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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4hnp | ||||||
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タイトル | Crystal structure of yeast 20S proteasome in complex with vinylketone carmaphycin analogue VNK1 | ||||||
![]() | (Proteasome component ...![]() | ||||||
![]() | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / ![]() ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() proteasome core complex assembly / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / proteasome storage granule / endopeptidase activator activity / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Trivella, D.B.B. / Stein, M. / Groll, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Enzyme inhibition by hydroamination: design and mechanism of a hybrid carmaphycin-syringolin enone proteasome inhibitor. 著者: Trivella, D.B. / Pereira, A.R. / Stein, M.L. / Kasai, Y. / Byrum, T. / Valeriote, F.A. / Tantillo, D.J. / Groll, M. / Gerwick, W.H. / Moore, B.S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 2.4 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 2.1 MB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
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要素
-Proteasome component ... , 14種, 28分子 AOBPCQDRESFTGUHVIWJXKYLZMaNb
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 27191.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P23639, ![]() #2: タンパク質 | ![]() 分子量: 27050.416 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P23638, ![]() #3: タンパク質 | ![]() 分子量: 26903.330 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40303, ![]() #4: タンパク質 | ![]() 分子量: 26544.789 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P32379, ![]() #5: タンパク質 | ![]() 分子量: 25502.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40302, ![]() #6: タンパク質 | ![]() 分子量: 26892.482 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P21242, ![]() #7: タンパク質 | ![]() 分子量: 27316.037 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P21243, ![]() #8: タンパク質 | ![]() 分子量: 23987.254 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P25043, ![]() #9: タンパク質 | ![]() 分子量: 22496.645 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() ![]() #10: タンパク質 | ![]() 分子量: 22545.676 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P22141, ![]() #11: タンパク質 | ![]() 分子量: 23325.248 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P30656, ![]() #12: タンパク質 | ![]() 分子量: 24883.928 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P23724, ![]() #13: タンパク質 | ![]() 分子量: 25945.496 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P30657, ![]() #14: タンパク質 | ![]() 分子量: 21517.186 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 3種, 756分子 ![](data/chem/img/ONK.gif)
![](data/chem/img/VNK.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/VNK.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#15: 化合物 | #16: 化合物 | ChemComp-VNK / #17: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.22 % |
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結晶化![]() | 温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 詳細: 30 mM of magnesium acetate, 100 mM of MES (pH 7.2) and 12% of MPD, vapor diffusion, temperature 297K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年6月2日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Double Multilayer Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.8→48.42 Å / Num. obs: 257429 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 56.903 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 8.76 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 160.5 Å2 / Biso mean: 65.0692 Å2 / Biso min: 20 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→48.42 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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