+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4hou | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal Structure of N-terminal Human IFIT1 | ||||||
Components | Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 1 | ||||||
Keywords | RNA BINDING PROTEIN / TPR / RNA binding / antiviral / RNA | ||||||
Function / homology | Function and homology information intracellular transport of viral protein in host cell / cellular response to type I interferon / negative regulation of helicase activity / negative regulation of viral genome replication / cellular response to exogenous dsRNA / host cell / antiviral innate immune response / positive regulation of viral genome replication / negative regulation of protein binding / response to virus ...intracellular transport of viral protein in host cell / cellular response to type I interferon / negative regulation of helicase activity / negative regulation of viral genome replication / cellular response to exogenous dsRNA / host cell / antiviral innate immune response / positive regulation of viral genome replication / negative regulation of protein binding / response to virus / ISG15 antiviral mechanism / Interferon alpha/beta signaling / defense response to virus / RNA binding / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.95 Å | ||||||
Authors | Abbas, Y.M. / Pichlmair, A. / Gorna, M.W. / Superti-Furga, G. / Nagar, B. | ||||||
Citation | Journal: Nature / Year: 2013 Title: Structural basis for viral 5'-PPP-RNA recognition by human IFIT proteins. Authors: Abbas, Y.M. / Pichlmair, A. / Gorna, M.W. / Superti-Furga, G. / Nagar, B. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4hou.cif.gz | 216.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb4hou.ent.gz | 183 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4hou.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ho/4hou ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ho/4hou | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 31938.279 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: N-terminal human IFIT1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: G10P1, IFI56, IFIT1, IFIT1/ISG56, IFNAI1, ISG56 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P09914 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.47 Å3/Da / Density % sol: 50.2 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 295.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.15K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 105 K |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: CLSI / Beamline: 08ID-1 / Wavelength: 0.979 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jan 1, 2010 |
Radiation | Monochromator: double crystal monochromator (DCM) with an indirectly cryo-cooled first crystal and sagittally focusing second crystal Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.95→50 Å / Num. all: 45919 / Num. obs: 45919 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2.6 |
Reflection shell | Resolution: 1.95→2.02 Å / % possible all: 95.4 |
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.95→30.521 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 0 / Phase error: 24.97 / Stereochemistry target values: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.95→30.521 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|