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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4igy | ||||||
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Title | Crystal structure of kirola (Act d 11) - triclinic form | ||||||
![]() | Kirola | ||||||
![]() | ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chruszcz, M. / Ciardiello, M.A. / Giangrieco, I. / Osinski, T. / Minor, W. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural and bioinformatic analysis of the kiwifruit allergen Act d 11, a member of the family of ripening-related proteins. Authors: Chruszcz, M. / Ciardiello, M.A. / Osinski, T. / Majorek, K.A. / Giangrieco, I. / Font, J. / Breiteneder, H. / Thalassinos, K. / Minor, W. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 248.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 205 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 4igvSC ![]() 4igwC ![]() 4igxC ![]() 4ih0C ![]() 4ih2C ![]() 4ihrC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
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Components
#1: Protein | Mass: 17422.963 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-UNL / Num. of mol.: 10 / Source method: obtained synthetically #3: Chemical | ChemComp-CL / | ![]() #4: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.43 Å3/Da / Density % sol: 49.33 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.5 Details: 0.15 M citric acid, 0.35 M magnesium chloride, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Jun 14, 2009 |
Radiation | Monochromator: Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal Si(111) Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 2.92→50 Å / Num. all: 14019 / Num. obs: 14019 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 58 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rsym value: 0.103 / Net I/σ(I): 8.3 |
Reflection shell | Resolution: 2.92→2.97 Å / Redundancy: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.298 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 688 / Rsym value: 0.298 / % possible all: 94.5 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: PDB ENTRY 4IGV Resolution: 2.92→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.906 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.859 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.466 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 69.208 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.92→50 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Number: 1997 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 2.92→2.996 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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