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- PDB-4i71: Crystal structure of the Trypanosoma brucei Inosine-Adenosine-Gua... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4i71 | ||||||
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Title | Crystal structure of the Trypanosoma brucei Inosine-Adenosine-Guanosine nucleoside hydrolase in complex with a trypanocidal compound | ||||||
![]() | Inosine-adenosine-guanosine-nucleoside hydrolase | ||||||
![]() | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / nucleoside hydrolase / open (alpha / beta) structure / NH fold / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Giannese, F. / Degano, M. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structures of purine nucleosidase from Trypanosoma brucei bound to isozyme-specific trypanocidals and a novel metalorganic inhibitor Authors: Giannese, F. / Berg, M. / Van der Veken, P. / Castagna, V. / Tornaghi, P. / Augustyns, K. / Degano, M. #1: ![]() Title: Transition-state complex of the purine-specific nucleoside hydrolase of T. vivax: enzyme conformational changes and implications for catalysis Authors: Versees, W. / Barlow, J. / Steyaert, J. #2: ![]() Title: Structure and mechanism of the 6-oxopurine nucleosidase from Trypanosoma brucei brucei Authors: Vandemeulebroucke, A. / Minici, C. / Bruno, I. / Muzzolini, L. / Tornaghi, P. / Parkin, D.W. / Versees, W. / Steyaert, J. / Degano, M. #3: Journal: J.Biol.Chem. / Year: 1996 Title: Purine-specific nucleoside N-ribohydrolase from Trypanosoma brucei brucei. Purification, specificity, and kinetic mechanism Authors: Parkin, D.W. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 156.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 119.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 4i70C ![]() 4i72C ![]() 4i73C ![]() 4i74C ![]() 4i75C ![]() 1kicS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 36167.582 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 5 types, 289 molecules ![](data/chem/img/AGV.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/NI.gif)
![](data/chem/img/TRS.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/NI.gif)
![](data/chem/img/TRS.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-AGV / ( | ||||
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#3: Chemical | ChemComp-CA / | ||||
#4: Chemical | ChemComp-NI / ![]() #5: Chemical | ChemComp-TRS / | ![]() #6: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.21 Å3/Da / Density % sol: 44.38 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion / pH: 8 Details: 0.1M Tris, 19% PEGMME2000, 10mM Ni2SO4, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Feb 8, 2010 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Silicon crystal, Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.28→133.3 Å / Num. all: 78467 / Num. obs: 78467 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 17.811 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 16.64 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing![]() | Method: ![]() |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: 1KIC Resolution: 1.28→133.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.971 / WRfactor Rfree: 0.1482 / WRfactor Rwork: 0.1262 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.9388 / SU B: 0.99 / SU ML: 0.02 / SU R Cruickshank DPI: 0.0405 / SU Rfree: 0.0381 / Isotropic thermal model: Individual anisotropic / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.04 / ESU R Free: 0.038 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 52.47 Å2 / Biso mean: 14.8256 Å2 / Biso min: 6.24 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.28→133.3 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.284→1.318 Å / Total num. of bins used: 20
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