replisome
著者: Liu, B. / Lin, J. / Steitz, T.A.

履歴

登録	2013年1月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年3月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年6月19日	Group: Database references
改定 2.0	2022年4月20日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / database_2 / entity / entity_src_gen / ndb_struct_conf_na / ndb_struct_na_base_pair / ndb_struct_na_base_pair_step / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entity_src_syn / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_rmsd_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name / _struct_ref.entity_id / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_strand_id / _struct_ref_seq.ref_id / _struct_ref_seq.seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site_gen.label_asym_id
改定 2.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4iqj.cif.gz	2.2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4iqj.ent.gz	1.8 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4iqj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iq/4iqj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iq/4iqj	HTTPS FTP

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関連構造データ

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類似構造データ	3888 6em3-d 9839 10865 31191 4169 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (2)

登録構造単位

E: DNA (5'-D(P*CP*GP*AP*AP*AP*CP*GP*AP*CP*GP*GP*CP*CP*AP*GP*TP*GP*CP*CP*A)-3')

F: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*GP*TP*GP*GP*CP*AP*CP*TP*GP*GP*CP*CP*GP*TP*CP*GP*TP*TP*TP*CP*G)-3')

G: DNA (5'-D(P*CP*GP*AP*AP*AP*CP*GP*AP*CP*GP*GP*CP*CP*AP*GP*TP*GP*CP*CP*A)-3')

H: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*GP*TP*GP*GP*CP*AP*CP*TP*GP*GP*CP*CP*GP*TP*CP*GP*TP*TP*TP*CP*G)-3')

I: DNA (5'-D(P*CP*GP*AP*AP*AP*CP*GP*AP*CP*GP*GP*CP*CP*AP*GP*TP*GP*CP*CP*AP*(DOC))-3')

J: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*GP*TP*GP*GP*CP*AP*CP*TP*GP*GP*CP*CP*GP*TP*CP*GP*TP*TP*TP*CP*G)-3')

K: DNA (5'-D(P*CP*GP*AP*AP*AP*CP*GP*AP*CP*GP*GP*CP*CP*AP*GP*TP*GP*CP*CP*A)-3')

L: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*GP*TP*GP*GP*CP*AP*CP*TP*GP*GP*CP*CP*GP*TP*CP*GP*TP*TP*TP*CP*G)-3')

A: DNA polymerase III subunit alpha

B: DNA polymerase III subunit alpha

C: DNA polymerase III subunit alpha

D: DNA polymerase III subunit alpha

M: DNA polymerase III subunit gamma/tau

N: DNA polymerase III subunit gamma/tau

O: DNA polymerase III subunit gamma/tau

P: DNA polymerase III subunit gamma/tau

ヘテロ分子

689 kDa, 16 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	188.530, 94.970, 204.080
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 89.97, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Refine code: 0

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	DC	DC	DA	DA	E	A	1 - 20	1 - 20
2	1	DC	DC	DA	DA	G	C	1 - 20	1 - 20
1	2	DC	DC	DA	DA	E	A	1 - 20	1 - 20
2	2	DC	DC	DA	DA	I	E	1 - 20	1 - 20
1	3	DC	DC	DA	DA	E	A	1 - 20	1 - 20
2	3	DC	DC	DA	DA	K	G	1 - 20	1 - 20
1	4	DT	DT	DC	DC	F	B	9 - 27	9 - 27
2	4	DT	DT	DC	DC	H	D	9 - 27	9 - 27
1	5	DT	DT	DC	DC	F	B	9 - 27	9 - 27
2	5	DT	DT	DC	DC	J	F	9 - 27	9 - 27
1	6	DT	DT	DC	DC	F	B	9 - 27	9 - 27
2	6	DT	DT	DC	DC	L	H	9 - 27	9 - 27
1	7	DC	DC	DA	DA	G	C	1 - 20	1 - 20
2	7	DC	DC	DA	DA	I	E	1 - 20	1 - 20
1	8	DC	DC	DA	DA	G	C	1 - 20	1 - 20
2	8	DC	DC	DA	DA	K	G	1 - 20	1 - 20
1	9	DT	DT	DC	DC	H	D	6 - 27	6 - 27
2	9	DT	DT	DC	DC	J	F	6 - 27	6 - 27
1	10	DT	DT	DC	DC	H	D	5 - 27	5 - 27
2	10	DT	DT	DC	DC	L	H	5 - 27	5 - 27
1	11	DC	DC	DA	DA	I	E	1 - 20	1 - 20
2	11	DC	DC	DA	DA	K	G	1 - 20	1 - 20
1	12	DT	DT	DC	DC	J	F	6 - 27	6 - 27
2	12	DT	DT	DC	DC	L	H	6 - 27	6 - 27
1	13	LEU	LEU	PHE	PHE	A	I	5 - 1220	5 - 1220
2	13	LEU	LEU	PHE	PHE	B	J	5 - 1220	5 - 1220
1	14	LEU	LEU	PHE	PHE	A	I	5 - 1220	5 - 1220
2	14	LEU	LEU	PHE	PHE	C	K	5 - 1220	5 - 1220
1	15	LEU	LEU	PHE	PHE	A	I	5 - 1220	5 - 1220
2	15	LEU	LEU	PHE	PHE	D	L	5 - 1220	5 - 1220
1	16	LEU	LEU	PHE	PHE	B	J	5 - 1220	5 - 1220
2	16	LEU	LEU	PHE	PHE	C	K	5 - 1220	5 - 1220
1	17	LEU	LEU	PHE	PHE	B	J	5 - 1220	5 - 1220
2	17	LEU	LEU	PHE	PHE	D	L	5 - 1220	5 - 1220
1	18	LEU	LEU	PHE	PHE	C	K	5 - 1220	5 - 1220
2	18	LEU	LEU	PHE	PHE	D	L	5 - 1220	5 - 1220
1	19	HIS	HIS	PRO	PRO	M	M	367 - 543	1 - 177
2	19	HIS	HIS	PRO	PRO	N	N	367 - 543	1 - 177
1	20	HIS	HIS	PRO	PRO	M	M	367 - 543	1 - 177
2	20	HIS	HIS	PRO	PRO	O	O	367 - 543	1 - 177
1	21	HIS	HIS	PRO	PRO	M	M	367 - 543	1 - 177
2	21	HIS	HIS	PRO	PRO	P	P	367 - 543	1 - 177
1	22	HIS	HIS	PRO	PRO	N	N	367 - 543	1 - 177
2	22	HIS	HIS	PRO	PRO	O	O	367 - 543	1 - 177
1	23	HIS	HIS	PRO	PRO	N	N	367 - 543	1 - 177
2	23	HIS	HIS	PRO	PRO	P	P	367 - 543	1 - 177
1	24	HIS	HIS	PRO	PRO	O	O	367 - 543	1 - 177
2	24	HIS	HIS	PRO	PRO	P	P	367 - 543	1 - 177

NCSアンサンブル:

-
DNA鎖 , 3種, 8分子 EGKFHJLI

#1: DNA鎖	DNA (5'-D(PCPGPAPAPAPCPGPAPCPGPGPCPCPAPGPTPGPCPCPA)-3') 分子量: 6137.984 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA substrate primer strand / 由来: (合成) Synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖	DNA (5'-D(TPTPTPTPTPTPTPGPTPGPGPCPAPCPTPGPGPCPCPGPTPCPGPTPTPTPCPG)-3') 分子量: 8591.493 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA substrate template strand / 由来: (合成) Synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖	DNA (5'-D(PCPGPAPAPAPCPGPAPCPGPGPCPCPAPGPTPGPCPCPAP(DOC))-3') 分子量: 6411.167 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ*: 合成 / 詳細: DNA substrate primer strand / 由来: (合成) Synthetic construct (人工物)

-
DNA polymerase III subunit ... , 2種, 8分子 ABCDMNOP

#4: タンパク質	DNA polymerase III subunit alpha / DNA polymerase III holoenzyme 分子量: 137579.422 Da / 分子数: 4 / Fragment: DNA polymerase III subunit alpha / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermus aquaticus (サーマス・アクアティカス) 遺伝子: dnaE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9XDH5, DNAポリメラーゼ
#5: タンパク質	DNA polymerase III subunit gamma/tau / DNA polymerase III holoenzyme 分子量: 19600.293 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermus aquaticus (サーマス・アクアティカス) 遺伝子: dnaX_2, dnaX, BVI061214_00485 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0M9ACL9, DNAポリメラーゼ

#4: タンパク質

DNA polymerase III subunit alpha /

DNA polymerase III holoenzyme

分子量: 137579.422 Da / 分子数: 4 / Fragment: DNA polymerase III subunit alpha / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Thermus aquaticus (サーマス・アクアティカス)
遺伝子: dnaE / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9XDH5,

DNAポリメラーゼ

#5: タンパク質

DNA polymerase III subunit gamma/tau /

DNA polymerase III holoenzyme

分子量: 19600.293 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Thermus aquaticus (サーマス・アクアティカス)
遺伝子: dnaX_2, dnaX, BVI061214_00485 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0M9ACL9,

DNAポリメラーゼ

-
非ポリマー , 2種, 16分子

#6: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#7: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.69 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.8 詳細: 0.1 M TRIS pH 8.8, 18% (w/v) polyethylene glycol 4000, 0.2 M MgCl2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.9999 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月10日
放射	モノクロメーター: optical system that acts as a narrow-band-pass プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.198→50 Å / Num. all: 112427 / Num. obs: 112427 / % possible obs: 93.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.4 % / R_sym value: 0.044 / Net I/σ(I): 11.8
反射シェル	解像度: 3.198→3.37 Å / 冗長度: 2.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / R_sym value: 0.539 / % possible all: 93.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BOS		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX		モデル構築
REFMAC	5.5.0109	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2HPI

2hpi

解像度: 3.2→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.911 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.875 / SU B: 61.343 / SU ML: 0.495 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.137 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.30474	5710	5 %	RANDOM
R_work	0.26434	-	-	-
obs	0.26631	108754	96.03 %	-
all	-	108754	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 151.765 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.2 Å²	-0 Å²	-1.31 Å²
2-	-	9.18 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.98 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.2→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	41665	3566	34	0	45265

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	46545
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	43355
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.272	1.906	63613
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	3.544	3	99810
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.369	5	5182
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.247	22.993	2068
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.564	15	7455
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.839	15	437
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.067	0.2	6751
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	49723
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	10555
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.288	1.5	26008
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.969	2	41644
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.767	3	20557
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.736	4.5	21995
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	E	2441	0.23
1	2	G	2441	0.23
2	1	E	2532	0.23
2	2	I	2532	0.23
3	1	E	2545	0.23
3	2	K	2545	0.23
4	1	F	2302	0.24
4	2	H	2302	0.24
5	1	F	2186	0.25
5	2	J	2186	0.25
6	1	F	2351	0.24
6	2	L	2351	0.24
7	1	G	2545	0.24
7	2	I	2545	0.24
8	1	G	2588	0.22
8	2	K	2588	0.22
9	1	H	2570	0.23
9	2	J	2570	0.23
10	1	H	2857	0.21
10	2	L	2857	0.21
11	1	I	2722	0.22
11	2	K	2722	0.22
12	1	J	2655	0.21
12	2	L	2655	0.21
13	1	A	121401	0.21
13	2	B	121401	0.21
14	1	A	120083	0.22
14	2	C	120083	0.22
15	1	A	121463	0.22
15	2	D	121463	0.22
16	1	B	118945	0.22
16	2	C	118945	0.22
17	1	B	121358	0.22
17	2	D	121358	0.22
18	1	C	121687	0.22
18	2	D	121687	0.22
19	1	M	11589	0.3
19	2	N	11589	0.3
20	1	M	11484	0.29
20	2	O	11484	0.29
21	1	M	11327	0.3
21	2	P	11327	0.3
22	1	N	11459	0.29
22	2	O	11459	0.29
23	1	N	11107	0.3
23	2	P	11107	0.3
24	1	O	11164	0.31
24	2	P	11164	0.31

LS精密化シェル

解像度: 3.2→3.281 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.321	364	-
R_work	0.295	6947	-
obs	-	-	85.36 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3178	-0.1062	0.3233	0.1847	-0.0898	0.358	0.0333	-0.1705	0.0506	-0.1258	-0.1063	-0.1335	0.011	-0.1806	0.073	0.3522	-0.0499	0.1087	0.3113	0.0806	0.203	19.415	-33.5113	3.0697
2	0.1375	-0.1653	0.2149	0.2	-0.2616	0.3516	-0.0327	-0.0661	-0.0557	0.0401	0.0961	0.0603	-0.0966	-0.135	-0.0634	0.2402	-0.0305	-0.0277	0.3152	-0.1117	0.2723	20.6401	-32.4397	2.5106
3	0.3742	-1.1297	-0.2442	3.6645	0.8631	0.5724	0.1198	-0.1236	-0.1533	-0.5363	0.1731	0.4212	-0.1988	0.1097	-0.2929	0.2042	-0.0083	-0.0046	0.2288	-0.0334	0.4333	65.5404	21.8155	97.3312
4	0.3948	-0.9461	-0.3175	2.3012	0.7811	0.6825	0.0916	-0.0326	-0.0195	-0.1554	0.1081	0.0216	-0.0347	-0.1123	-0.1997	0.2313	-0.0677	0.0555	0.2201	-0.0703	0.2356	69.561	11.405	92.7253
5	2.1241	1.8809	-1.3991	2.3353	-0.7938	1.4588	0.0511	-0.1315	0.7063	0.0312	0.1822	0.8664	0.3195	0.3353	-0.2334	0.7174	-0.0974	0.079	0.443	0.2981	0.5273	30.2719	72.8026	103.6069
6	0.0134	-0.0341	-0.0373	0.2813	0.281	0.2818	0.0149	-0.017	0.0488	0.1263	0.0689	-0.0616	0.1109	0.0847	-0.0838	0.2581	-0.0806	0.1089	0.2605	0.0625	0.252	28.4068	69.9425	106.4375
7	1.1176	-0.8866	1.1192	0.9346	-0.6721	1.3583	0.1345	0.2433	0.3847	-0.0132	-0.4853	-0.292	0.221	-0.0238	0.3508	0.2165	-0.0716	0.0685	0.4054	0.0698	0.1747	77.7574	-87.1532	-3.1539
8	1.1075	-1.6144	1.9732	2.6787	-2.8575	3.5333	0.0814	0.0922	0.0388	0.0028	-0.208	0.2016	0.1049	0.1814	0.1265	0.1399	-0.0099	0.0274	0.2634	0.0407	0.3	73.8849	-82.356	-6.9505
9	0.075	0.0416	0.029	0.0342	-0.0152	0.1162	0.026	0.0029	-0.0104	0.0338	-0.0026	-0.0089	-0.0026	0.0309	-0.0235	0.2923	0.0299	0.0691	0.2036	0.0088	0.2097	22.3897	6.3333	17.6379
10	0.0692	-0.0246	0.0975	0.0117	-0.0418	0.1744	0.0025	-0.0077	-0.007	-0.0078	0.0045	0.0082	-0.0087	0.0365	-0.0071	0.272	0.01	0.0704	0.2004	0.0246	0.232	72.1932	-14.1937	83.1956
11	0.094	-0.0186	0.061	0.0292	-0.0194	0.0433	0.0267	0.0035	0.0015	-0.0082	-0.0064	0.0635	-0.0001	-0.0037	-0.0203	0.2792	0.005	0.0631	0.2439	0.0127	0.2103	25.0514	35.4307	118.2989
12	0.1518	0.0321	-0.0114	0.0161	0.0321	0.1745	0.0193	-0.0026	0.0519	0.0097	-0.0151	0.031	0.0124	-0.0233	-0.0042	0.274	0.0001	0.075	0.1775	0.0032	0.2347	69.993	-48.0067	-15.9945
13	0.0065	-0.0149	-0.0225	0.0645	0.1211	0.3451	-0.0292	-0.003	-0.0183	0.007	0.0185	-0.0143	-0.1755	0.0097	0.0106	0.3642	-0.0132	-0.0107	0.2161	0.0105	0.2509	3.0959	-36.9903	51.9745
14	0.321	0.0709	0.3152	0.0389	0.0588	0.3508	0.0026	-0.0629	0.0712	0.064	-0.0195	-0.0178	-0.0797	-0.036	0.0169	0.3287	0.0704	0.046	0.2088	0.0044	0.208	51.5152	31.4353	48.9701
15	1.4794	-0.6237	-0.5367	0.432	0.3946	0.3654	-0.0301	-0.2043	0.3499	0.0223	0.139	-0.1121	0.0389	0.1243	-0.1089	0.2036	-0.0552	0.0285	0.2093	0.0413	0.3631	49.8642	77.7952	154.6006
16	1.6788	0.1174	0.0028	0.1567	-0.3273	0.7471	0.0562	0.129	-0.0215	-0.0249	-0.0415	-0.0129	0.1131	0.0881	-0.0147	0.3122	0.1282	-0.0443	0.2016	-0.0413	0.183	91.2953	-91.6157	-52.955

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	E	1 - 20
2	X-RAY DIFFRACTION	2	F	9 - 28
3	X-RAY DIFFRACTION	3	G	1 - 20
4	X-RAY DIFFRACTION	4	H	2 - 28
5	X-RAY DIFFRACTION	5	I	1 - 20
6	X-RAY DIFFRACTION	6	J	6 - 28
7	X-RAY DIFFRACTION	7	K	1 - 20
8	X-RAY DIFFRACTION	8	L	5 - 28
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	5 - 1220
10	X-RAY DIFFRACTION	9	A	1301 - 1304
11	X-RAY DIFFRACTION	10	B	5 - 1220
12	X-RAY DIFFRACTION	10	B	1301 - 1304
13	X-RAY DIFFRACTION	11	C	5 - 1220
14	X-RAY DIFFRACTION	11	C	1301 - 1304
15	X-RAY DIFFRACTION	12	D	5 - 1220
16	X-RAY DIFFRACTION	12	D	1301 - 1304
17	X-RAY DIFFRACTION	13	M	367 - 543
18	X-RAY DIFFRACTION	14	N	367 - 543
19	X-RAY DIFFRACTION	15	O	367 - 543
20	X-RAY DIFFRACTION	16	P	367 - 543

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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