PDB-4hzw: Crystal structure of influenza A neuraminidase N3 complexed with ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4hzw

タイトル

Crystal structure of influenza A neuraminidase N3 complexed with laninamivir

要素

Neuraminidase

ノイラミニダーゼ

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR /

Neuraminidase (ノイラミニダーゼ) / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

exo-alpha-(2->3)-sialidase activity / exo-alpha-(2->6)-sialidase activity / exo-alpha-(2->8)-sialidase activity /

ノイラミニダーゼ /

viral budding from plasma membrane / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane /

生体膜 /

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.701 Å

データ登録者

Li, Q. / Qi, J. / Vavricka, C.J. / Gao, G.F.

引用

ジャーナル: J.Virol. / 年: 2013
タイトル: Functional and structural analysis of influenza virus neuraminidase N3 offers further insight into the mechanisms of oseltamivir resistance.
著者: Li, Q. / Qi, J. / Wu, Y. / Kiyota, H. / Tanaka, K. / Suhara, Y. / Ohrui, H. / Suzuki, Y. / Vavricka, C.J. / Gao, G.F.

履歴

登録	2012年11月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2013年11月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4hzw.cif.gz	184.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4hzw.ent.gz	143 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4hzw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hz/4hzw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hz/4hzw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4hzvC 4hzxC 4hzyC 4hzzC 4i00C 2batS 3ti3 3ti8 3tia C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4hzy-1 4hzv-1 4hzx-1 4i00-1 4hzz-1 5nwe-d 5nzf-d 5nze-2 6g01-1 3b7e-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#113 - 2009年5月インフルエンザノイラミニダーゼ (Influenza Neuraminidase) 類似性 (5) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Neuraminidase

ヘテロ分子

44.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Neuraminidase

ヘテロ分子

A: Neuraminidase

ヘテロ分子

A: Neuraminidase

ヘテロ分子

A: Neuraminidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
180 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.977, 105.977, 66.799
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	79
Space group name H-M	I4

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-508- CA
2	1	A-647- HOH
3	1	A-696- HOH
4	1	A-921- HOH

#1: タンパク質

Neuraminidase /

ノイラミニダーゼ

分子量: 43327.680 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 83-469 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: 2006(H2N3) / 遺伝子: NA / Cell (発現宿主): Hi5 / 参照: UniProt: A9YN63

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...

タイプ: oligosaccharide

オリゴ糖 / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン

分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

#4: 糖

ChemComp-LNV / 5-acetamido-2,6-anhydro-4-carbamimidamido-3,4,5-trideoxy-7-O-methyl-D-glycero-D-galacto-non-2-enonic acid / 5-(acetylamino)-2,6-anhydro-4-carbamimidamido-3,4,5-trideoxy-7-O-methyl-D-glycero-D-galacto-non-2-enonic acid / Laninamivir / ラニナミビル /

ラニナミビル

タイプ: D-saccharide / 分子量: 346.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₂₂N₄O₇ / コメント: 阻害剤*YM

#5: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 445 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.17 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8 詳細: 20mM Tris, pH 8.0, 50mM NaCl, 0.1M BIS-TRIS propane (pH 9.0), 10% v/v Jeffamine ED-2001 (pH 7.0), VAPOR DIFFUSION, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月5日
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 39081 / Num. obs: 39081 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射シェル	解像度: 1.7→1.76 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.5_2)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2BAT

2bat

解像度: 1.701→33.513 Å / SU ML: 0.13 / σ(F): 0.08 / 位相誤差: 13.5 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1586	1961	5.02 %
R_work	0.1367	-	-
all	0.1378	39081	-
obs	0.1378	39081	96.07 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 32.303 Å² / k_sol: 0.343 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.7082 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.7082 Å²	-0 Å²
3-	-	-	3.4163 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.701→33.513 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3039	0	102	445	3586

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3236
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.14	4390
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	23.066	1210
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.122	477
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	561

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.7011-1.7436	0.1771	131	0.1346	2456	89
1.7436-1.7907	0.1672	137	0.1261	2556	94
1.7907-1.8434	0.1685	136	0.1309	2565	94
1.8434-1.9029	0.1723	159	0.1338	2495	92
1.9029-1.9709	0.1992	163	0.1436	2530	93
1.9709-2.0498	0.1578	116	0.1281	2674	96
2.0498-2.1431	0.1424	144	0.1289	2644	97
2.1431-2.2561	0.1743	119	0.1324	2693	97
2.2561-2.3974	0.1698	144	0.142	2681	97
2.3974-2.5824	0.1718	145	0.1423	2746	99
2.5824-2.8422	0.1585	152	0.1481	2723	99
2.8422-3.2532	0.1523	125	0.1383	2739	99
3.2532-4.0975	0.1292	139	0.1223	2797	100
4.0975-33.5194	0.1363	151	0.1362	2821	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -0.2372 Å / Origin y: -28.0443 Å / Origin z: 26.8902 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0323 Å²	-0.0003 Å²	-0.002 Å²	-	0.0231 Å²	0.0011 Å²	-	-	0.0251 Å²
L	0.2015 °²	-0.0181 °²	0.0075 °²	-	0.2248 °²	0.0306 °²	-	-	0.1062 °²
S	-0.0022 Å °	0.0106 Å °	-0.0304 Å °	-0.0103 Å °	0.0104 Å °	0.0012 Å °	0.0193 Å °	0.0009 Å °	-0 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: ALL

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)