PDB-4id5: HIV-1 reverse transcriptase with bound fragment at the RNase H pr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4id5

タイトル

HIV-1 reverse transcriptase with bound fragment at the RNase H primer grip site

要素

P51 RT
Reverse transcriptase/ribonuclease H

キーワード

transferase/transferase inhibitor /

RNA-DIRECTED DNA POLYMERASE (逆転写酵素) /

DNA POLYMERASE (DNAポリメラーゼ) /

ENDONUCLEASE (エンドヌクレアーゼ) /

HYDROLASE (加水分解酵素) / MULTIFUNCTIONAL ENZYME / transferase-transferase inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

: / : /

HIV-1 retropepsin /

retroviral ribonuclease H /

exoribonuclease H /

exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration /

逆転写酵素 / viral genome integration into host DNA ...
類似検索 - 分子機能

HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1 / HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Bauman, J.D. / Patel, D. / Arnold, E.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2013
タイトル: Detecting Allosteric Sites of HIV-1 Reverse Transcriptase by X-ray Crystallographic Fragment Screening.
著者: Bauman, J.D. / Patel, D. / Dharia, C. / Fromer, M.W. / Ahmed, S. / Frenkel, Y. / Vijayan, R.S. / Eck, J.T. / Ho, W.C. / Das, K. / Shatkin, A.J. / Arnold, E.

履歴

登録	2012年12月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年2月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年4月24日	Group: Database references
改定 1.2	2015年6月17日	Group: Non-polymer description
改定 1.3	2017年11月15日	Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.4	2023年11月29日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_related / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_related.db_name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4id5.cif.gz	435.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4id5.ent.gz	353.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4id5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/id/4id5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/id/4id5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4iclC 4idkC 4ifvC 4ifyC 4ig0C 4ig3C 4kfbC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4kfb-d 4idk-d 1fk9-d 4rw6-d 3bgr-d 4ig3-d 5cyq-d 7kwu-d 6x4c-d 6c0o-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#33 - 2002年9月 HIV逆転写酵素 (HIV Reverse Transcriptase) 類似性 (1) #227 - 2018年11月テロメラーゼ (Telomerase) 類似性 (1) #3 - 2000年3月 DNAポリメラーゼ (DNA Polymerase) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Reverse transcriptase/ribonuclease H

B: P51 RT

ヘテロ分子

116 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	162.052, 72.872, 109.153
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.47, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-997- HOH
2	1	A-1101- HOH

詳細

A heterodimer of p66 and p51 subunits

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Reverse transcriptase/ribonuclease H / EXORIBONUCLEASE H / P66 RT 分子量: 63989.238 Da / 分子数: 1 / 断片: P66 (unp residues 600-1154) / 変異: K771A, K772A, C879S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 株: BH10 / 遺伝子: gag-pol, POL / プラスミド: PCDF-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(RIL) 参照: UniProt: P03366, 逆転写酵素, DNAポリメラーゼ, retroviral ribonuclease H
#2: タンパク質	P51 RT / Gag-Pol polyprotein 分子量: 50096.539 Da / 分子数: 1 / 断片: P51 (unp residues 600-1027) / 変異: C879S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 株: BH10 / 遺伝子: gag-pol, POL / プラスミド: PCDF-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(RIL) 参照: UniProt: P03366, 逆転写酵素, DNAポリメラーゼ, retroviral ribonuclease H

#1: タンパク質

Reverse transcriptase/ribonuclease H / EXORIBONUCLEASE H / P66 RT

分子量: 63989.238 Da / 分子数: 1 / 断片: P66 (unp residues 600-1154) / 変異: K771A, K772A, C879S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: BH10 / 遺伝子: gag-pol, POL / プラスミド: PCDF-2 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(RIL)
参照: UniProt: P03366,

逆転写酵素,

DNAポリメラーゼ,

retroviral ribonuclease H

#2: タンパク質

P51 RT / Gag-Pol polyprotein

分子量: 50096.539 Da / 分子数: 1 / 断片: P51 (unp residues 600-1027) / 変異: C879S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: BH10 / 遺伝子: gag-pol, POL / プラスミド: PCDF-2 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(RIL)
参照: UniProt: P03366,

逆転写酵素,

DNAポリメラーゼ,

retroviral ribonuclease H

-
非ポリマー , 5種, 909分子

#3: 化合物	ChemComp-T27 / 4-{[4-({4-[(E)-2-cyanoethenyl]-2,6-dimethylphenyl}amino)pyrimidin-2-yl]amino}benzonitrile / Rilpivirine / 4-[[4-[[4-(2-シアノエテニル)-2,6-ジメチルフェニル]アミノ]ピリミジン-2-イル]アミノ]ベンゾニト(以下略) / Rilpivirine 分子量: 366.419 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₁₈N₆ / コメント: 薬剤, 阻害剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド / ジメチルスルホキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-1FF / 1-methyl-5-phenyl-1H-pyrazole-4-carboxylic acid / 1-メチル-5-フェニル-1H-ピラゾ-ル-4-カルボン酸分子量: 202.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₀N₂O₂
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 889 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.72 %
結晶化	pH: 6.7 / 詳細: pH 6.7

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

CHESS

/ ビームライン: F1 / 波長: 0.917

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月7日

放射

モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.917 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.95→50 Å / Num. all: 91491 / Num. obs: 91214 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): -2 / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 20.3

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.95-1.98	0.553	1	100
1.98-2.02	0.461	1	100
2.02-2.06	0.379	1	100
2.06-2.1	0.315	1	100
2.1-2.15	0.267	1	100
2.15-2.2	0.232	1	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Adxv		data processing
PHENIX	(phenix.refine: 1.8_1069)	モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.8_1069)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	1.8_1069	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.95→29.201 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.21 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2089	1841	2.02 %
R_work	0.1874	-	-
obs	0.1879	90998	99.69 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→29.201 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7928	0	112	889	8929

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	8262
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.059	11211
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.578	3110
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.073	1203
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1406

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.95-2.0027	0.2502	136	0.2324	6833	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0027-2.0616	0.3252	129	0.2247	6860	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0616-2.1282	0.2575	141	0.2181	6817	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1282-2.2042	0.2561	137	0.2105	6852	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2042-2.2924	0.2494	153	0.2099	6845	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2924-2.3967	0.2507	149	0.207	6853	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3967-2.523	0.2188	154	0.201	6853	X-RAY DIFFRACTION	100
2.523-2.681	0.2197	160	0.1939	6844	X-RAY DIFFRACTION	100
2.681-2.8878	0.2103	126	0.1902	6866	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8878-3.1781	0.2228	147	0.1898	6895	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1781-3.6372	0.1837	132	0.1745	6912	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6372-4.5797	0.1749	139	0.1569	6907	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5797-29.2039	0.1841	138	0.1874	6820	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9344	-0.7377	0.3427	4.2534	-0.8849	3.7693	0.3821	0.1538	0.2355	0.3413	-0.2074	0.2016	-0.2881	-0.1471	-0.1856	0.3886	-0.0769	0.0369	0.2066	-0.0526	0.124	48.8234	-10.0199	64.9155
2	5.0929	0.3898	-1.2646	4.5703	-2.5799	3.5394	0.1747	-0.5921	-0.5764	0.1295	-0.4087	-0.3602	1.1388	0.2681	0.2283	0.7703	0.0422	0.0314	0.4872	0.0708	0.2129	45.5314	-19.8772	75.1688
3	0.9234	-0.2646	-0.6228	-0.0772	0.6698	3.7834	-0.0067	0.0128	-0.3656	0.137	0.1371	0.0919	1.048	-0.6083	-0.1796	0.6828	-0.0628	0.0148	0.4014	0.0199	0.3288	39.5272	-17.2328	59.853
4	0.2901	0.0617	-0.0628	0.1711	0.5341	2.5538	0.2441	-0.1917	-0.4491	0.2365	0.1122	-0.0062	0.5619	0.0695	-0.3706	0.4495	-0.0052	-0.0586	0.2506	0.0609	0.3247	50.1629	-24.8086	49.802
5	2.0851	0.5552	1.0074	2.5853	-1.445	3.0013	0.1217	-0.1772	-0.2409	0.2391	0.2587	0.6772	0.1046	-0.6443	-0.2106	0.2203	-0.0076	0.0383	0.2347	0.0451	0.3542	29.3487	-19.1622	24.8113
6	2.9092	-1.2428	1.4921	0.8882	-0.7811	0.6803	0.0316	-0.0862	-0.0334	-0.0053	0.0375	0.1071	0.0992	-0.0947	-0.058	0.1347	-0.0052	0.0439	0.1856	-0.0395	0.1624	23.4226	1.2761	6.8876
7	4.6597	1.4318	0.3862	2.4672	0.1518	3.934	-0.123	-0.4111	-0.0972	0.0919	0.0734	0.1785	-0.0617	-0.2249	0.0289	0.0777	0.0436	0.0352	0.2252	0.0276	0.2126	14.2713	8.7871	6.6716
8	4.758	-1.0414	1.1964	4.9189	-0.3021	4.3764	-0.0883	0.1042	0.3543	0.3073	-0.0368	-0.2313	-0.45	0.3559	0.0676	0.2118	-0.0717	-0.0229	0.1306	0.0317	0.1434	56.517	1.4624	36.4563
9	5.1142	2.3772	-3.5732	8.0225	-2.7808	2.6556	-0.3986	-1.312	1.2256	1.7748	-0.1133	0.1224	-1.7032	1.4634	0.3275	0.8932	-0.3672	-0.3097	0.4548	0.0675	0.8546	55.6437	26.1412	34.8097
10	1.7491	-0.9454	0.8475	2.3318	-1.3939	2.0412	-0.2005	0.2267	0.6575	0.6708	-0.1876	-0.6837	-0.7063	0.6907	0.3137	0.4736	-0.2726	-0.1313	0.3521	0.0759	0.4303	62.2607	12.4224	34.6732
11	4.1747	-0.4207	2.9145	1.5336	-0.3487	2.2912	-0.3437	0.211	0.1789	0.3869	-0.1844	-0.8589	-0.2645	0.8631	0.5432	0.3728	-0.1181	-0.0066	0.9498	0.2809	0.6743	60.0214	20.3116	14.9137
12	2.0446	0.3265	2.3764	2.27	-0.1397	4.8512	-0.2558	0.0226	0.4334	0.2365	-0.0241	0.0126	-0.4352	0.0657	0.3429	0.192	-0.0621	0.0593	0.1781	-0.0047	0.2141	32.1123	25.2865	8.5566
13	3.1117	-0.7043	1.3185	5.3515	-0.6074	1.8456	0.0927	0.1024	0.1576	0.1556	-0.2095	-0.0268	-0.091	0.0825	0.1092	0.1689	-0.0343	0.0475	0.1471	-0.0137	0.1052	43.3842	10.369	20.509

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -1 through 27 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 28 through 58 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 59 through 96 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 97 through 253 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 254 through 383 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 384 through 473 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 474 through 554 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 5 through 83 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 84 through 104 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 105 through 194 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 195 through 253 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 254 through 363 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 364 through 428 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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