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- PDB-4ina: Crystal Structure of the Q7MSS8_WOLSU protein from Wolinella succ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ina
タイトルCrystal Structure of the Q7MSS8_WOLSU protein from Wolinella succinogenes. Northeast Structural Genomics Consortium Target WsR35
要素saccharopine dehydrogenaseサッカロピンデヒドロゲナーゼ
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI-Biology / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG / Saccharopine Dehydrogenase (サッカロピンデヒドロゲナーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
Saccharopine dehydrogenase, NADP binding domain / Saccharopine dehydrogenase-like, C-terminal / Saccharopine dehydrogenase NADP binding domain / Saccharopine dehydrogenase C-terminal domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / ロスマンフォールド / 2-Layer Sandwich ...Saccharopine dehydrogenase, NADP binding domain / Saccharopine dehydrogenase-like, C-terminal / Saccharopine dehydrogenase NADP binding domain / Saccharopine dehydrogenase C-terminal domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / ロスマンフォールド / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Wolinella succinogenes (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.488 Å
データ登録者Vorobiev, S. / Su, M. / Seetharaman, J. / Maglaqui, M. / Xiao, R. / Kohan, E. / Wang, D. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. ...Vorobiev, S. / Su, M. / Seetharaman, J. / Maglaqui, M. / Xiao, R. / Kohan, E. / Wang, D. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the Q7MSS8_WOLSU protein from Wolinella succinogenes.
著者: Vorobiev, S. / Su, M. / Seetharaman, J. / Maglaqui, M. / Xiao, R. / Kohan, E. / Wang, D. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F.
履歴
登録2013年1月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月27日Group: Data collection

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: saccharopine dehydrogenase
B: saccharopine dehydrogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,3222
ポリマ－93,3222
非ポリマー00
水2,630146
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1850 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area33070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.639, 95.490, 104.427
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.800, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 saccharopine dehydrogenase / サッカロピンデヒドロゲナーゼ


分子量: 46660.863 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Wolinella succinogenes (バクテリア)
遺伝子: WS0167 / プラスミド: WsR35-21.2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+ Magic
参照: UniProt: Q7MSS8, サッカロピンデヒドロゲナーゼ (NAD+, L-リシン形成)
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.31 %
結晶化温度: 277 K / 手法: microbatch crystallization under oil / pH: 6.5
詳細: 20% PEG MME 5000, 0.1M BIS-TRIS, pH 6.5, Microbatch crystallization under oil, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97923 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97923 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.49→50 Å / Num. all: 59291 / Num. obs: 57476 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 35.49 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 2.49→2.6 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.474 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 7303 / % possible all: 97.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.7.2_869精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.488→45.061 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.55 / SU ML: 0.81 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.98 / 位相誤差: 22.55 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.222 2909 5.06 %RANDOM
Rwork0.193 ---
obs0.195 57460 96.98 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 21.83 Å2 / ksol: 0.33 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 115.53 Å2 / Biso mean: 36.404 Å2 / Biso min: 13.44 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.298 Å20 Å2-3.636 Å2
2---5.121 Å2-0 Å2
3---3.824 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.488→45.061 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6272 0 0 146 6418
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0066412
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2518673
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.09939
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061120
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.9822383
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 21

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.488-2.5280.3771290.3492544267395
2.528-2.5720.41120.3452660277299
2.572-2.6190.3641410.3322720286199
2.619-2.6690.3541500.2982590274099
2.669-2.7240.3321350.2842688282399
2.724-2.7830.2531480.2712650279899
2.783-2.8480.3081420.2482615275799
2.848-2.9190.2521440.2372620276498
2.919-2.9980.3121180.2432691280999
2.998-3.0860.2731470.2252614276198
3.086-3.1850.221410.2012694283599
3.185-3.2990.2031330.1812594272798
3.299-3.4310.2351550.1892637279298
3.431-3.5870.2271520.1912535268797
3.587-3.7760.231310.1772584271596
3.776-4.0130.1691410.1412566270796
4.013-4.3230.1341670.1252522268996
4.323-4.7570.1671200.1222551267195
4.757-5.4440.1741410.152555269695
5.444-6.8550.2191300.1882525265594
6.855-45.0680.1531320.1642396252890
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.59930.03840.19710.6540.10520.4974-0.00190.02110.01240.0243-0.0066-0.01210.0443-0.02190.01350.1709-0.01540.0070.17150.01220.1558-2.73617.36227.0815
20.2458-0.0169-0.06550.58860.00870.69630.00740.01270.00830.0043-0.0094-0.0502-0.03680.03850.00810.1730.00250.00170.207-0.00580.209316.954151.084226.1464
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain AA2 - 395
2X-RAY DIFFRACTION2chain BB2 - 403

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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