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Yorodumi- PDB-4iqd: Crystal Structure of Carboxyvinyl-Carboxyphosphonate Phosphorylmu... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4iqd | ||||||||||||
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Title | Crystal Structure of Carboxyvinyl-Carboxyphosphonate Phosphorylmutase from Bacillus anthracis | ||||||||||||
Components | Carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase | ||||||||||||
Keywords | LYASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / alpha-beta structure / TIM-barrel | ||||||||||||
Function / homology | Function and homology information methylisocitrate lyase / propionate catabolic process, 2-methylcitrate cycle / methylisocitrate lyase activity / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | Bacillus anthracis (anthrax bacterium) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2 Å | ||||||||||||
Authors | Kim, Y. / Maltseva, N. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Crystal Structure of Carboxyvinyl-Carboxyphosphonate Phosphorylmutase from Bacillus anthracis Authors: Kim, Y. / Maltseva, N. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4iqd.cif.gz | 239.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4iqd.ent.gz | 193.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4iqd.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iq/4iqd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iq/4iqd | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 33648.934 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacillus anthracis (anthrax bacterium) / Strain: Ames Ancestor / Gene: prpB, yqiQ / Plasmid: pMCSG7 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 magic References: UniProt: Q81QR8, UniProt: A0A6L7HJ56*PLUS, methylisocitrate lyase #2: Chemical | ChemComp-PYR / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.74 Å3/Da / Density % sol: 55.11 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 0.2 M ammonium citrate tribasic pH 7.0, 20 PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.9793 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Apr 13, 2009 / Details: mirrors |
Radiation | Monochromator: double crystal monochromator / Protocol: SAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9793 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2→48.6 Å / Num. all: 50248 / Num. obs: 50248 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 11.7 % / Biso Wilson estimate: 25.2 Å2 / Rsym value: 0.118 / Net I/σ(I): 9.6 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.03 Å / Redundancy: 7.4 % / Mean I/σ(I) obs: 3.15 / Num. unique all: 2398 / Rsym value: 0.822 / % possible all: 97.2 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2→48.574 Å / Isotropic thermal model: mixed / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / Phase error: 21.41 / Stereochemistry target values: TWIN_LSQ_F
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→48.574 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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