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Yorodumi- PDB-4ipu: Crystal structure of Pseudomonas aeruginosa (strain: PAO1) type I... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4ipu | ||||||
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Title | Crystal structure of Pseudomonas aeruginosa (strain: PAO1) type IV minor pilin FimU in space group P21 | ||||||
Components | FimU protein | ||||||
Keywords | CELL ADHESION / minor pilin / membrane associated | ||||||
Function / homology | Function and homology information type IV pilus / type IV pilus assembly / type IV pilus-dependent motility / pilus assembly / protein secretion by the type II secretion system / type II protein secretion system complex / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Pseudomonas aeruginosa (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.351 Å | ||||||
Authors | Nguyen, Y. / Sugiman-Marangos, S.N. / Bell, S. / Junop, M.S. / Burrows, L.L. | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Role of minor pilins in Pseudomonas aeruginosa type IV pilus dynamics Authors: Nguyen, Y. / Sugiman-Marangos, S.N. / Bell, S. / Harvey, H. / Giltner, C.L. / Junop, M.S. / Burrows, L.L. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4ipu.cif.gz | 217.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4ipu.ent.gz | 184.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4ipu.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ip/4ipu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ip/4ipu | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 14737.440 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: unp residues 37-168 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas aeruginosa (bacteria) / Strain: PAO1 / Gene: fimU / Plasmid: pET151-D-Topo / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Origami / References: UniProt: Q59652, UniProt: G3XCZ0*PLUS #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.95 Å3/Da / Density % sol: 36.84 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.6 Details: 0.2 M ammonium formate, 20% (w/v) PEG 3350, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS / Beamline: X25 / Wavelength: 0.979 Å |
Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 24, 2012 / Details: Mirrors |
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.35→50 Å / Num. all: 99928 / Num. obs: 99928 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 14.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 20.5 |
Reflection shell | Resolution: 1.35→1.37 Å / Redundancy: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.424 / Mean I/σ(I) obs: 3.17 / Num. unique all: 4843 / % possible all: 96.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.351→49.726 Å / SU ML: 0.12 / σ(F): 0 / Phase error: 20.35 / Stereochemistry target values: MLHL
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 26.19 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.351→49.726 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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