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- PDB-4hrd: Crystal structure of yeast 20S proteasome in complex with the nat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hrd
タイトルCrystal structure of yeast 20S proteasome in complex with the natural product carmaphycin A
要素(Proteasome component ...プロテアソーム) x 14
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / proteasome (プロテアソーム) / inhibitor (酵素阻害剤) / carmaphycin / epoxyketone / vinylketone / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


proteasome core complex assembly / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / proteasome storage granule / endopeptidase activator activity / proteasome assembly / proteasome endopeptidase complex / Ub-specific processing proteases ...proteasome core complex assembly / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / proteasome storage granule / endopeptidase activator activity / proteasome assembly / proteasome endopeptidase complex / Ub-specific processing proteases / proteasome core complex, beta-subunit complex / proteasome core complex, alpha-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity / Neutrophil degranulation / proteasome complex / proteasomal protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / endopeptidase activity / mRNA binding / endoplasmic reticulum membrane / ミトコンドリア / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain / Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1 / Proteasome beta subunit, C-terminal / Proteasome beta subunits C terminal / Proteasome subunit beta 4 / Proteasome subunit beta 2 / Proteasome beta 3 subunit / Proteasome subunit alpha6 / Proteasome subunit alpha5 / Proteasome beta-type subunits signature. ...Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain / Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1 / Proteasome beta subunit, C-terminal / Proteasome beta subunits C terminal / Proteasome subunit beta 4 / Proteasome subunit beta 2 / Proteasome beta 3 subunit / Proteasome subunit alpha6 / Proteasome subunit alpha5 / Proteasome beta-type subunits signature. / Peptidase T1A, proteasome beta-subunit / Proteasome beta-type subunit, conserved site / Proteasome subunit A N-terminal signature / Proteasome alpha-type subunits signature. / Proteasome alpha-subunit, N-terminal domain / Proteasome subunit A N-terminal signature Add an annotation / Proteasome alpha-type subunit / Proteasome alpha-type subunit profile. / Proteasome B-type subunit / Proteasome beta-type subunit profile. / Proteasome subunit / Proteasome, subunit alpha/beta / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-[(2S)-1-({(2S)-1-{[(2R,3S,4S)-1,3-DIHYDROXY-2,6-DIMETHYLHEPTAN-4-YL]AMINO}-4-[(R)-METHYLSULFINYL]-1-OXOBUTAN-2-YL}AMINO)-3-METHYL-1-OXOBUTAN-2-YL]HEXANAMIDE / Chem-OV1 / Probable proteasome subunit alpha type-7 / Proteasome subunit alpha type-1 / Proteasome subunit beta type-4 / Proteasome subunit alpha type-3 / Proteasome subunit alpha type-2 / Proteasome subunit beta type-6 / Proteasome subunit beta type-2 / Proteasome subunit beta type-3 ...N-[(2S)-1-({(2S)-1-{[(2R,3S,4S)-1,3-DIHYDROXY-2,6-DIMETHYLHEPTAN-4-YL]AMINO}-4-[(R)-METHYLSULFINYL]-1-OXOBUTAN-2-YL}AMINO)-3-METHYL-1-OXOBUTAN-2-YL]HEXANAMIDE / Chem-OV1 / Probable proteasome subunit alpha type-7 / Proteasome subunit alpha type-1 / Proteasome subunit beta type-4 / Proteasome subunit alpha type-3 / Proteasome subunit alpha type-2 / Proteasome subunit beta type-6 / Proteasome subunit beta type-2 / Proteasome subunit beta type-3 / Proteasome subunit beta type-5 / Proteasome subunit beta type-7 / Proteasome subunit alpha type-5 / Proteasome subunit beta type-1 / Proteasome subunit alpha type-6 / Proteasome subunit alpha type-4
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Trivella, D.B.B. / Stein, M. / Groll, M.
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2014
タイトル: Enzyme inhibition by hydroamination: design and mechanism of a hybrid carmaphycin-syringolin enone proteasome inhibitor.
著者: Trivella, D.B. / Pereira, A.R. / Stein, M.L. / Kasai, Y. / Byrum, T. / Valeriote, F.A. / Tantillo, D.J. / Groll, M. / Gerwick, W.H. / Moore, B.S.
履歴
登録2012年10月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月2日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proteasome component Y7
B: Proteasome component Y13
C: Proteasome component PRE6
D: Proteasome component PUP2
E: Proteasome component PRE5
F: Proteasome component C1
G: Proteasome component C7-alpha
H: Proteasome component PUP1
I: Proteasome component PUP3
J: Proteasome component C11
K: Proteasome component PRE2
L: Proteasome component C5
M: Proteasome component PRE4
N: Proteasome component PRE3
O: Proteasome component Y7
P: Proteasome component Y13
Q: Proteasome component PRE6
R: Proteasome component PUP2
S: Proteasome component PRE5
T: Proteasome component C1
U: Proteasome component C7-alpha
V: Proteasome component PUP1
W: Proteasome component PUP3
X: Proteasome component C11
Y: Proteasome component PRE2
Z: Proteasome component C5
a: Proteasome component PRE4
b: Proteasome component PRE3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)707,32534
ポリマ－704,20628
非ポリマー3,1186
水17,186954
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area120470 Å2
ΔGint-376 kcal/mol
Surface area218310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)134.620, 300.280, 144.570
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.49, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21O
12J
22X
13K
23Y
14L
24Z
15M
25a
16N
26b
17B
27P
18C
28Q
19D
29R
110E
210S
111F
211T
112G
212U
113H
213V
114I
214W

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114A1 - 250
2114O1 - 250
1124J1 - 198
2124X1 - 198
1134K1 - 222
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1144L1 - 222
2144Z1 - 222
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2154a1 - 233
1164N1 - 196
2164b1 - 196
1174B1 - 244
2174P1 - 244
1184C1 - 241
2184Q1 - 241
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2194R1 - 242
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11144I1 - 204
21144W1 - 204

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14

-
要素

-
Proteasome component ... , 14種, 28分子 AOBPCQDRESFTGUHVIWJXKYLZMaNb

#1: タンパク質 Proteasome component Y7 / プロテアソーム / Macropain subunit Y7 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit Y7 / Proteinase YSCE subunit 7


分子量: 27191.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P23639, proteasome endopeptidase complex
#2: タンパク質 Proteasome component Y13 / プロテアソーム / Macropain subunit Y13 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit Y13 / Proteinase YSCE subunit 13


分子量: 27050.416 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P23638, proteasome endopeptidase complex
#3: タンパク質 Proteasome component PRE6 / プロテアソーム / Macropain subunit PRE6 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE6 / Proteinase YSCE subunit PRE6


分子量: 26903.330 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40303, proteasome endopeptidase complex
#4: タンパク質 Proteasome component PUP2 / プロテアソーム / Macropain subunit PUP2 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PUP2 / Proteinase YSCE subunit PUP2


分子量: 26544.789 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P32379, proteasome endopeptidase complex
#5: タンパク質 Proteasome component PRE5 / プロテアソーム / Macropain subunit PRE5 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE5 / Proteinase YSCE subunit PRE5


分子量: 25502.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40302, proteasome endopeptidase complex
#6: タンパク質 Proteasome component C1 / プロテアソーム / Macropain subunit C1 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit C1 / Proteinase YSCE subunit 1


分子量: 26892.482 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P21242, proteasome endopeptidase complex
#7: タンパク質 Proteasome component C7-alpha / プロテアソーム / Macropain subunit C7-alpha / Multicatalytic endopeptidase complex C7 / Proteasome component Y8 / ...Macropain subunit C7-alpha / Multicatalytic endopeptidase complex C7 / Proteasome component Y8 / Proteinase YSCE subunit 7 / SCL1 suppressor protein


分子量: 27316.037 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P21243, proteasome endopeptidase complex
#8: タンパク質 Proteasome component PUP1 / プロテアソーム / Macropain subunit PUP1 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PUP1 / Proteinase YSCE subunit PUP1


分子量: 23987.254 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P25043, proteasome endopeptidase complex
#9: タンパク質 Proteasome component PUP3 / プロテアソーム / Macropain subunit PUP3 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PUP3


分子量: 22496.645 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P25451, proteasome endopeptidase complex
#10: タンパク質 Proteasome component C11 / プロテアソーム / Macropain subunit C11 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit C11 / Proteinase YSCE subunit 11


分子量: 22545.676 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P22141, proteasome endopeptidase complex
#11: タンパク質 Proteasome component PRE2 / プロテアソーム / Macropain subunit PRE2 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE2 / Proteinase YSCE subunit PRE2


分子量: 23325.248 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P30656, proteasome endopeptidase complex
#12: タンパク質 Proteasome component C5 / プロテアソーム / Multicatalytic endopeptidase complex subunit C5


分子量: 24883.928 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P23724, proteasome endopeptidase complex
#13: タンパク質 Proteasome component PRE4 / プロテアソーム / Macropain subunit PRE4 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE4 / Proteinase YSCE subunit PRE4


分子量: 25945.496 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P30657, proteasome endopeptidase complex
#14: タンパク質 Proteasome component PRE3 / プロテアソーム / Macropain subunit PRE3 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE3 / Proteinase YSCE subunit PRE3


分子量: 21517.186 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38624, proteasome endopeptidase complex

-
非ポリマー , 2種, 960分子

#15: 化合物
ChemComp-OV1 / N-[(2S)-1-({(2S)-1-{[(2R,3S,4S)-1,3-dihydroxy-2,6-dimethylheptan-4-yl]amino}-4-[(R)-methylsulfinyl]-1-oxobutan-2-yl}amino)-3-methyl-1-oxobutan-2-yl]hexanamide / Carmaphycin A, bound form


タイプ: peptide-likeペプチド, Peptide-likeペプチド
クラス: 阻害剤 / 分子量: 519.738 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H49N3O6S / 詳細: Carmaphycin A, bound form
参照: N-[(2S)-1-({(2S)-1-{[(2R,3S,4S)-1,3-DIHYDROXY-2,6-DIMETHYLHEPTAN-4-YL]AMINO}-4-[(R)-METHYLSULFINYL]-1-OXOBUTAN-2-YL}AMINO)-3-METHYL-1-OXOBUTAN-2-YL]HEXANAMIDE
#16: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 954 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.92 %
結晶化温度: 297 K / pH: 7.5
詳細: 30 mM of magnesium acetate, 100 mM of MES (pH 7.2) and 12% of MPD, vapor diffusion, temperature 297K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年6月2日
放射モノクロメーター: DOUBLE MULTILAYER MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→49.59 Å / Num. obs: 254447 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 56.13 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 7.94
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.481 / Mean I/σ(I) obs: 2.61 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→49.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 31.548 / SU ML: 0.268 / SU R Cruickshank DPI: 0.6683 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.668 / ESU R Free: 0.313 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.239 12672 5 %RANDOM
Rwork0.204 ---
obs0.206 254440 98.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 62.84 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.56 Å20 Å2-1.72 Å2
2---7.79 Å20 Å2
3---2.91 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→49.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数49538 0 210 954 50702
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.02250694
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9491.96968592
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.91956334
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.84224.4062263
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.486158773
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.6815288
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.27736
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.02138029
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.1481.531477
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.291250638
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.425319217
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.7684.517954
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A1915medium positional0.20.5
2J1585medium positional0.190.5
3K1679medium positional0.140.5
4L1757medium positional0.160.5
5M1824medium positional0.110.5
6N1547medium positional0.140.5
7B1904medium positional0.210.5
8C1890medium positional0.190.5
9D1861medium positional0.210.5
10E1787medium positional0.20.5
11F1896medium positional0.160.5
12G1921medium positional0.170.5
13H1677medium positional0.130.5
14I1581medium positional0.120.5
1A1915medium thermal0.12
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3K1679medium thermal0.132
4L1757medium thermal0.132
5M1824medium thermal0.122
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7B1904medium thermal0.12
8C1890medium thermal0.092
9D1861medium thermal0.092
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13H1677medium thermal0.122
14I1581medium thermal0.122
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.87 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.332 946 -
Rwork0.318 18007 -
obs--99.18 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.26-0.58510.60962.1004-0.19771.2931-0.0986-0.15960.12320.43210.0592-0.5151-0.22770.13930.03940.2915-0.0980.00370.2242-0.04580.271967.354-92.565745.9565
21.89460.1214-0.04252.42480.13971.5271-0.1082-0.05430.1446-0.18680.0357-0.4695-0.2960.44920.07250.24-0.06730.11990.29750.08790.243259.7396-88.488816.3294
31.66150.1850.20012.249-0.10922.60160.01510.44560.4021-0.53210.1298-0.1192-0.38560.3001-0.14490.3769-0.00060.04030.26740.12590.311332.243-87.770.8366
41.78150.521-0.64392.49070.29840.7608-0.02340.03060.2534-0.1390.0160.392-0.1860.02340.00750.27230.1138-0.06120.22520.11840.42463.6677-90.87514.4707
51.24020.53030.47811.78250.38612.2057-0.1268-0.05440.26960.08550.03660.6398-0.4205-0.34250.09020.22040.13420.21160.34140.01140.5826-2.6994-94.187345.8795
62.09450.3403-0.08951.2419-0.26621.72130.0132-0.30480.28360.43030.0330.3968-0.1946-0.3797-0.04630.47210.06120.26010.329-0.11270.243715.7682-95.132469.9056
71.3336-0.0279-0.49191.75060.21211.688-0.0092-0.29550.12080.6382-0.0393-0.1901-0.21350.04520.04850.5304-0.0734-0.01890.1902-0.10360.167248.0635-93.716471.1345
80.72-0.2671-0.49270.92620.59680.7730.11440.05450.02820.20180.0184-0.4908-0.03940.1603-0.13280.1927-0.0639-0.13730.21910.03490.392467.6535-130.559948.309
90.9363-0.5647-0.37352.38950.31461.71090.02840.0451-0.0222-0.00480.0111-0.5811-0.06970.1582-0.03950.0781-0.02540.09630.20890.00920.318968.4483-128.197420.8889
101.9002-0.17780.19692.89480.21061.07970.00180.2353-0.0344-0.57520.063-0.04960.00990.015-0.06480.26050.01980.08560.23560.02330.05344.813-127.1038-0.9028
111.16590.66610.09612.33190.94371.3190.03390.22470.0536-0.51960.03820.4176-0.0667-0.0579-0.07210.21270.0529-0.1650.21110.06980.198910.8689-131.33092.5399
120.92860.41980.24691.45780.11111.05430.0409-0.03560.0463-0.0336-0.00270.5031-0.0109-0.216-0.03820.03510.04320.06330.2310.05270.4296-4.3288-134.480228.8149
130.7578-0.48530.19332.255-0.32140.79430.046-0.13830.06020.5833-0.01550.3248-0.0643-0.1677-0.03040.2505-0.01750.21050.23540.00310.22827.8621-138.094760.6629
142.04040.1477-0.2932.7394-0.3691.1820.0909-0.20480.09220.527-0.0256-0.0488-0.058-0.048-0.06530.4186-0.0599-0.02770.1609-0.00610.009940.0561-134.542470.8093
152.3228-0.4902-0.66482.21450.50431.5841-0.087-0.1958-0.17650.28330.030.44810.2676-0.2080.0570.2942-0.1099-0.12280.22480.08630.39341.5382-206.662936.9041
161.4750.83560.51592.29910.24771.9305-0.1143-0.0553-0.082-0.1910.08970.37510.0987-0.35150.02460.3407-0.0259-0.15620.2476-0.0710.34128.3464-205.63926.8421
171.47850.2110.27371.72870.10252.40370.0590.4864-0.3842-0.77350.11340.34660.4625-0.2223-0.17230.66490.0208-0.12720.3515-0.19330.448435.4674-203.7896-9.2629
181.81540.35060.58953.0470.06550.47370.10090.0493-0.1538-0.4038-0.0542-0.15380.2136-0.0305-0.04670.35660.13830.1470.3274-0.11930.415764.5348-203.01944.2608
191.26640.2385-0.19811.3369-0.54351.3596-0.00620.144-0.4026-0.05070.1081-0.66330.34890.3329-0.10190.31830.1482-0.08780.3505-0.09630.769671.6533-204.71435.591
202.12460.34370.21221.2810.14591.66920.1435-0.2021-0.39960.34370.0067-0.46850.21390.3024-0.15010.4650.0453-0.26790.18230.11680.412253.579-208.121559.7297
211.4509-0.16310.28031.8106-0.03991.5532-0.0021-0.2311-0.20060.40940.02810.18750.22280.0096-0.0260.444-0.0447-0.11840.12060.11650.307721.4518-210.112561.3986
220.8936-0.2750.64380.9168-0.58240.99510.0839-0.0407-0.1120.04110.04120.48540.1057-0.2025-0.12510.0922-0.04090.09060.24970.04630.40741.3693-169.702845.7363
230.5731-0.34510.51292.4128-0.31292.01160.0231-0.0218-0.0436-0.02090.06090.47160.0573-0.1529-0.08410.0812-0.0119-0.13470.18920.01990.3695-0.1105-167.374518.3104
241.9824-0.5886-0.49532.2251-0.05660.23740.00070.24260.0076-0.55590.01520.1486-0.04340.034-0.01590.3849-0.0167-0.13350.2626-0.03950.117623.0115-164.6567-3.927
251.36560.75820.1942.6134-0.39941.03440.0260.1926-0.0174-0.63470.0369-0.24290.05470.1263-0.06290.27840.0610.16480.2744-0.07190.196557.0477-160.9416-0.4906
260.83560.3785-0.01581.595-0.05781.38950.07840.1066-0.10260.1122-0.0312-0.640.02130.2204-0.04720.06010.04970.03250.2569-0.01930.429472.7815-162.323125.5615
270.8305-0.21980.04031.87540.48420.84980.0198-0.1199-0.12040.4909-0.0071-0.38610.10280.1191-0.01280.2736-0.016-0.19060.16020.05210.201561.3733-164.378957.7431
282.1570.03630.36022.01010.72141.20860.0947-0.1774-0.09440.5648-0.04610.08070.1095-0.0637-0.04860.3709-0.05510.01780.14690.07010.05429.5098-169.567367.8194
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 250
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 244
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 241
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 242
5X-RAY DIFFRACTION5E1 - 233
6X-RAY DIFFRACTION6F1 - 244
7X-RAY DIFFRACTION7G1 - 243
8X-RAY DIFFRACTION8H1 - 222
9X-RAY DIFFRACTION9I1 - 204
10X-RAY DIFFRACTION10J1 - 198
11X-RAY DIFFRACTION11K1 - 212
12X-RAY DIFFRACTION12L1 - 222
13X-RAY DIFFRACTION13M1 - 233
14X-RAY DIFFRACTION14N1 - 196
15X-RAY DIFFRACTION15O1 - 250
16X-RAY DIFFRACTION16P1 - 244
17X-RAY DIFFRACTION17Q1 - 241
18X-RAY DIFFRACTION18R1 - 242
19X-RAY DIFFRACTION19S1 - 233
20X-RAY DIFFRACTION20T1 - 244
21X-RAY DIFFRACTION21U1 - 243
22X-RAY DIFFRACTION22V1 - 222
23X-RAY DIFFRACTION23W1 - 204
24X-RAY DIFFRACTION24X1 - 198
25X-RAY DIFFRACTION25Y1 - 212
26X-RAY DIFFRACTION26Z1 - 222
27X-RAY DIFFRACTION27a1 - 233
28X-RAY DIFFRACTION28b1 - 196

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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