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- PDB-4hpe: Crystal structure of a putative cell wall hydrolase (CD630_03720)... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hpe
タイトルCrystal structure of a putative cell wall hydrolase (CD630_03720) from Clostridium difficile 630 at 2.38 A resolution
要素Putative cell wall hydrolase Tn916-like,CTn1-Orf17
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Two domains protein / Slt/lysozyme-like muramidase / NlpC/P60 LD endopeptidase / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-BIOLOGY
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
Lysozyme-like / Endopeptidase, NLPC/P60 domain / NlpC/P60 family / endopeptidase domain like (from Nostoc punctiforme) / endopeptidase fold (from Nostoc punctiforme) / Lysozyme - #10 / Papain-like cysteine peptidase superfamily / リゾチーム / Lysozyme-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex ...Lysozyme-like / Endopeptidase, NLPC/P60 domain / NlpC/P60 family / endopeptidase domain like (from Nostoc punctiforme) / endopeptidase fold (from Nostoc punctiforme) / Lysozyme - #10 / Papain-like cysteine peptidase superfamily / リゾチーム / Lysozyme-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative cell wall hydrolase Tn916-like,CTn1-Orf17
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium difficile (クロストリディオイデス・ディフィシル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.38 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a putative cell wall hydrolase (CD630_03720) from Clostridium difficile 630 at 2.38 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2012年10月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年11月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.22023年2月1日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative cell wall hydrolase Tn916-like,CTn1-Orf17
B: Putative cell wall hydrolase Tn916-like,CTn1-Orf17
C: Putative cell wall hydrolase Tn916-like,CTn1-Orf17
D: Putative cell wall hydrolase Tn916-like,CTn1-Orf17
E: Putative cell wall hydrolase Tn916-like,CTn1-Orf17
F: Putative cell wall hydrolase Tn916-like,CTn1-Orf17
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)203,83819
ポリマ－203,1516
非ポリマー68713
水10,629590
1
A: Putative cell wall hydrolase Tn916-like,CTn1-Orf17
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1847
ポリマ－33,8581
非ポリマー3266
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Putative cell wall hydrolase Tn916-like,CTn1-Orf17
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,9863
ポリマ－33,8581
非ポリマー1282
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Putative cell wall hydrolase Tn916-like,CTn1-Orf17
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8942
ポリマ－33,8581
非ポリマー351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Putative cell wall hydrolase Tn916-like,CTn1-Orf17
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,9863
ポリマ－33,8581
非ポリマー1282
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Putative cell wall hydrolase Tn916-like,CTn1-Orf17
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8942
ポリマ－33,8581
非ポリマー351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: Putative cell wall hydrolase Tn916-like,CTn1-Orf17
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8942
ポリマ－33,8581
非ポリマー351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.522, 101.211, 101.436
Angle α, β, γ (deg.)109.710, 108.860, 101.360
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Putative cell wall hydrolase Tn916-like,CTn1-Orf17


分子量: 33858.453 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 29-335 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium difficile (クロストリディオイデス・ディフィシル)
株: 630 / 遺伝子: CD630_03720, YP_001086839.1 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q18DB2
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 590 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE CONSTRUCT (29-335) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ...THE CONSTRUCT (29-335) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.6 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.1
詳細: 20.00% 2-propanol, 24.00% polyethylene glycol 4000, 0.1M sodium citrate - citric acid pH 5.1, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9794
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年7月17日
詳細: Rhodium-coated vertical and horizontal focusing mirrors; liquid-nitrogen cooled double crystal Si(111) monochromator
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.38→49.396 Å / Num. obs: 76631 / % possible obs: 84.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 48.904 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 6.53
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
2.38-2.460.4971.62529713065178.9
2.46-2.560.4251.93181516077189.9
2.56-2.680.3072.53173416048188.5
2.68-2.820.2283.32834714427182.9
2.82-30.1614.53130615823188.7
3-3.230.1166.23015915275187.9
3.23-3.550.0857.92804214258182.5
3.55-4.060.06210.92951414931184.7
4.06-5.10.05213.12819414350182
5.1-49.3960.04713.92900214737182.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MolProbity3beta29モデル構築
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
PHASER2.3.0位相決定
XSCALEMarch 15, 2012データスケーリング
BUSTER-TNT精密化
XDSデータ削減
BUSTER2.10.0精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4FDY

4fdy


解像度: 2.38→49.396 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9441 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9278 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: 1. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED ...詳細: 1. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 2. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 3. CL AND GOL MODELED ARE PRESENT IN PROTEIN/CRYO CONDITIONS. 4. NCS RESTRAINTS WERE APPLIED USING BUSTER'S LSSR RESTRAINT REPRESENTATION (-AUTONCS). 5. CYS242 IS OXIDIZED (OCS) BASED ON ELECTRON DENSITY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2108 3897 5.09 %RANDOM
Rwork0.1746 ---
obs0.1764 76620 87.62 %-
原子変位パラメータBiso max: 139.82 Å2 / Biso mean: 50.0773 Å2 / Biso min: 21.88 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.4964 Å21.7899 Å23.6459 Å2
2--1.2662 Å20.7264 Å2
3---6.2302 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.325 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.38→49.396 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13311 0 33 590 13934
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d6078SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes361HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2011HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it13685HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1673SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact15948SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d13685HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg18559HARMONIC21.03
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.23
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.73
LS精密化 シェル解像度: 2.38→2.44 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2399 267 5.26 %
Rwork0.2028 4805 -
all0.2048 5072 -
obs--87.62 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5531-0.15060.13281.3434-0.55461.119-0.0508-0.0692-0.02270.0986-0.0651-0.0931-0.10840.10610.1160.15820.1007-0.0082-0.10050.075-0.108155.5142.6826-48.1151
21.71770.09450.65171.9407-0.13332.84390.04790.2420.0590.1031-0.216-0.4924-0.16870.48460.16810.05660.0869-0.0354-0.0630.1181-0.100358.768827.8097-70.4707
31.4567-0.78581.15172.7885-1.23942.09150.0358-0.01590.0160.33280.02720.0766-0.04650.0089-0.0630.21580.14940.0775-0.19360.0505-0.193434.991538.0744-68.799
41.4896-0.19790.07872.4737-0.01781.6373-0.019-0.0657-0.07250.23650.02850.4853-0.1712-0.2972-0.00960.140.1920.1264-0.14510.0773-0.083530.73078.5948-52.6701
50.63140.36090.01940.6925-0.36021.4763-0.04320.00910.0191-0.00180.05630.04240.0842-0.1635-0.01310.09370.0860.1133-0.04610.0743-0.095525.4518-28.14-62.5314
62.61320.62310.21113.0066-0.42252.32650.08810.09260.0838-0.21630.00540.23830.3077-0.4559-0.09360.1024-0.05470.0182-0.00390.1152-0.244922.1192-26.3928-95.9628
70.86930.3281.01182.24661.2974.5936-0.0750.04210.2009-0.01490.098-0.2705-0.35550.5191-0.0231-0.05790.09010.0892-0.03510.0857-0.110423.8142-10.3058-21.9531
81.75990.0349-0.9781.8592-0.73042.7591-0.1251-0.228-0.2647-0.0620.0228-0.16950.33560.23980.10230.03510.15930.1269-0.0290.106-0.105616.9954-41.5729-32.9324
91.05670.8730.49685.3561-0.31112.2323-0.0186-0.0882-0.0594-0.1520.09030.54220.306-0.4308-0.0717-0.09230.05650.05880.02590.0892-0.163856.9603-40.1766-35.9554
102.2197-0.63630.67481.803-0.78143.2095-0.0162-0.21240.11530.10580.04670.1566-0.2772-0.3965-0.03040.01360.19660.0748-0.00740.0429-0.127963.6967-11.7331-18.9842
111.02050.6018-0.42043.397-1.7735.1954-0.00060.2563-0.0999-0.485-0.0044-0.18310.39750.22160.0050.23210.15560.1731-0.23190.0194-0.304258.602323.7975-16.6521
120.7824-0.22610.15632.7530.00371.68230.0276-0.08880.1544-0.0721-0.0116-0.4596-0.00560.2575-0.0160.06860.13450.102-0.11080.0421-0.03762.992829.712316.3272
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|43 - 205}A43 - 205
2X-RAY DIFFRACTION2{A|210 - 335}A210 - 335
3X-RAY DIFFRACTION3{B|43 - 205}B43 - 205
4X-RAY DIFFRACTION4{B|210 - 335}B210 - 335
5X-RAY DIFFRACTION5{C|43 - 205}C43 - 205
6X-RAY DIFFRACTION6{C|210 - 335}C210 - 335
7X-RAY DIFFRACTION7{D|43 - 205}D43 - 205
8X-RAY DIFFRACTION8{D|210 - 335}D210 - 335
9X-RAY DIFFRACTION9{E|43 - 205}E43 - 205
10X-RAY DIFFRACTION10{E|210 - 335}E210 - 335
11X-RAY DIFFRACTION11{F|43 - 205}F43 - 205
12X-RAY DIFFRACTION12{F|210 - 335}F210 - 335

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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